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Wesleys wissenschaftliches Experiment gerät außer Kontrolle, als er versehentlich intelligente Mikro-Organismen, sogenannte "Naniten", in den Schiffscomputer setzt. Dieser Unfall gefährdet eine wichtige wissenschaftliche Mission von Dr. Paul Stubbs, einem besessenen Wissenschaftler, der zu allem bereit ist, um seine Karriere zu retten.
Data erhält seine erste Kommandoverantwortung auf einem Planeten, dessen menschliche Kolonisten sich in Gefahr befinden. Die Sheliak, eine gewalttätige außerirdische Rasse, die sich strikt an legale Vorgänge hält, plant die Kolonisierung dieser Welt, die rein legal ihnen gehört. Als die Bevölkerung eine Evakuierung ablehnt, muß Data improvisieren, um sie zur Abreise zu bewegen.
Die Enterprise entdeckt nur zwei Überlebende einer außerirdischen Attacke, die die gesammte Bevölkerung auf Rana IV vernichtete. Sie trauen der Geschichte nicht, die einer der Überlebenden erzählt. Er behauptet, daß er und seine Frau die einzigen Überlebenden sind, sich jetzt in Sicherheit befinden und jetzt in Ruhe gelassen werden wollen. Schließlich findet Picard heraus, daß er es mit einem mächtigen Gestaltwandler zu tun hat.
Die Enterprise bringt ein Rettungsteam zu einem Sternenflotten-Außenposten, der eine primitive Kultur studiert. Versehentlich gewähren sie der Rasse einen Blick auf ihre hochentwickelte Technologie und werden für Götter gehalten. Ohne die Hauptdirektive zu verletzen müssen Troi und Riker hinunterbeamen, um einen Föderationsoffizier zu retten.
Worf leitet eine Mission, wobei die Mutter des Jungen, Jeremy Aster, stirbt. Da er die Mission leitete, fühlt sich Worf berufen, den Stiefvater zu spielen. Plötzlich taucht die Mutter des Jungen wieder auf dem Schiff auf. Die Besatzung erfährt, daß sie eine Illusion ist, die von den von Schuld geplagten Außerirdischen, die für ihren Tod verantwortlich sind, an Bord gebracht wurde.
Die Enterprise wird in einem futuristischen Minenfeld gefangen, daß dem Schiff Energie entzieht. Geordi muß eine Fluchtmöglichkeit finden. Er benutzt die holographische Hilfe der Schiffskonstrukteurin Dr. Leah Brahms, indem er sie und die Baupläne der Enterprise auf dem Holodeck erschafft.
Geordi wird auf einem feindlichen Planeten bei einer Mission des Landeteams vermißt. Die Enterprise hatte dort ein romulanisches Shuttle entdeckt. Geordi, der keine Möglichkeit hat, mit dem Schiff zu kommunizieren, begegnet einem romulanischen Centurio, der ihn als Gefangenen nimmt. Währenddessen versucht Dr. Crusher einen verwundeten Romulaner in der Krankenstation zu retten.
Die Föderation verhandelt mit dem Planeten Crystalia über die Kontrolle über das angeblich erste stabile Wurmloch. Die Ferengi unter DaiMon Goss unterbrechen die Verhandlungen, um ihr eigenes Angebot zu überbringen. Einer der Verhandlungsteilnehmer, Devinoni Ral läßt sich intim mit Troi ein, die herausfindet, daß er ein halber Betazoide ist, wodurch er einen Vorteil bei den Verhandlungen gegenüber Riker hat.
Picard verhandelt in einem Streit zwischen einer Gruppe von Piraten und der Herrscherin von deren Heimatwelt, um den Rebellen eine Rückkehr und eine Amnestie zu ermöglichen. Einer der Clansmänner wird von Yuta und einer Dienerin der Herrscherin ermordet, die die Vernichtung ihres Clans rächen will.
