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Lex Luthor hat ein Hotel in Smallville gekauft und nutzt es nun als seine neue Operationsbasis. Er setzt sein Verhalten gegenüber den Kents fort und sorgt für Unruhe. Jordan schreitet ein und rettet Sam aus den Fängen von Luthor sowie dessen Untergebenen Otis und Gretchen. Dabei stellt sich heraus, dass "Gretchen" nicht ihr wahrer Name ist.
Währenddessen kommt es zu einem dramatischen Höhepunkt im Kampf zwischen Superman und Doomsday. Doomsday scheint Superman zu töten und übergibt dessen Herz an Luthor. Luthor lässt dieses Herz in eine Box legen, die von einem LuthorCorp-Mitarbeiter namens Milton hergestellt wurde, und präsentiert den erschütternden Anblick von Supermans Leiche den Kents.
Parallel dazu verfolgt Luthor gemeinsam mit seiner Mitarbeiterin Amanda McCoy die Spur zu seiner entfremdeten Tochter Elizabeth. Nach der erfolgreichen Rettung von Sam rät Luthor Otis und "Gretchen", sich eine Weile zurückzuhalten und unterzutauchen.
Während Lana die Menge davon abhält, sich Superman's Körper zu nähern, bringt Jordan ihn zur Festung, wo Lara ihn in den gleichen Stasiszustand versetzt, der ursprünglich für Verbrecher genutzt wurde. Ganz Smallville trauert um den Verlust von Superman. Jordan, der seinen Vater wiederbeleben möchte, sucht nach Superman's Herz und stellt Luthor zur Rede. Während eines Treffens mit einem LuthorCorp-Mitglied namens Sebastien "Bash" Mallory, durchschaut Mallory Jordan's Täuschung, entdeckt jedoch auch, dass Superman und Clark dieselbe Person waren.
In dieser Nacht schleicht sich Jonathan mit Sarahs Hilfe in Luthors Hotel, um das Herz zu finden. Jordan folgt den Spuren des Herzens bis zu einem Lagerplatz, wird jedoch von Luthor in eine Falle gelockt. Luthor überwältigt Jordan und zerstört das Herz. Er ruft Lois an und fordert sie auf, zu entscheiden, welcher ihrer Söhne überleben soll, lässt letztendlich jedoch Jordan frei. Lana findet unterdessen Jonathan und bringt ihn nach Hause. Amanda teilt Luthor mit, dass Sam dafür gesorgt hat, dass Elizabeth sich verstecken kann. Die Kents gehen zur Festung, um um Superman zu trauern. Dort zeigt Lara ihnen ein Abschiedsgeschenk von Clark: ein holographisches AI-Abbild von ihm, das er im Falle seines Ablebens erstellt hat.
Sam rekrutiert John Henry und Natalie für das Squad K des DOD, während er von General Hardcastle das Serum verlangt, das Bruno Mannheim zur Wiederbelebung von Bizarro verwendet hat. Lois veröffentlicht einen Bericht über Supermans Tod, was zu einem Streit zwischen den Zwillingen führt. Dabei zeigen sich Jonathans Kräfte erstmals. Lois informiert Sam darüber und Jonathan erklärt sich bereit, ein Training zu absolvieren.
Während eines Besuchs bei Jordan spielt Luthor Lois' Telefonanruf vor. Er offenbart, dass Lois damals entschieden hat, Jonathan zu retten. Jordan wirft ihr vor, Jonathan zu bevorzugen und Luthor zu Unrecht ins Gefängnis gebracht zu haben. Luthor zwingt Squad K-Mitglied Jonell Jones, von Sam den Aufenthaltsort von Elizabeth zu erfahren, doch Sam weigert sich. Daraufhin wird er angeschossen und Luthor schickt Doomsday los.
In einem verzweifelten Akt spritzt sich Sam das Serum selbst. Währenddessen versuchen John Henry und Natalie, Doomsday hinauszuzögern. Letztendlich bricht Doomsday jedoch Sams Genick. Zurück zuhause spielt Natalie den Kents eine Abschiedsnachricht von Sam vor. John Henry bringt Sams Körper zur Festung, wo Lara Sams Herz in Clark überträgt. Dank des Serums soll dies Clark wieder zum Leben erwecken.
Später veranstalten die Kents und die Irons einen Gedenkgottesdienst für Sam, während Superman langsam erwacht.
Clark kehrt mit Jonathan nach Hause zurück, doch beim Fliegen stürzt er ab und bemerkt, dass seine Stärke und Ausdauer nachlassen. Jordan belauscht "Gretchen", die Zweifel an ihrer Loyalität gegenüber Luthor äußert. Lois erkennt sie als Cheryl Kimble und wird von Jonathan zu ihr gebracht. Sie bittet Cheryl, sich gegen Luthor zu stellen. Später verzeiht Jordan Lois den Telefonanruf.
In der Zwischenzeit planen Kyle und Chrissy ihre Hochzeit und bitten Clark und Lois, der Trauzeuge und die Trauzeugin zu sein. Chrissys Mutter trifft ein und sorgt sich, dass ihre Tochter Kyle nur wegen einer Schwangerschaft heiratet. Nach Gesprächen mit Sarah und Lois wird Chrissy klar, dass sie nicht viel über Kyle weiß, ihn aber dennoch liebt.
