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Nachdem es zu einem Vorfall bei dem Besuch des Präsidenten bei einer Kunstausstellung kam, wirbt die mysteriöse Agentin Mrs. Fredrick, nicht ganz freiwillig - die Agenten Peter Lattimer und Myka Bering vom Secret Service in Washington ab um bei ihr als Helfer für Agent Artie Nielsen und Warehouse 13 in South Dakota zu arbeiten.
In Chicago werden mehrere Banken überfallen, aber keiner der Zeugen kann sich an etwas erinnern. Myka und Pete fangen an zu ermitteln während Artie herausfinden muss, wer versucht hat sich in das System von Warehouse 13 einzuhacken.
Pete und Myka sollen herausfinden, warum bislang harmlose Bürger in einer idyllischen Kleinstadt durch bizarres und bedrohliches Verhalten auffallen. Artie ist überzeugt, dass das mit einem Artefakt zusammenhängt.
Artie findet heraus, das die junge Claudia, mit deren Bruder er früher zusammengearbeitet hat, für die Hackerangriffe verantwortlich ist. Sie entführt ihn und Pete und Myka machen sich auf die Suche nach ihrem Kollegen.
Ein Kunstraub ruft Myka und Pete auf den Plan. Der Dieb ist offenbar durch eine verschlossene Tür gegangen und hat eine wertvolle Skulptur entwendet. Zwei Kunstliebhaber zählen zu den Verdächtigen.
Bei der Explosion einer Polizeistation sterben sechs Polizisten. Im Keller der Station entdecken Myka und Pete die Leiche eines Warehouse-Agenten, der seit Jahrzehnten vermisst wird.
Pete und Myka wollen ein Samurai-Schwert sicherstellen. Doch die Waffe verschwindet durch eine unerklärbare Implosion spurlos. Wer oder was könnte dafür verantwortlich sein?
Durch einen Unfall wird Myka in einem Spiegel gefangen. Gleichzeitig entkommt ihre geisteskranke Doppelgängerin aus der Spiegelwelt und reist mit Pete nach Las Vegas, wo das Team gerissenen Falschspielern auf die Schliche kommt.
Artie schickt Pete und Myka in ein Gefängnis, wo es zu einer unerklärlichen Selbstmordserie gekommen ist. Claudia hingegen löst beim Wechseln einer Glühbirne im Warehouse einiges Chaos aus.
Artie begibt sich auf eine mysteriöse Reise, die ihn direkt zu den geheimnisvollen Regents führt. Ihnen muss er Rede und Antwort über seine Arbeit stehen. Gleichzeitig geraten Myka, Pete und Claudia im Warehouse 13 aus Versehen in Gefahr.
Mykas Vater geht es sehr schlecht. Sie findet heraus, dass ein Artefakt dafür verantwortlich ist. Um es zu neutralisieren müssen sie dringend den zweiten Teil dieses Artefakts finden.
Das Warehouse-Team sucht immer noch fieberhaft nach MacPherson. Schließlich findet Claudia seine Spur im Internet, als er versucht, gestohlene Artefakte in einer Auktion zu verkaufen.
Das Warehouse-Team sucht immer noch fieberhaft nach MacPherson. Schließlich findet Claudia seine Spur im Internet, als er versucht, gestohlene Artefakte in einer Auktion zu verkaufen. Unter anderem bietet er Artefakte an, die sich eigentlich im Warehouse befinden müssten. Myka, Pete und Artie haben den Ort, an dem die Auktion stattfinden soll, schnell ermittelt. Aber sie haben schon die ganze Zeit das Gefühl, dass MacPherson seine Spur absichtlich legt, um gefunden zu werden. In der Zwischenzeit stellen Mrs. Frederic und Claudia bei einer Inventur im Warehouse fest, dass weit mehr Artefakte verschwunden sind, als sie bisher angenommen hatten. Als sie die Überwachungskameras auswerten, ist der Dieb klar zu erkennen: Es ist Claudia. Wird sie von MacPherson manipuliert oder ist sie gar von Anfang an eine Verräterin gewesen? Währenddessen gelingt es Pete, Myka und Artie MacPherson in einer unterirdischen Lagerhalle festzunehmen. Sie bringen ihn ins Warehouse, damit er dort für immer sicher verwahrt werden kann. Doch es dauert nicht lang, und er wird befreit: von Claudia, wie es aussieht …