Der romulanische Sub-Commander Setal warnt die Föderation vor einem romulanischen Übergriff auf die Neutrale Zone, der die Einleitung für eine Invasion bilden wird. Picard, der der Geschichte nicht traut, entdeckt, daß der Offizier in Wirklichkeit der legendäre Admiral Jorak ist. Als sie in der Neutralen Zone ankommen, finden sie keinen romulanischen Außenposten, stattdessen werden sie von einer romulanischen Flotte erwartet.
Genetisch veränderte Veteranen eines Krieges auf Angosia 3 sind auf eine Gefängniskolonie auf Lunar 7 verbannt worden, von der Soldat Roga Danar flieht. Er wird von der Enterprise gefangengenommen, flieht aus der Zelle und versucht mit seinen Mitoffizieren einen Putsch gegen die Regierung zu organisieren, die gerade die Mitgliedschaft in der Föderation anstrebt.
Dr. Crusher wird von Terroristen entführt, die die Unabhängigkeit ihres Gebietes verlangen und glauben, die Föderation hätte sich mit der Regierung verbündet. Sie haben eine Methode der Teleportation entwickelt - die sie langsam umbringt - und transportieren sich auf die Enterprise, um sie zu zerstören. In der Zwischenzeit versucht Dr. Crusher die Terroristen vor der Zelldegeneration zu retten.
Q ist seiner Macht beraubt worden und wird vom Q-Kontinuum wegen seiner Verfehlungen verbannt und auf der Enterprise abgeladen. Kurz darauf wird die Enterprise von Außerirdischen verfolgt, die sich an Q rächen wollen. Als er sich selbstlos opfert, um die Enterprise zu schützen, bekommt er seine Kräfte von Q2 zurück.
Riker wird beschuldigt, den außerirdischen Wissenschaftler Dr. Nel Apgar ermordet und die wissenschaftliche Station zerstört zu haben. Picard führt den Vorsitz bei einer Untersuchung, die mit Holodeck-Illusionen arbeitet und herausfinden soll, ob es genug Beweise gibt, um Riker auf den Planeten auszuliefern, wo auf sein angebliches Verbrechen die Todesstrafe steht.
Während eines Konfliktes mit den Romulanern wird die Enterprise NCC-1701-C durch eine Anomalität in der Zeit nach vorne geworfen, wodurch sich die Geschichte verändert. Die Besatzung wird ohne ihr Wissen in ein Paralleluniversum geschleudert, in dem die Föderation noch immer in einem blutigen Krieg mit dem klingonischen Imperium liegt. Nur Guinan ahnt, daß etwas nicht stimmt und drängt Picard, die Enterprise-C in ihre Zeit zurückzuschicken, wo sie einen Frieden mit den Klingonen ermöglichen wird. Ansonsten wird die Geschichte für immer verändert bleiben und die Föderation wird gegen die überlegenen Kräfte des klingonischen Imperiums unterliegen.
Data erschafft sich eine Tochter und hofft, daß er diesen weiterentwickelten Cyborg in Menschlichkeit unterrichten kann. Seine Pläne werden allerdings umgeworfen, als Sternenflotten-Admiral Haftel seinen Plan bekanntgibt, Lal zu studienzwecken mitzunehmen. Picard ist bereit, Data zu verteidigen, der seine Tochter nicht aufgeben will.
Worf kehrt auf die klingonische Heimatwelt zurück, um seinen verstorbenen Vater gegen die Anklage des Verrats zu verteidigen. Worf wird von seinem Bruder Kurn, der ebenfalls überlebt hat und sich als Teil eines Austauschprogramms auf die Enterprise versetzen ließ, dazu angestachelt. Er wird zum Opfer politischer Intrigen und läßt schließlich zu, daß er aus der klingonischen Gesellschaft ausgeschlossen wird.
Picard wird von Außerirdischen als Teil eines futuristischen Laborexperiments entführt und durch einen Doppelgänger ersetzt, der sich sehr untypisch verhält: Er verführt Dr. Crusher und singt Trinklieder mit der Besatzung in Zehn Vorne. In der Zwischenzeit versuchen Picard und drei andere gefangene Außerirdische aus ihrem Gefängnis auszubrechen, entdecken jedoch, daß einer von ihnen der Wärter ist.
