- Franchise
Nachdem die Sternenflotte den ersten Kontakt mit dem Planeten Apergos aufgenommen hat, trifft die USS Cerritos für den sogenannten "zweiten Kontakt" ein. Während Ensign Beckett Mariner, die Tochter von Captain Carol Freeman, Gebäude reinigt, aktiviert sie versehentlich ein uraltes Verteidigungssystem, das sie angreift. Ein Energiestrahl, der aus dem System schießt, trifft den Ersten Offizier Jack Ransom und verleiht ihm gottähnliche Fähigkeiten.
In der Zwischenzeit ist Ensign D'Vana Tendi besorgt über die drastischen Persönlichkeitsveränderungen ihres Freundes Ensign Sam Rutherford, nachdem dieser sein Gedächtnis verloren und ein neues kybernetisches Augenimplantat bekommen hat. Mit medizinischen Geräten versucht sie, ihn zu "reparieren", was ihn jedoch nur erschreckt. Schließlich beschließt Tendi, extremere Maßnahmen zu ergreifen, erkennt aber bald, dass sie schlecht mit ihrem Freund umgeht und versöhnt sich mit Rutherford.
Ransom, überwältigt von seiner neuen Macht, erschafft einen riesigen, schwebenden Kopf, der ins All fliegt und die Cerritos angreift. Auf dem Boden tritt Mariner Ransoms kopflosen Körper in die Leistengegend, was seine Kräfte schwächt und ihn letztlich wieder normal werden lässt.
In der Zwischenzeit kämpft Ensign Brad Boimler auf der USS Titan damit, unter Captain William Riker zu dienen.
Nach dem Tod eines bedeutenden Mitglieds der Sammler-Gilde erhält die "Cerritos" den Auftrag, dessen Sammlung zu katalogisieren, unter der Aufsicht von Sammler Siggi. Kayshon, der neue Sicherheitschef der "Cerritos", begleitet das Außenteam mit Mariner, Tendi, Rutherford und Jet Manhaver - einem Fähnrich, der Boimlers Stelle übernimmt und Mariner verunsichert.
Auf der "Titan" hilft Boimler seinem Außenteam dabei, eine gefährliche Mission zu überstehen, wird aber versehentlich dupliziert, als er zurück auf das Schiff transportiert wird. Ohne Wissen der Sternenflotte stiehlt Sammler Siggi eine seltene Maske aus der Sammlung, was die automatisierten Verteidigungsmechanismen des verstorbenen Sammlers auslöst. Diese greifen das Außenteam an und verwandeln Kayshon in eine Stoffpuppe während des entstehenden Chaos.
Nach einer Führungsbewertung, die Freeman für Mikromanagement kritisierte, meldet sie sich nicht beim Team. Manhaver und Mariner geraten durch ihre unterschiedlichen Herangehensweisen an einen Ausweg aneinander, bevor sie erkennen, dass sie Rutherford und Tendi die Führung überlassen müssen. Das Team schafft es zurück zur "Cerritos". Boimler kehrt ebenfalls zur "Cerritos" zurück, um von seinem Duplikat William getrennt zu bleiben.
Die Chefärztin T'Ana beauftragt Tendi, ein wichtiges Familienerbstück abzuholen, und Mariner begleitet sie. Nachdem sie eine alte Schachtel geholt haben, öffnen sie sie neugierig und entdecken einen "Libido-Pfosten", den Caitianer wie T'Ana nutzen, um ihre jährlichen sexuellen Bedürfnisse zu stillen. Unglücklicherweise zerbrechen sie den Pfosten und machen sich auf den Weg, um ihn zu reparieren. Dabei stellen sie fest, dass sie wenig über den jeweils anderen wissen. Ihr Versuch, den Pfosten zu reparieren, schlägt fehl, aber T'Ana erklärt, dass ihr nur die Schachtel wichtig war.
In der Zwischenzeit ist Rutherford erschrocken, als er den taktischen Offizier Shaxs wieder auf der ''Cerritos'' umhergehen sieht, nachdem dieser einst sein Leben geopfert hatte, um Rutherford bei einer früheren Mission zu retten. Ihm wird erklärt, dass Mitglieder der Starfleet-Brückencrews oft auf verschiedene Weise sterben und zurückkehren, doch möchte er genau wissen, wie Shaxs überlebt hat. Als er sich schließlich traut, Shaxs direkt zu fragen, erfährt er etwas so Schreckliches, dass es ihn tief verstört.
