- Franchise
27 Tage nach der Niederlage von Ally Allston bekämpft Jordan weiterhin gegen Clarks Wünsche Bösewichte. Sam Lane kehrt zum D.O.D. zurück und besucht mit John "Steel" Henry Irons und Natalie ein Kino, wobei Sams heimliches Ziel ist, sie für die D.O.D. Akademie zu gewinnen, was Natalie verärgert. Lois Lane trifft auf den Doppelgänger von Johns Schwester, Dr. Darlene Irons, und entdeckt, dass der Doppelgänger von John Waffen an Bruno Mannheim verkauft hat. Zudem besteht der Verdacht, dass sie schwanger sein könnte.
Bei der 16. Geburtstagsparty der Zwillinge trennen sich Sarah und Jordan, während Jonathan seine Fahrprüfung besteht, die von einem widerwilligen Coach Gaines geleitet wird. Der ehemalige Bürgermeister George Dean drängt Lana, Gelder zurückzugeben, die sie umverteilte, um ein Schimmelproblem an der Smallville High zu lösen. Außerdem gibt Natalie Sam eine zweite Chance, und Kyle und Chrissy ziehen sich zurück, um die Nacht miteinander zu verbringen.
Clark wird gerufen, um gegen den Superkriminellen Henry Miller, bekannt als Atom Man, vorzugehen, wird jedoch von einer maskierten Gestalt verwirrt, die Miller offenbar tötet und entführt. Am nächsten Morgen finalisieren Lana und Kyle ihre Scheidung. Dr. Irons erklärt Lois, dass sie nicht schwanger ist und schlägt weitere Tests vor. Bruno und die maskierte Gestalt beobachten, wie Miller von Dr. Aleister Hook wiederbelebt wird.
Sarah und Natalie treffen auf einer Party in Metropolis auf die Zwillinge. Natalie plaudert dort mit einem Jungen namens Matteo, während Eliza, Jonathans Ex-Freundin, versucht ihn zu küssen. Sarah und Jordan einigen sich darauf, Freunde zu bleiben, und verlassen die Party nach einem Streit mit dem Gastgeber.
Inzwischen erhält Lana einen Anruf von Dean, der alles mit "dem Stolz von Smallville" erklärt, bevor er von einer mysteriösen Gestalt ermordet wird. Aufgrund seiner Worte als Hinweis entdecken Lana und John einen USB-Stick im Rathaus, werden aber von der gleichen Gestalt angegriffen, die ihn ihnen stiehlt.
Gleichzeitig interviewen Clark und Lois Richterin Tara Reagen, die Miller freigelassen hatte. Elias Orr unterbricht das Interview, als sie andeuten, sie könnte unter Druck gesetzt worden sein. Bruno lehnt eine Verwicklung mit Miller und Intergang ab und behauptet gegenüber Superman, dass er den Menschen Hoffnung gibt, die Superman nicht rettet.
Lois verhindert einen drohenden Suizid von Reagen auf dem Dach und offenbart sowohl ihr als auch Superman, dass sie an entzündlichem Brustkrebs im Stadium drei erkrankt ist. Später berichtet die mysteriöse Gestalt Bruno über John, der in Lanas Haus ein Sicherheitssystem installiert. Schließlich teilt Lois den Zwillingen ihre Diagnose mit.
Clark wird von Albträumen geplagt, in denen Lois stirbt. Er und Lois informieren ihre Freunde und Familie über ihre Diagnose. Lois verpasst jedoch einige ihrer Chemotherapietermine, um mehr über Bruno herauszufinden. Dabei stößt sie auf frisches Blut. Am nächsten Tag geraten sie und Chrissy in einem Lagerhaus in die Enge, umzingelt von Intergang-Mitgliedern unter der Führung von Mike Gunn. Glücklicherweise kommen Superman und John ihnen zu Hilfe, bevor das Lagerhaus explodiert. Superman hat allerdings Schwierigkeiten, gegen Gunns Waffen anzukommen.