Picard wird zu einem Urlaub auf Risa, dem Club Med des Kosmos, überredet. Dort wird der Captain unwissentlich zum Komplizen der skrupellosen Vash. Sie sucht den legendären Tox-Uthat-Schatz und wird von ihrem ehemaligen Verbündeten, dem Ferengi Sovak, verfolgt, der ebenfalls auf den Schatz hofft. Außerdem suchen noch zwei Vorgonen, die aus dem 27. Jahrhundert zurückgereist sind, nach dem Schatz.
Ein narzistischer telepathischer Betazoide namens Tal Elbrun wird der Enterprise zugeteilt, um mit einer neuen Lebensform, einem lebenden Raumschiff zu kommunizieren. Komplikationen treten auf, als zwei romulanische Warbirds auftauchen, die verhindern wollen, daß die neue Lebensform in die Hände der Föderation fällt.
Barclay, ein introvertiertes Besatzungsmitglied - schüchtern und inkompetent - zieht sich in das Holodeck zurück, um sein Leben in einer von ihm geschaffenen Phantasiewelt zu verbringen. Dies geschieht trotz LaForges ständiger Versuche, aus ihm einen guten Offizier zu machen. Als Barclay ein wichtiges Mitarbeitertreffen versäumt, dringt Geordi in seine Holodeckwelt ein.
Data wird von dem Außerirdischen Kivas Fajo entführt, der seltene und wertvolle Dinge sammelt und Data als Ausstellungsstück benutzen will. Es gelingt ihm, die Enterprise davon zu überzeugen, daß Data bei einer Shuttle-Explosion ums Leben gekommen ist. Data versucht zu fliehen und die Enterprise davor zu warnen. Er kapert ein Shuttle und, mit dem Phaser in der Hand, begreift er, daß es manchmal notwendig ist, zu töten.
Der alternde Sarek wird zu einer diplomatischen Konferenz auf die Enterprise gebracht. Dort findet man heraus, daß sein Geist langsam verfällt und daß er Perioden der Senilität und der Unlogik durchmacht. Nur sein Assistent kann Sareks Emotionen kontrollieren. Als der Ansturm der Emotionen zu groß wird, erklärt sich Picard bereit, eine Gedankenverschmelzung mit Sarek einzugehen, um ihm genug Zeit zu verschaffen, die Verhandlungen erfolgreich abzuschließen.
Riker, Troi und ihre Mutter Lwaxana werden von einem liebeskranken Ferengi entführt, der die ältere Troi nicht nur ihres Körpers wegen, sondern vor allem wegen den telephatischen Fähigkeiten ihres Gehirns haben will. Als sie von der Enterprise verfolgt werden, verspricht der Ferengi-Captain Riker und Troi freizulassen, wenn er dafür Lwaxana behalten darf.
Ein Außerirdischer, der sein Gedächtnis verloren hat und John Doe genannt wird, wird von der Enterprise vor dem sicheren Tod gerettet. Dr. Crusher entdeckt, daß er einen evolutionären Prozeß durchläuft. Die Ärztin fühlt sich zu ihm hingezogen, der Geordi dazu verhilft, mehr Selbstvertrauen im Umgang mit Frauen zu bekommen, nachdem ein Gespräch mit Worf über die Regeln der Liebe recht erfolglos verlief.
Die ehrgeizige Borg-Expertin Shelby hofft, erster Offizier der Enterprise zu werden, vorausgesetzt, Riker verläßt seinen Platz, um ein eigenes Kommando zu übernehmen. Dann entdecken sie, daß die Borg zurückgekehrt sind und die Föderationskolonie Jure 4 zerstört haben. Während einer Konfrontation mit der Enterprise entführen die Borg Picard und verwandeln ihn in ihren Sprecher. Durch ihn kündigen sie an, daß sie die Eroberung der Erde planen. Data, Shelby und Worf unternehmen einen dramatischen Rettungsversuch, bei dem sie entdecken, daß Picard zu Locutus, dem König der Borg, geworden ist.