Außerdem möchte Boimler, als Lieutenant Tom Paris das Schiff betritt, ihn treffen und von ihm einen Teller mit seinem Gesicht darauf signieren lassen. Wegen Zugangsproblemen muss er jedoch durch die Jefferies-Röhre kriechen, um zur Brücke zu gelangen.
Boimler und Rutherford hören vom Barkeeper der ''Cerritos'', dass Mariner möglicherweise eine Spionin von Section 31 ist. Die ''Cerritos'' wird auf einen Planeten entsandt, nachdem dort ein seltener Mugato entdeckt wurde. Dort sollte er eigentlich nicht sein. Mariner, Boimler, Rutherford und Shaxs schließen sich dem Außenteam an. Vor Ort entdecken sie viele Mugatos, die von Ferengi gefangen gehalten werden. Diese verkaufen die Hörner der Tiere. Das Außenteam greift an und befreit die Mugatos, wobei Boimler und Rutherford in dem Chaos verloren gehen.
Der Käufer der Ferengi versucht zu fliehen, wird jedoch von der ''Cerritos'' gefasst. Unglücklicherweise zerstört die ''Cerritos'' dabei sein Schiff. Ohne zu wissen, wer er ist, entschädigt Freeman ihn mit einem Shuttle und einigen wertvollen Gegenständen. Erst später stellt sich heraus, dass dies ein Betrug war.
Währenddessen finden Boimler und Rutherford Mariner, die sie für eine gefährliche Spionin halten. Doch sie überzeugt die beiden vom Gegenteil. Gemeinsam überreden sie die Ferengi, ihr Geschäft umzustellen und eine Mugato-Schutzstation zu eröffnen, die Gewinn durch Besucher bringt. Auf der ''Cerritos'' hat Tendi die Aufgabe, Crewmitglieder aufzuspüren und zu untersuchen, die ihre regelmäßigen medizinischen Untersuchungen umgangen haben.
Die USS ''Cerritos'' begleitet einen Doopler-Gesandten zur Sternbasis 25. Doopler neigen dazu, sich bei Verlegenheit ungewollt zu vervielfachen. Daher tut die Crew ihr Bestes, um ihn nicht in Verlegenheit zu bringen. Doch Captain Freeman passiert ein Missgeschick, und der Gesandte beginnt sich unkontrolliert auf dem Schiff zu vervielfachen. Schließlich merkt Freeman, dass sich dies umkehren lässt, wenn er wütend wird, und gibt den Befehl, ihn zu beleidigen, um die Vervielfachung zu stoppen.
Mariner plant, mit Boimler mithilfe der Einladung von Boimlers Klon auf eine Party der Sternbasis zu gelangen. Doch nur Boimler bekommt Einlass. Mariner zeigt sich enttäuscht, weil er sie für einen Job auf der ''Titan'' verlassen hat. Boimler entscheidet sich, die Party zu verlassen und sich zu Mariner in eine einfache Bar zu gesellen.
Unterdessen arbeiten Tendi und Rutherford daran, ihr Lieblingsmodellschiff wieder aufzubauen. Rutherford frustriert es, dass er es nach seinem Gedächtnisverlust nicht so leicht rekonstruieren kann wie früher. Tendi offenbart ihm schließlich, dass er das Modell bewusst unvollständig gestaltet hat, um gemeinsam Zeit zu verbringen.
Captain Freeman und die leitenden Offiziere werden bei der Party ignoriert und von den anderen Kapitänen ausgeschlossen. Sie schließen sich Mariner und Boimler in der Bar an, wo einst berühmte Sternenflottenoffiziere wie James T. Kirk und Spock verkehrten.
