Das geheimnisvolle Schiff beginnt damit, ehemalige Starfleet-Offiziere anzugreifen, und die "Cerritos" erhält den Auftrag, den ehemaligen Kadetten Nick Locarno zu finden und zu schützen. Mariner, deren destruktives Verhalten Freeman Sorgen bereitet, wird gemeinsam mit Tendi, T'Lyn und Boimler mit einer einfachen Reparaturarbeit in der Nähe von Sherbal V beauftragt. Auf dem Weg dorthin zerstört die "Che'Ta" ihr Shuttle, und sie müssen auf den Planeten beamen. Dort stoßen sie auf die leitenden Offiziere der vermissten Schiffe, die Opfer einer Meuterei geworden sind: Ihre Crewmitglieder von den unteren Decks hatten gemeinsam mit dem mysteriösen Schiff die Angriffe geplant.
Mariner gerät in einen Kampf mit dem Captain der "Che'Ta", Ma'ah, bis sie gezwungen sind, wegen eines Sturms Schutz zu suchen. Während sie Schutz suchen, vertraut Mariner Ma'ah an, dass sie eine Freundin, Sito Jaxa, bei einer Starfleet-Spionageoperation verloren hat und seitdem wegen ihrer neuen Rolle bei Starfleet rebellisch gehandelt hat. Ma'ah stärkt Marin hars Glauben an sich selbst und an Starfleet. Sie überzeugt die gestrandeten Captains, zusammenzuarbeiten, doch wird sie plötzlich wegtransportiert.
Ma'ah und die anderen locken die "Che'Ta" zur Oberfläche und übernehmen das Schiff. An Locarnos Wohnsitz entdeckt Freeman Pläne für das geheimnisvolle Schiff; währenddessen findet sich Mariner auf diesem Schiff wieder und wird von Locarno begrüßt.
