Jedi Anakin Skywalker und einige Klone entkommen einer Falle Wat Tambors und helfen einem örtlichen Dorf, sich gegen einen Angriff des separatistischen Admirals Trench zu verteidigen.
Während Jedi Mace Windu und Obi-Wan Kenobi einen Angriff gegen die separatistischen Streitkräfte auf Anaxes führen, infiltrieren die Kloneinheit 99 und Anakin Skywalker ein feindliches Raumschiff, um den Sieg der Republik zu sichern.
Nachdem sie den Jedi-Orden verlassen hat, findet sich Ahsoka Tano in der Unterwelt von Coruscant wieder, wo sie sich mit dem aufstrebenden Piloten Trace Martez anfreundet. Von Traces Schwester Rafa angeworben, um beim Bau gefährlicher Droiden zu helfen, beschließt Ahsoka, ihre Jedi-Vergangenheit geheim zu halten.
Nachdem sie Maul auf Mandalore gefangen genommen hat, wird Ahsokas Reise zum Rat der Jedi unterbrochen, als die Order 66 ausgerufen wird, wodurch ihre Welt auf den Kopf gestellt wird.