Währenddessen plant Natalie, Lois die Uhr ihrer Mutter zu schenken. Sie lässt die Namen der Jugendlichen darauf gravieren. Doch Emmet, Candices Vater, stiehlt Jonathans Truck, in dem sich die Uhr befindet. Natalie und die Zwillinge schaffen es, den Truck zurückzuholen. Jonathan gesteht Candice, dass Eliza ihn geküsst hat.
In ihrem eigenen Chaos fragt Kyle Lana über Johns Sicherheitssystem aus. Lana bittet Sarah, bestimmte Dinge nicht mehr mit Kyle zu teilen. Das führt zu einem Streit, in dem Lana Sarah unabsichtlich ohrfeigt. In der Nacht entdeckt Sam, dass Lois' Blutprobe von Superman stammt und von Dr. Hook in Miller injiziert wird. Kyle ist für Sarah da und tröstet sie.
Am folgenden Morgen übergibt Natalie Lois die Uhr, und Lois und Clark machen sich auf den Weg zu ihrem Termin.
Als Jordan mit Superman gesehen wird, schlägt Sam ihm vor, sich die Haare schneiden zu lassen. Kyle spricht sowohl mit Sarah als auch mit Lana, und die beiden versöhnen sich. Als Jonathan nach dem Lastwagen fragt, schlägt Emmet ihm ein blaues Auge und zieht eine Waffe auf Lois.
In der Zwischenzeit erfährt John von der Verwicklung seines Doppelgängers mit der Intergang. Er trifft sich mit Darlene und wird schnell von Bruno konfrontiert, der eine Bombe an Darlenes Brust befestigt, um John zu erpressen, das Weite zu suchen. John schafft es, sie zu retten, aber er verschont Bruno, der weiterhin ein Auge auf die Familie des Doppelgängers hat.
Sam entdeckt, dass Intergang Supermans Blut aus D.O.D.-Proben synthetisiert hat, woraufhin Superman alles zerstört. In dieser Nacht, nachdem er erfahren hat, was Emmet getan hat, jagt Clark ihn aus der Stadt und lässt Candice bei seiner Familie bleiben. Sam präsentiert Jordan einen Anzug, damit er seine Haare nicht schneiden lassen muss. Lois meldet sich als Chemopatientin in einem Krankenhaus in Hob's Bay an, einem Gebiet, das von Bruno kontrolliert wird.
Jordan bringt Matteo vorbei, damit er Natalie trifft. Gleichzeitig bietet Kyle Jonathan einen Wochenendjob in der Feuerwache an. Lana erlebt eine unangenehme Begegnung mit George Dean Jr., der ihr gegenüber deutlich macht, dass einige Einwohner von Smallville ihr noch immer misstrauen. Chrissy schlägt vor, Deans Verhalten öffentlich zu machen. In Hob's Bay unterhält sich Clark mit Chemotherapie-Patienten. Lois trifft auf Bruno, der ihre Krebserkrankung behandeln möchte, solange sie ihn nicht daran hindert, seiner Gemeinschaft zu helfen.
Bei einem Valentinstags-Tanz tröstet Sarah George Jr., während Natalie vor Matteo flüchtet, als dieser versucht, sie zu küssen. Sam kann sie jedoch überzeugen, zu Matteo zurückzukehren. Candice offenbart Jonathan, dass sie zu ihrer Tante nach Topeka zieht, wodurch sie sich nur noch am Wochenende sehen können, überzeugt ihn jedoch, den Job dennoch anzunehmen. Derweil besiegt Superman Jason Distefano, auch bekannt als Deadline. Allerdings gelingt es Distefano noch, die Standorte mehrerer D.O.D.-Einrichtungen an Intergang weiterzugeben. Kyle und Chrissy verbringen die Nacht miteinander.
Am nächsten Morgen bittet Lana Chrissy, Deans Verhalten nicht öffentlich zu machen, weil sie denkt, dass die Stadt abschließen muss. Sam informiert Clark und Lois über bevorstehende Razzien, während Bruno den Körper des Inverse Superman birgt.