Die Crew nimmt einen Pakled-Flüchtling auf, beginnt jedoch zu vermuten, dass er ein ungeschickter Spion ist. Freeman beauftragt Ransom und Kayshon, ihn zu beschäftigen, während sie versucht, einen Waffenstillstand mit der Führung der Pakled auszuhandeln. Sie ist frustriert über deren unklare Führungsstruktur. Die Nachwuchskräfte der Crew erhalten den Auftrag, gefährliche und unvorhersehbare Missionsanomalien zu beseitigen, die von der Crew hinterlassen wurden. Boimler wird jedoch eingeladen, sich einer Gruppe namens "Red Shirts" anzuschließen. Diese Gruppe strebt nach höheren Rängen und interessiert sich für Boimlers Erfahrungen auf der Titan. Sie verpassen ihm eine Verwandlung und ermutigen ihn, sich von seinen Freunden zu distanzieren und verbringen ihre gesamte Zeit damit, über die Krisenführungsfähigkeiten zu sprechen, die sie glauben zu besitzen.
Als Tendi mit einem Artefakt verschmilzt und sich in ein großes, skorpionähnliches Wesen verwandelt, macht Boimler sich zum Narren, um Tendi zum Lachen zu bringen, wodurch sie wieder normal wird. Die Red Shirts sind enttäuscht von Boimlers Verhalten, aber er erklärt ihnen, dass wahre Captains aktiv werden, um ihren Freunden und der Crew zu helfen. Freeman gelingt es schließlich, den Spion dazu zu bringen, zu verraten, dass die Pakleds planen, die Erde mit einer Veruvian-Bombe anzugreifen.
Königin Paolana, die Herrscherin von Hysperia, regiert eine Gesellschaft im Renaissance-Stil auf einem Planeten, der von Fantasy-Enthusiasten kolonisiert wurde. Sie kontaktiert die ''Cerritos'', um die Hilfe ihres Sohnes, des Chefingenieurs Andarithio Billups, zu erbitten. Billups fügt sich widerwillig und sieht sich die Schiffsmotoren an, obwohl er misstrauisch wegen der ständigen Versuche seiner Mutter ist, ihn durch Verlust seiner Jungfräulichkeit zurück ins Königreich zu locken. Nach der Tradition der Hysperianer würde dies dazu führen, dass er als König den Thron besteigt.
In der Zwischenzeit ist Boimler enttäuscht, da er von einer aufregenden Mission im Feld auf eine vermeintlich langweiligere Mission mit Mariner umgeleitet wird. Ihr Auftrag ist es, eine bösartige künstliche Intelligenz namens AGIMUS zur Erde zu eskortieren. Ihr Schiff stürzt jedoch auf einem Wüstenplaneten ab, wo AGIMUS Zwietracht zu säen versucht. Er behauptet, Mariner habe Boimlers Versetzung veranlasst, da sie ihn für die Feldmission nicht fähig hielt. Doch Boimler trickst AGIMUS aus und nutzt ihn, um ein Notsignal zu senden. Mariner ist beeindruckt und entschuldigt sich bei Boimler.
Als Billups glaubt, Paolana sei bei einer Explosion ums Leben gekommen, bereitet er sich darauf vor, seine Jungfräulichkeit zu verlieren und den Thron zu besteigen. Doch dies stellt sich als Täuschung heraus, und Rutherford stoppt Billups im letzten Moment.
Es herrscht Spannung zwischen den Besatzungsmitgliedern der unteren Decks und den ranghöheren Offizieren, nachdem mehrere Crewmitglieder bei einer Weltraumspaziergang-Reparaturmission versehentlich zurückgelassen werden. Shari yn Yem, eine Ausbilderin für Starfleet-Übungen, leitet daraufhin eine Reihe von Holodeck-Übungen, um das Verständnis innerhalb der Crew zu verbessern. Doch alle scheitern an ihren Aufgaben, mit Ausnahme von Boimler, der hohe Punktzahlen erreicht. Jedoch wiederholt er obsessiv die Übung, um die perfekte Bewertung zu erzielen. Die Meinungsverschiedenheiten zwischen Mariner und Freeman führen dazu, dass das Team eine einfache Anlegemanöver-Übung in Rekordzeit nicht besteht, doch sie lernen, einander mehr zu schätzen.
