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Nachdem Atlantis zu früh aus dem Hyperraum gefallen ist stellen Rodney McKay und sein Team fest, das bei dem Treffer des Laserstrahls der Replikatoren mehrere Energie-Hauptleitungen getroffen wurden.
Das Atlantis-Team um Sheppard beschließt von den Replikatoren ein Zero Point Modul (ZPM) zu stehlen, da ihres nicht mehr genug Energie für einen Hyperraumsprung hat.
Teyla und Ronon finden auf einem Planeten einige seiner alten Kameraden aus Sateda wieder.
Bei der Erkundung eines neuen Planeten berührt Sheppard aus Versehen eine Art von leuchtendem Kristall und wird weggeschleudert.
Als Sheppard auf dem Rückweg von einer Forschungsstation nach Atlantis ist, wird er von einer neuartigen Rasse, den Reisenden angegriffen.
In Atlantis bricht eine Epidemie aus. Alle Menschen bekommen zunächst Schwindelanfälle und Kopfschmerzen. Etwas später wissen sie nicht mehr, wer sie sind oder woher sie kommen.
Dr. Keller und Teyla statten Teylas Volk einen Besuch ab, da Dr. Keller nun Chefärztin ist und sich auch um Teylas Volk kümmern muss.
Das Team um Sheppard hört Geschichten über einen Mann, der in die Zukunft blicken kann. Von einem Treffen mit ihm erhofft sich das Team den momentanen Standort von Teylas Volk.
Rodney McKay bittet seine Schwester um Hilfe bei dem Replikatoren-Basiscode. In derselben Nacht wird sie entführt.
Das Stargate von Atlantis funktioniert nicht. Außerdem schlägt in die Bibliothek von Atlantis eine Drohne ein.
Die Replikatoren zerstören weiterhin die menschlichen Siedlungen in der Pegasus-Galaxie. Währenddessen tauchen die Daeldalus und die Apollo in der Umlaufbahn des Planeten von Atlantis ein.
Das Atlantis Team um Sheppard entdeckt das Signal von Todds Peilsender. Das Team begibt sich zu den Koordinaten und findet ein beschädigtes Wraith Basisschiff vor.
Atlantis leitet ohne ersichtlichen Grund Quarantänemaßnahmen ein. Überall in der Stadt werden Menschen in Fahrstühlen festgehalten oder stecken in ihren Quartieren fest.
Rodey und Sheppard kommen auf einen Routinebesuch zu dem Volk mit dem zweiten Atlantis.
Sheppards Vater ist gestorben. Bei der Beerdigung auf der Erde werden Ronon und Sheppard von einer Frau angesprochen.
Rodney, Dr. Keller und Col. Carter sind auf dem Weg zu einer Siedlung, die häufiger unter schweren Erdbeben leidet.
Atlantis erhält Besuch von Teal’c. Er soll Ronon Dex auf ein Treffen mit Mitgliedern des IOAs vorbereiten.
Teyla trifft in einem Traum Ihren Mann K´naan. Er bittet sie zu einem Planeten zu kommen, wo sie ihm in der Vergangenheit eine Kette gekauft hat.
In Atlantis erzählt Rodney, dass Dr. Beckett in Wirklichkeit nur ein Klon ist. Dieser will Sheppards Team helfen und erzählt von einer Stargate Adresse welche er sehen konnte.
Sheppard will sich mit einem Spion der Genii treffen. Da dieser bei dem Treffpunkt nicht erscheint, geht Sheppard durch das Stargate nach Atlantis. Auf der anderen Seite muss Sheppard von einem Hologramm von Rodney erfahren, dass er 48.000 Jahre in der Zukunft gelandet ist und Atlantis aufgegeben wurde.