Einen Monat später tritt Clark einer Selbsthilfegruppe für Ehepartner von Chemotherapie-Patienten bei. Distefano, der unter Tumoren leidet, wird von Superman zu Bruno gebracht, aber abgewiesen und stirbt im Krankenhaus. Lois teilt ein Essen mit einem Patienten, der auf Brunos Wohltätigkeit vertraut. Jordan versucht, Clark davon zu überzeugen, dass er bereit ist zu helfen, wird aber durch die endlosen Lektionen gereizt. Clark versucht, sich zu entschuldigen, aber eine Gestalt fängt ihn mit Lois' Stimme ab und greift ihn mit Kryptonit-Blastern an. Jordan wird getroffen, während er versucht, ihn zu retten, aber sie können entkommen und erkennen, dass Jordan nicht so anfällig für Kryptonit ist.
Unterdessen verlieren Sarah und Jonathan Sophie aus den Augen. Jonathan findet sie auf dem Jahrmarkt und überzeugt sie davon, dass ihre Familie sie nicht vergessen hat. Als Dank gibt Kyle Jonathan eine neue Uniform. Nachdem Lana Kyle und Chrissy zusammen gesehen hat, machen sie ihre Beziehung öffentlich. Die Gestalt erzählt Bruno, dass ihre Kräfte schwinden. Es stellt sich heraus, dass sie Peia ist, Brunos Frau und die Patientin, mit der Lois zusammen war. Bruno verspricht, sie zu retten.
Die Zwillinge flehen Lara an, die kryptonische Technologie zu nutzen, um Lois zu retten. Doch Lara warnt sie, dass dies tödlich enden könnte. Clark besteht darauf, dass sie nach Hause gehen und dort finden sie Lois' Testament.
In der Hob's Bay sind Bruno und Peia von den Fragen von Clark und Lois verärgert. Lois entschuldigt sich und bietet Peia eine Freundschaft an, doch Bruno und Peia geben ihre Ehe bekannt. Unterdessen reagiert Sarah gereizt auf Chrissy, schließt sich ihr aber schließlich für einen Film an und entdeckt dabei ihre Cannabis-Edibles.
John bedrängt Matteo während des Mittagessens mit Natalie, aber Lana rät ihm, Natalies Urteilsvermögen zu vertrauen. Er entschuldigt sich daraufhin bei Matteo. Später am Abend stellen die Zwillinge ihre Eltern zur Rede und erinnern sie daran, dass Lois nicht unzerstörbar ist. Clark und Lois erklären ihnen, dass sie es ungerecht finden, die Technologie zu nutzen, die sie der Welt nicht zur Verfügung stellen können.
Sarah und Lana zünden gemeinsam Feuerwerk. Matteo's Eltern werden als Bruno und Peia enthüllt. In Rückblenden beschließt Bruno, die Selbstmordslums zu renovieren, und Peia verteidigt ihn, indem sie Boss Moxie und seine Anhänger mit ihren Kräften tötet.
Kyle befördert Jonathan. Als ein Feuer ausbricht, weist Kyle Jonathan an, beim Feuerwehrauto zu bleiben. Doch Jordan rettet jemanden aus den Flammen und legt ihn bei Jonathan ab. Kyle glaubt daraufhin, Jonathan hätte seine Anweisung ignoriert. Während der Suche nach Beweisen gegen Bruno verpasst Sam ein Date und unterhält sich stattdessen mit Lana. Clark und Chrissy sprechen mit einem Chemo-Patienten, der Peia kannte, erfahren aber nichts. Die Gruppe entdeckt, dass Bruno Lex Luthor mithilfe von Peias Stimmimitation für Moxies Tod verantwortlich gemacht hat.
Natalie trifft die Eltern von Matteo, ohne zu wissen, wer sie wirklich sind. John erfährt bei einem Treffen mit Darlene, dass das Restaurant, in dem sich Natalie befindet, der Ort ist, an dem sein Doppelgänger sich mit Bruno treffen würde. John geht dorthin und gerät mit Bruno und Peia aneinander. Zusammen mit Superman stellt er sich ihnen entgegen. Peia verliert das Bewusstsein, während sie ihre Kräfte einsetzt, und Superman bringt sie zur DOD.
