Fast ein Jahr nachdem die ursprüngliche Zeitlinie verändert wurde, haben die Kaylon die Hälfte der bekannten Galaxis erobert. Ed und Gordon überleben, indem sie auf verschiedenen Planeten nach Vorräten suchen. Nachdem sie den Kaylon knapp entkommen, wird ihr Schiff von Kelly gefangen genommen. Kelly hat die Offiziere der "Orville" aus ihrer ursprünglichen Zeitlinie wiedervereint, jedoch ohne Bortus und Isaac. Kelly erklärt, dass ihre Gedächtnislöschung fehlgeschlagen ist, weshalb sie und Ed nie geheiratet haben und keiner von beiden an Bord der "Orville" diente. Claire schloss sich der Crew ebenfalls nicht an, und ohne ihre romantische Beziehung zu Isaac, lief dieser nie zur Union über, was zur Vernichtung der Erde durch die Kaylon führte. Kelly plant, ihre Gedächtnislöschung zu korrigieren.
Um den Vorgang zu wiederholen, benötigen sie Isaacs Zeitreise-Forschung von der "Orville" und ein synthetisiertes Protein, das Kellys Gehirn fehlt. Dieses Defizit ist der Grund, warum die Gedächtnislöschung bei Kelly ursprünglich nicht funktionierte. Die Crew besorgt das Protein von einer Widerstandszelle, die von Alara Kitan geführt wird, und bergen die "Orville" vom Grund des Marianengrabens im Pazifik. Bortus wird an Bord gefunden und hat mit minimaler Lebenserhaltung überlebt, nachdem er die Crew sicher evakuiert hatte.
Nachdem die "Orville" wieder im All ist, nutzt John einen erbeuteten Kaylon-Körper, um ferngesteuert auf Isaacs Speicherelemente zuzugreifen. Dadurch wird jedoch der Standort des Schiffs verraten. Während die Kaylon immer näher kommen, überlädt John die Systeme des Schiffs, um Claire in die Vergangenheit zu schicken. Die "Orville" wird zerstört, aber Claire reist erfolgreich in die Vergangenheit und löscht Kellys Erinnerungen. Claire verschwindet und Kelly akzeptiert ein zweites Date mit Ed, wodurch vermutlich die ursprüngliche Zeitlinie wiederhergestellt wird.
