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Das SG-1 Team hat die Überreste der verlorenen Stadt der Antiker der Erbauer der Sternentore – entdeckt. Mitten in den Ruinen findet Daniel Jackson eine Stargate-Adresse, von der er hofft, dass sie zu der neuen Stadt dieses uralten Kulturvolkes führt, von der einige glauben, dass es sich dabei um das sagenumwobene Atlantis handelt. Allerdings befindet sich dieser Ort in der entfernten Pegasus-Galaxie und damit weiter weg, als sich bislang irgendein Stargate-Team ins Universum hinausgewagt hätte.
An ihrem Zielort stößt das Atlantis Team auf ein wahres Wunderwerk der Technik: Eine Stadt mitten im Meer, die allerdings völlig verlassen zu sein scheint.
Aus Versehen wird ein Forschungsobjekt der Antiker aus seinem Behältnis freigelassen. Es handelt sich um ein körperloses Wesen ähnlich einem Schatten. Alle Versuche, das Wesen wieder einzufangen, misslingen.
Bei der fluchtartigen Rückkehr von einer Erkundungsmission verkeilt sich ein Puddle Jumper mit seinen Triebwerken in einem im Orbit befindlichen Stargate. Das Cockpit hat den Ereignishorizont schon passiert, während Sheppard, Teyla, Ford und McKay noch im hinteren Teil des Jumpers sind.
Egal wohin sich Sheppards Team auch begibt, warten bereits Wraith auf sie. Es wird vermutet, dass einer der Athosianer als Spion für die Wraith arbeitet.
Das Team trifft auf einen ausschließlich von Kindern bevölkerten Planeten. Sie erfahren, dass die Bewohner an ihrem 25. Geburtstag Selbstmord begehen, damit ihre Gesellschaft nie groß genug wird, um ein lohnendes Ziel für die Wraith darzustellen.
Das Team trifft die Hoffaner, deren bereits industrialisierte Gesellschaft seit vielen Generationen an einem Medikament arbeitet, dass es den Wraith unmöglich machen soll, sich an dem geimpften Menschen zu nähren.
Die Genii, ein angeblich prä-industrielles Volk, stellt sich als technologisch fortgeschritten heraus. Ihre Fassade dient nur zum Schutz vor den Wraith. Die Genii arbeiten an Atomwaffen, mit denen sie die Wraith besiegen wollen.
Das Stargate auf einem gänzlich in Nebel gehüllten Planeten scheint Energie aus dem Nebel zu ziehen und somit die Erde anwählen zu können. Das Team kehrt so scheinbar zur Erde zurück.
Ein gewaltiger Sturm bedroht die Stadt. Die Energie reicht jedoch nicht, um den Schutzschild zu aktivieren.
Teyla, Dr. Beckett und Ford kommen Sheppard im Puddle Jumper zu Hilfe.
Das Team entdeckt einen deaktivierten Verteidigungssatelliten im Orbit um einen anderen Planeten im Sonnensystem von Atlantis. Sheppard, McKay, Dr. Abrams und Dr. Gall fliegen im Puddle Jumper dorthin und entdecken ein vor langer Zeit abgeschossenes Wraith-Versorgungsschiff.
Beim Erkunden der Stadt wird ein Nanovirus freigesetzt, der mehrere Crewmitglieder tötet. Die Stadt löst automatisch eine Quarantäne aus.
Das Team entdeckt einen Planeten, der mittels einer mächtigen Energiewaffe vor den Wraith geschützt wird. Da die Bevölkerung sehr primitiv ist, rätseln sie, wer die Waffe bedient.
In einer Stasiskammer auf Atlantis wird ein sehr alter Zeitzwilling von Dr. Weir gefunden.
Sheppards Team findet auf einem fremden Planeten mit Hilfe von einheimischen Wissenschaftlern ein ZPM.
Die Sensoren zeigen, dass die herannahenden Basisschiffe regelmäßige Zwischenstopps zur Nahrungsaufnahme einlegen. Sheppard und Teyla steuern zur Aufklärung einen der prognostizierten Planeten an und finden eine beachtliche Wraith-Flotte vor.
Teyla leidet unter Alpträumen von den Wraith. Sie hat eine Gabe, die sie Anwesenheit von Wraith spüren lässt.
Der inaktive Verteidigungssatellit soll mit einem Naquadahgenerator reaktiviert werden.
Während die Evakuierung schon läuft, trifft Verstärkung von der Erde ein: Marines unter dem Kommando von Col. Everett. (In Ägypten wurde ein ZPM gefunden.) Die Evakuierung wird abgebrochen. Stattdessen soll nun um Atlantis gekämpft werden.