Es besteht der Verdacht, dass die Übungen absichtlich auf Misserfolg programmiert waren, um das Team enger zusammenzubringen. Doch Shari enthüllt, dass dies ein Versuch war, ihre eigene Beschäftigung zu sichern. Die ''Cerritos'' könnte stillgelegt werden, wenn sie die schlechten Ergebnisse einreicht. Boimlers unermüdliches Bemühen, seine Übung immer wieder zu wiederholen, verschafft der Crew jedoch Zeit, zu beweisen, dass sie durchaus fähig sind. Shari ändert folglich ihre Bewertung auf "bestehen". Freeman und die leitenden Offiziere entschuldigen sich bei der Crew der unteren Decks, indem sie ihnen einen Replicator (Star Trek)|Lebensmittel-Replikator der Führungsebene bereitstellen.
Auf dem klingonischen Schiff IKS "Che'Ta" hofft der Unterdeckoffizier Ma'ah, zum zweiten Offizier unter Captain Dorg aufzusteigen. Er gewinnt Dorgs Respekt durch gewalttätige Taten und begleitet ihn zu einem Treffen mit den Pakleds. Bei diesem Treffen erfährt Ma'ah beunruhigt, dass Dorg die Pakleds mit Waffen, einschließlich Veruvian-Bomben, versorgt, die gegen die Erde eingesetzt werden sollen.
An Bord des vulkanischen Kreuzers "Sh'vhal" wird die Unterdeckoffizierin T'Lyn von ihrem Kapitän und der Besatzung wegen ihrer emotionalen Argumentation kritisiert. Dennoch überzeugt sie sie, eine Anomalie im Sektor zu untersuchen. T'Lyn hat festgestellt, dass die Pakleds die Veruvian-Bomben testen. Auch die "Cerritos" entdeckt dies und untersucht den Vorfall.
Die Pakleds und die "Che'Ta" greifen die "Cerritos" an, die jedoch durch das rechtzeitige Eintreffen der "Sh'vhal" gerettet wird. Auf der "Che'Ta" stellt Ma'ah Dorgs unehrenhaften Einsatz der Pakleds und seine Missachtung der Wünsche des Klingonischen Hohen Rates infrage. Er tötet Dorg im Kampf und übernimmt das Kommando als Kapitän. Ma'ah befiehlt der "Che'Ta", sich zurückzuziehen, während auch die Pakleds die Flucht ergreifen.
Obwohl T'Lyn erfolgreich war, wird sie für ihre anhaltenden emotionalen Vergehen bestraft und zu einem Schiff der Sternenflotte versetzt.
Die ''Cerritos'' soll der USS ''Archimedes'' unter der Führung von Captain Sonya Gomez bei einer Erstkontakt-Mission helfen. Als eine Sonneneruption die ''Archimedes'' von ihrer Energiequelle abschneidet, wird das Raumschiff in das Gravitationsfeld eines Planeten gezogen. Die modifizierte ''Cerritos'' kann jedoch mit einem Traktorstrahl stabilisierend eingreifen.
In der Zwischenzeit erhält Captain Freeman ein Angebot für eine Beförderung, die sie von der ''Cerritos'' wegführen würde. Mariner bekommt Wind davon und, in der Angst vor einem möglichen Verlust, erzählt sie es dem Führungspersonal, was zu Spannungen mit Freeman führt. Tendi erfährt, dass sie aus dem Krankenstationsteam entfernt wird und macht sich Sorgen. Doch Dr. T'Ana beruhigt sie und teilt ihr mit, dass sie in die wissenschaftliche Abteilung befördert wird, da sie bei der Krankenstation nicht ausreichend gefördert wird.
Rutherford hat Probleme mit seinem kybernetischen Implantat, das fast keinen Speicherplatz mehr hat. Er gesteht Billups, dass er dreifache Backups seiner Erinnerungen an Tendi macht, weil er ihre Freundschaft nicht verlieren möchte. Als er sich entschließt, die doppelten Erinnerungen zu löschen, entdeckt er eine versteckte Erinnerung. Diese lässt vermuten, dass sein Implantat gegen seinen Willen eingesetzt wurde.
Später wird Captain Freeman verhaftet, angeblich aufgrund des Einsatzes einer Veruvianischen Bombe auf dem Pakled-Planeten.