Während Captain Janeway an Board der Voyager in den 'Badlands' ein Maquisschiff verfolgt, wird Sie zusammen mit Ihrer Crew und eben jenem Maquisschiff in den unerforschten Delta Quadranten der Galaxie, 70.000 Lichtjahre von zu Hause entfernt, gezogen.
Gefangen auf einem fremden Planeten versucht die Crew der Voyager dem heimischen Volk zu helfen und gleichzeitig in ihren Teil der Galaxis zurückzukehren.
Während die Maquis Besatzungsmitglieder sich nach und nach in die Sternenflottencrew integrieren, wird die Voyager in einer Quantensingularität gefangen.
Nach einer verheerenden Explosion auf einem fremden Planeten, versucht die Crew der Voyager herauszufinden, was passiert ist. Während Janeway und Paris auf der Oberfläche sind, werden diese versehentlich einen Tag in die Vergangenheit zurückversetzt.
Während einer Außenmission auf der Suche nach Dilithiumkristallen wird Neelix angegriffen und seine Lungenflügel werden ihm von einer von Krankheit geplagten Rasse Namens Vidiianer chirurgisch entfernt. Seine einzige Hoffnung zu überleben ist, dass die Crew der Voyager seine Organe wiederbeschaffen kann. (Sterzeit: 48532.4)
Auf der Suche nach Omikronpartikeln, um die Energieversorgung des Schiffes zu erhöhen, verletzt Voyager unbeabsichtigt eine im im Weltraum lebende Lebensform. (Sternzeit: 48546.2)
Die Entdeckung eines Wurmlochs, das zum Alpha-Quadranten führt, begeistert die Crew. Ihr einziger Kontakt in Reichweite ist jedoch ein skeptischer und paranoider Romulaner. (Sternzeit: 48579.4)
Tom Paris wird ein Mord vorgeworfen, den er jedoch abstreitet. Seine Strafe besteht darin, die letzten Momente des Lebens seines Opfers alle 14 Stunden durch eine Erinnerungstransplantation erneut zu erleben.
Bei der Untersuchung eines Asteroidengürtels, der ein neues Element enthält, wird Harry Kim in eine "Subraumvakuole" gezogen und mit einer Leiche vertauscht. Bald nachdem der vertauschte und erst kürzlich verstorbene Körper wiederbelebt werden konnte, erfährt die Crew, dass der Asteroidengürtel der Friedhof einer außerirdischen Kultur ist
Harry Kim entdeckt eine fortschrittliche Technologie, als eine Alienrasse, bekannt als die Sikarianer, der Crew der Voyager Landurlaub anbietet. Diese Technologie würde die Voyager 40.000 Lichtjahre näher an die Heimat bringen, doch der "Kanon der Gesetze" der Sikarianer verbietet ihnen, ihre Technologie mit jedermann zu teilen. (Sternzeit: 48642,5)
Als auf einem stark beschädigten Kazon Nistrim-Schiff gestohlene Föderationstechnologie gefunden wird, wird Seska zur Hauptverdächtigen. Die Beweise erhärten sich, und es kommen Fragen zu ihrer wahren Herkunft auf. (Sternzeit: 48658,2)
Harry Kim verschwindet während seines Holo-Romans "Beowulf" aus dem Holodeck. Laut den Charakteren starb er in den Händen eines mystischen Tieres namens "Grendel". Als auch Chakotay und Tuvok verschwinden, geht der Doktor auf das Holodeck, um Nachforschungen anzustellen. (Sternzeit: 48693,2)
Nachdem Chakotay und Tuvok bei einem Shuttleunfall verletzt wurden, greift eine nicht-körperliche Lebensform die Voyager an, indem sie das Bewusstsein der Crew infiltriert und die Systeme des Schiffes nach und nach verändert. (Sternzeit: 48734,2)
Die Vidiianer entführen Paris, Torres und Durst während einer Aussenmission. Torres wird in ein Labor gebracht und in zwei Personen "aufgeteilt": einen Menschen und einen Klingonen. (Sternzeit: 48784,2)
Der Konstrukteur der Waffe, die alles Leben auf dem Mond seiner Heimatwelt (einschließlich seiner Familie) zerstört hat, diagnostiziert bei Neelix eine tödliche Krankheit. (Sternzeit: 48832,1)