Bei der Hochzeitszeremonie verlässt Jonathan die Feier, um in Metropolis ein Feuer zu stoppen und trifft dort auf Cheryl, die von Hacksaw Kronick, einem Luthor-Handlanger, angegriffen wird. Superman rettet beide und sorgt dafür, dass John Henry Kronick in DOD-Gewahrsam nimmt, doch Cheryl flieht.
Zurück zu Hause beschließen Kyle und Chrissy, ihre Hochzeit zu verschieben. Jordan, der eine Pause von seinen Superheldenpflichten einlegen möchte, übergibt Jonathan seinen Anzug. Später in der Nacht berichten Medien über die Rückkehr von Superman.
Als Luthor nach Smallville zurückkehrt, wird er von Superman abgefangen. Superman rät ihm, seinen Zorn loszulassen. Da Superman Doomsday nicht besiegen kann, macht sich Lois auf den Weg nach Frankreich, um Elizabeth zu finden. Sie hofft, dass Elizabeth Luthor umstimmen kann. Jonathan fliegt Lois nach Frankreich, während Jordan in Smallville bleibt, um Candice aufzuhalten.
Elizabeth trifft sich widerwillig mit Luthor in Smallville und offenbart ihm, dass sie im sechsten Monat schwanger ist. Nachdem sie mit Clark gesprochen hat, entschließt sie sich, Luthor unter bestimmten Bedingungen wieder in ihr Leben zu lassen. Er müsste die Kents in Ruhe lassen. Luthor lehnt ab, und Elizabeth entscheidet sich, ihren Sohn nicht dem Hass von Luthor auszusetzen und verlässt ihn.
In der Zwischenzeit durchschaut Candice die Lügen der Zwillinge über Jonathans Aufenthaltsort. Sie droht, die Beziehung zu beenden, wenn er ihr nicht die Wahrheit sagt. Schließlich erklärt Jordan ihr die Situation, und Candice und Jonathan versöhnen sich.
Clark bereitet sich darauf vor, die Kents zur Festung zu evakuieren, aber Lois hat das Gerät gefunden, das benutzt wurde, um Doomsday zu rufen. Sie hat ihn überzeugt, sich an seine Familie aus der inversen Welt zu erinnern. Zurück in Metropolis erfährt Luthor von McCoy, dass Doomsday verschwunden ist.
Luthor plant, ein Stück Land von Aidy Manning zu erwerben, und setzt Lana unter Druck, ihm zu erlauben, ein neues Hauptquartier in Smallville zu errichten. Dies verursacht Verwirrung bei McCoy und LuthorCorp. Lana und Clark überzeugen Aidy, den Verkauf zu stoppen. Sie haben jedoch die Befürchtung, dass Aidy nur zugestimmt hat, weil sie Clarks wahre Identität kennt. In einer lokalen Bar bietet Luthor Aidy und den anderen Gästen jeweils 10 Millionen Dollar an, doch sie lehnen ab.
Unterdessen beginnt Jonathan, sich mit Arbeit zu überlasten. Lois versucht, McCoy auf ihre Seite zu ziehen, indem sie enthüllt, dass Luthor die Verbindung zu Elizabeth gekappt hat. Coach Gaines, der sich der besonderen Fähigkeiten der Zwillinge bewusst ist, versucht, sie für die kommende Football-Saison zu rekrutieren. Jordan zeigt Interesse, im Diner zu arbeiten, was Sarah beeindruckt, die seine Bewegungsfreiheit beneidet.
Nachts bricht Otis in Lanas Haus ein und versucht, sie zu erwürgen. Sarah kann ihn jedoch abwehren, und er wird an das DOD übergeben. Wütend stellt Clark Luthor vor einem Hotel zur Rede, wird jedoch durch rote Straßenlaternen, die von Milton installiert wurden, seiner Kräfte beraubt. Im Beisein seiner Familie besiegt Clark dennoch Luthor in einem Faustkampf und warnt ihn, nie wieder nach Smallville zurückzukehren.
Sarah beschließt, im Ausland zu studieren, was Lana ihr schließlich erlaubt. Zurück in Metropolis erneuert McCoy ihre Loyalität zu Luthor und rät ihm, ein „killer Anzug“ zu besorgen.
Clark versucht den Bewohnern von Smallville, wie Denise und Gaines, klarzumachen, dass er nicht Superman ist. Timmy Ryan ist wütend auf die Zwillinge wegen ihrer Kräfte, da er auf dem Football-Team nicht mit ihnen konkurrieren konnte. Clark und die Zwillinge belügen Timmy's Mutter über ihre Kräfte, trotz Timmys Beharren.
In der Zwischenzeit überlegt Chrissy, ihren Anteil an der Gazette zu verkaufen, um sich ein Haus leisten zu können. Beim Abendessen mit Kyle, Clark und Chrissy schlägt Lois vor, ihre Erbschaft zu nutzen, um Chrissys Anteil zu kaufen. So könnten sie weiterhin zusammenarbeiten. Plötzlich stürmt Candices Vater Emmet herein und schießt auf Clark, um dessen Identität preiszugeben. Nachdem Kyle Emmet verhaften lässt, erfahren die Kents, dass es Luthor war, der Clark's Identität preisgegeben hat, nicht Candice.
Da sie erkennen, welchen Schaden das Geheimnis anrichtet, beschließen die Kents, es nicht länger zu verbergen. Am nächsten Morgen interviewt Janet Olsen vom "Daily Planet" Clark, und er gibt öffentlich seine Identität preis. Ohne die Notwendigkeit, in der Öffentlichkeit eine Brille zu tragen, versöhnt er sich im Diner mit Jimmy Olsen.