Unterdessen streiten sich die Zwillinge über das Feuer. Sarah hilft Jordan, Jonathans Sichtweise zu verstehen, woraufhin er sie überredet, mit Lana zu einem The Cure-Konzert zu gehen. Jordan entschuldigt sich und Jonathan verrät ihm, dass Kyle vermutet, jemand mit besonderen Fähigkeiten habe eingegriffen. Lois hat Bedenken, dass Luthor zu Unrecht verurteilt wurde. John befiehlt Natalie, Matteo nicht mehr zu treffen und nimmt ihr das Handy ab. Matteo streitet sich mit seinem Vater und die Augen des Inverse Superman öffnen sich.
In Rückblenden kauft Clark Lois ein Kleid, das sie auf einer Gala tragen kann, da sie für einen Journalistenpreis nominiert wurde. In der Gegenwart bittet Jordan Jonathan, ihren Eltern nicht zu erzählen, was Kyle gesagt hat. Beim DOD verlangt John von Bruno, alle gestohlenen DOD-Vermögenswerte im Austausch für einen Besuch bei Peia zurückzugeben. Bruno lehnt ab und lässt Orr einen Angriff auf John und Natalie führen, der jedoch aufgrund von Zeugen abgebrochen werden muss. John reagiert darauf mit einer Razzia des DOD in Brunos Wohnung.
Inzwischen versucht Lois, das Kleid an Lana zu übergeben, und die beiden sprechen über Lois bevorstehende doppelte Mastektomie. Jonathan rät Natalie, den Kontakt zu Matteo aufzugeben. Später entschuldigt er sich und lädt Matteo nach Smallville ein, wo Natalie erfährt, dass John Peia von ihrer Familie ferngehalten hat. Bruno beauftragt den wiederbelebten Miller, John anzugreifen, was in einem Kampf resultiert, bei dem John aus Notwehr handelt und dabei Millers Leben nimmt.
Später zeigt Bruno Matteo den Körper des Inverse Superman und plant, ihn zu nutzen, um ein Heilmittel für Peia zu entwickeln. Lois zieht das Kleid an und fliegt mit Clark.
Lois beendet ihre Chemotherapie. Im DOD versucht sie, Peia dazu zu bringen, ein Geständnis abzulegen, dass sie Luthor reingelegt hat. Lana und Chrissy treffen sich mit der Gouverneurin Kerry Wexler. Clark möchte Zeit mit den Zwillingen verbringen, doch diese ziehen es vor, zu einer Party zu gehen. Dort platzt Jordan mitten in das Gespräch zwischen Sarah und George Jr., was Sarah verärgert. Die Polizei stürmt die Party, und in der Hektik bauen Sarah und George Jr. einen Unfall mit ihrem Auto, aber Jordan rettet sie.
Kyle trifft ein, und George Jr. erwähnt, jemanden mit besonderen Kräften gesehen zu haben, während Sarah wegen Fahrens unter Alkoholeinfluss verhaftet wird. Im Diner sieht Wexler Sarah in Handschellen und entscheidet sich, zu gehen. Matteo besucht heimlich Peia und gibt ihr Brunos Heilmittel. Mit ihren wiedererlangten Kräften zwingt Peia Lois, ihr bei der Flucht zu helfen, und zerstört dabei das DOD.
Währenddessen gesteht Jordan, dass er von jemandem gesehen wurde, als er seine Kräfte einsetzte. Clark merkt, dass Jordan getrunken hat, und stellt auch Jonathan zur Rede, der zugibt, auf der Party gewesen zu sein, aber nichts getrunken zu haben. Kyle, der überzeugt ist, dass Jonathan Kräfte hat, spricht Clark darauf an, der ihm ausweicht und ihm verspricht, es am nächsten Tag zu erklären. Schließlich vereint sich Peia mit Bruno und Matteo.
Peia täuscht Attacken vor, um ihren Aufenthaltsort zu verbergen. Nachdem er erfährt, dass Clark Superman ist, reagiert Kyle verärgert auf Chrissy, da sie ihm nicht gesagt hat, dass Personen mit besonderen Kräften geholfen haben. Am nächsten Tag hinterlässt Natalie heimlich ein Gerät für Matteo in seiner Wohnung. Sarah macht sich Sorgen, dass ihr Leben ruiniert ist und dass Jordan sie hasst; Lana und Kyle trösten sie. Kurz bevor Lois operiert wird, hat Jordan einen Panikanfall. Clark bemerkt, dass seine Röntgensicht zurückkehrt, und Jonathan hilft ihm, sich zu beruhigen.
