Die Zeitung ''Daily Planet'' wurde von Edge EnerCorp aufgekauft. Am selben Tag verliert Clark Kent seinen Job und seine Mutter. Zusammen mit seiner Frau Lois Lane und ihren Zwillingssöhnen Jonathan und Jordan reist er nach Smallville, um an der Beerdigung teilzunehmen. Dort trifft er auf Lana Lang und ihren Ehemann Kyle Cushing, während seine Söhne mit ihrer Tochter Sarah Freundschaft schließen.
Die Zwillinge überleben wie durch ein Wunder einen schweren Unfall. Dies führt bei den Erwachsenen zu der Vermutung, dass Morgan Edge, der CEO von Edge EnerCorp und verantwortlich für Clarks Entlassung, dunkle Pläne für Smallville hegt. Die Jungen entdecken Clarks Raumschiff. Daraufhin offenbart er ihnen seine Identität als Superman und erklärt, dass einer von ihnen seine übermenschlichen Kräfte geerbt haben muss, um den Unfall unversehrt zu überstehen. Obwohl sie zuerst annehmen, dass der sportliche Jonathan die Fähigkeiten besitzt, stellt sich heraus, dass der zurückhaltende Jordan diese hat, als er sich mit Sarahs Freund Sean Smith anlegt.
Gleichzeitig kämpfen Superman und General Sam Lane gegen einen geheimnisvollen Feind. Dieser sabotiert Atomkraftwerke, um zu beobachten, wie Superman seine Kräfte einsetzt. Superman wird in einem Zweikampf von dem Mann besiegt, der einen gepanzerten Exo-Anzug trägt und seine Identität durch eine Bleiummantelung verbirgt. Am Ende beschließen Clark und Lois, auf die Farm der Kents zu ziehen, um Jordan die nötige Privatsphäre zu geben, die er braucht, um mit seinen Kräften umzugehen. Der mysteriöse Feind wird von seiner KI als "Captain Luthor" identifiziert.
