Lex Luthor hat ein Hotel in Smallville gekauft und nutzt es nun als seine neue Operationsbasis. Er setzt sein Verhalten gegenüber den Kents fort und sorgt für Unruhe. Jordan schreitet ein und rettet Sam aus den Fängen von Luthor sowie dessen Untergebenen Otis und Gretchen. Dabei stellt sich heraus, dass "Gretchen" nicht ihr wahrer Name ist.
Währenddessen kommt es zu einem dramatischen Höhepunkt im Kampf zwischen Superman und Doomsday. Doomsday scheint Superman zu töten und übergibt dessen Herz an Luthor. Luthor lässt dieses Herz in eine Box legen, die von einem LuthorCorp-Mitarbeiter namens Milton hergestellt wurde, und präsentiert den erschütternden Anblick von Supermans Leiche den Kents.
Parallel dazu verfolgt Luthor gemeinsam mit seiner Mitarbeiterin Amanda McCoy die Spur zu seiner entfremdeten Tochter Elizabeth. Nach der erfolgreichen Rettung von Sam rät Luthor Otis und "Gretchen", sich eine Weile zurückzuhalten und unterzutauchen.