Während die Mannheims ihre Flucht vorbereiten, verliert Peia die Kontrolle über ihre Kräfte, was zu Stromausfällen führt und Elias Orr das Leben kostet. Matteo entdeckt Natalies Gerät, das sie zusammen mit John und Bruno zur Wohnung ruft. Superman fliegt mit Peia in den Himmel und sagt ihr, dass sie loslassen kann. Sie stirbt und Superman überbringt ihre letzten Worte ihrer Familie. Bruno erklärt sich bereit, mit dem Verteidigungsministerium zusammenzuarbeiten, um Matteos Anklagen fallen zu lassen.
Lois erwacht aus der Narkose, Sarah wird Kellnerin im Diner, Kyle entschuldigt sich bei Chrissy, und der Inverse Superman erwacht erneut.
In Rückblicken auf seine Zeit im Gefängnis von Stryker zwingt Luthor den Gefängnisleiter William Ellis und die Insassen, darunter auch Otis Grisham, ihm zu dienen. In der Gegenwart wird Luthor aus dem Gefängnis entlassen und veranlasst Ellis, diese Neuigkeit zu verzögern. George Jr. wird über seinen Retter interviewt. Jordan lobt diesen Retter, was Sarah verärgert, da sie es nicht fair findet, sein Geheimnis bewahren zu müssen, wenn er damit prahlt. Lana teilt dies Clark und Lois mit, und sie nehmen auf Sams Empfehlung hin seinen Anzug weg.
In der Zwischenzeit macht sich Jonathan Sorgen, dass Kyle ihn anders behandelt. Clark bemerkt das und spricht mit Kyle. Kyle bittet Jonathan, die Dinge unter sich zu behalten. Jordan gerät mit Sarah im Diner in Streit. Als ein Tornado aufzieht, holt Jordan seinen Anzug von Sam zurück, um Superman bei der Beseitigung des Tornados zu helfen. Die Öffentlichkeit feiert ihn, und er wird im Internet viral. Am Abend diskutiert Jordan mit seinen Eltern über ihre auferlegten Einschränkungen. Sarah bittet Lana, ihre Haare zu färben.
Luthor taucht bei den Kents auf und fordert Lois auf, sich zurückzuziehen. Zusammen mit Otis geht er und findet den Inverse Superman.
32 Tage später bereitet sich Smallville auf die Feier des Meteorregens vor. Chrissy erfährt, dass sie schwanger ist, und zusammen mit Kyle teilt sie diese Nachricht mit ihren Freunden und der Familie. Die Kents planen eine Reise nach Italien, während Sam John anbietet, in Metropolis beim DOD Technologien zu entwickeln. Natalie hört, dass Matteo an der DOD-Akademie eingeschrieben ist, und John geht mit Lana aus. Jonathan bemüht sich um die Vergebung von Coach Gaines, und Clark ermutigt Jordan, sich mit Sarah zu versöhnen, auch wenn die beiden beschließen, keine Freunde mehr zu sein.
Unterdessen lässt Luthor Richterin Reagen ermorden. Sam trifft sich mit einer Frau namens Gretchen, die er online kennengelernt hat, wird jedoch von ihr entführt und zu Luthor gebracht. Während der Feier verloben sich Kyle und Chrissy. Als entdeckt wird, dass der Inverse Superman jedes Mal stärker wird, wenn er getötet wird, lässt Luthor ihn wiederholt töten und in ein Monster verwandeln.{{efn|Identifiziert jenseits des Bildschirms als Doomsday (DC Comics)|Doomsday.}} Luthor setzt dieses Geschöpf gegen Superman ein. Nach einem heftigen Kampf spießt Superman das Monster auf, doch als es wieder zum Leben erwacht, ist es zu stark und schlägt Clark bewusstlos, um ihn in den Weltraum zu schleudern. In Erinnerung an seine Familie wirft Clark das Monster auf die Mondoberfläche, und zuletzt sind sie zu sehen, wie sie mit tödlicher Absicht aufeinander zustürmen.