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In einer Rückblende entfaltet sich die Revolution von Silo 17, die zur Flucht der Bevölkerung in die Außenwelt führt. In der Gegenwart gelingt es Juliette, in Silo 17 einzudringen, indem sie sich durch die Leichen der verstorbenen Bewohner, die am Eingang verstreut liegen, kämpft. Sie erkundet die oberen Ebenen des Silos und stellt fest, dass sie vollständig verlassen sind, während die unteren Ebenen überflutet wurden. Die Brücke zum IT-Bereich wurde zerstört, weshalb Juliette eine provisorische Brücke baut, die allerdings einstürzt, nachdem sie sie überquert hat.
In einer weiteren Rückblende beginnt die junge Juliette ihr neues Leben auf der Mechanik-Ebene. Sie hilft dabei, den Müll von den oberen Ebenen zu sortieren und freundet sich mit Shirley an. Nach anfänglichen Schwierigkeiten beeindruckt sie die anderen Arbeiter, als sie ein kaputtes Spielzeug repariert, und beginnt unter der Anleitung von Walker zu arbeiten.
In der Gegenwart setzt Juliette ihre Erkundungen fort und folgt der Musik zu einer verschlossenen Tresortür im IT-Bereich. Als sie versucht, die Tür zu öffnen, erscheint ein Mann auf der anderen Seite und warnt sie davor, dass er sie töten wird, sollte sie nochmals versuchen, hineinzukommen.
Bernard beobachtet durch die Kamera in Juliette's Anzug, wie sie sich Silo 17 nähert, bevor die Verbindung abbricht. Da Juliette sich weigert zu reinigen, versteht Bernard dies als Akt des Widerstands, der eine Revolution auslösen könnte. Um die Situation unter Kontrolle zu halten, übergibt er die Verantwortung an Sims und verhängt eine Ausgangssperre, um die Menschen im Silo ruhig zu halten, die nach Juliette's Überleben fragen.
Bernard bemüht sich, Meadows für seine Pläne zu gewinnen, während er sich auf eine Rede vorbereitet. Er lässt Walker und ihre Ex-Frau Carla festnehmen, weil sie Juliette das Band zugespielt haben, das ihren Anzug abgedichtet hat. Unterdessen beginnt Shirley, die Menschen in den unteren Ebenen dazu zu bringen, Antworten zu fordern, obwohl Knox versucht, dies zu verhindern, um eine Revolution und seine Leute zu schützen.
Während seiner Rede erklärt Bernard der Bevölkerung des Silos, dass die IT-Abteilung ein neues Band hergestellt habe, das Juliette ein längeres Überleben ermöglichte. Dennoch besteht er darauf, dass sie tot sei, während Meadows ihm den Rücken stärkt. Die Mehrheit scheint mit dieser Erklärung zufrieden, doch Shirley bleibt skeptisch und organisiert heimlich ein Treffen außerhalb der Ausgangssperre.
Nach der Rede dankt Bernard Meadows für ihre Unterstützung, doch sie verlangt im Gegenzug einen Umweltschutzanzug mit gutem Band, um das Silo verlassen zu können.
In Silo 17 erfährt Juliette von einem Mann im Tresor, bekannt als "Solo", dass es viele Silos gibt und ihre Handlungen in ihrem Silo eine Revolution auslösen könnten. Solo versorgt Juliette mit Lebensmitteln und schlägt vor, dass sie mit einem Feuerwehranzug in ihr Silo zurückkehren kann. Allerdings befindet sich die Ausrüstung in einem überschwemmten Bereich. Juliette bittet Solo um Unterstützung, um dorthin zu gelangen. Zunächst lehnt er ab, ändert aber schließlich seine Meinung und verlässt den Tresor.
In Silo 18 wird der Arbeiter Teddy verhaftet, weil er das Graffiti „Juliette lebt“ geschrieben hat. Sims bietet dem inhaftierten Patrick eine Droge an, die ihm helfen soll, seine verstorbene Frau zu vergessen, im Gegenzug für eine Gefälligkeit. Er rekrutiert pensionierte Plünderer, um sie zur Mechanik abzuschicken. Shirley führt einige Demonstranten an, die Teddys Freilassung fordern. Patrick wirft eine Brandbombe auf die Deputies, und im resultierenden Chaos wird der junge Ingenieur Cooper getötet.
Pete trifft eine Frau, die hofft, in einer Lotterie zu gewinnen, um ein Kind haben zu dürfen. Trotz Anordnungen, die Geburtenkontrolle nicht zu entfernen, führt er den Eingriff trotzdem durch. Billings befragt alle, die bei Juliettes Verhaftung anwesend waren, und berichtet an Meadows, dass Juliette nie darum gebeten habe, nach draußen zu gehen.
Mit Solos Unterstützung konstruiert Juliette ein Luftpumpensystem, um die überfluteten Ebenen zu durchqueren, und sammelt dabei einen Feuerwehranzug ein. Solo erzählt ihr von der Welt außerhalb des Bunkers, wie sie früher war, und kämpft mit seiner Angst, den sicheren Raum zu verlassen. Knox teilt Shirley seine Vermutung mit, dass es in ihrem Silo mehrere Aufstände gab, die der Technikabteilung angelastet wurden, weil sie die Fähigkeit haben, das Silo stillzulegen. Er bittet darum, Meadows zu sprechen, die einem Treffen zustimmt. Sims wird misstrauisch gegenüber der Verbindung zwischen Bernard und Meadows und erfindet eine Bewegung, die Meadows' Amtsenthebung fordert. Meadows ermöglicht Lukas, gegen seine Strafe zu protestieren, und reduziert diese nach einem Gespräch auf fünf Jahre. Billings untersucht den Aufruhr in der Mechanik und erfährt, dass der Leichnam des Anführers verschwunden ist und die Justiz Coopers Körper beansprucht hat. Bernard vergiftet Meadows, und bevor sie stirbt, offenbart sie ihm, dass auf der von Juliette gestohlenen Festplatte ein verschlüsselter Brief von Salvador Quinn ist, der während der Rebellion vor 140 Jahren Leiter der IT war. Knox, Shirley, Walker und Carla erreichen die Justiz, wo Bernard Meadows' Leiche so drapiert hat, dass Knox und Shirley für ihren Mord verantwortlich gemacht werden sollen. Sims hetzt eine Menge auf und schickt sie gegen das Quartett.
Juliette wird von Solo gebeten, eine Wasserpumpe zu reparieren, da der Wasserspiegel steigt und IT in zehn Monaten erreichen wird. Juliette besteht jedoch darauf, sofort in ihren Silo zurückkehren zu müssen. Sie hat den Verdacht, dass Solo über seine Identität lügt, was ihn wütend auf ihre Fragen reagieren lässt. Währenddessen findet Juliette einen brauchbaren Helm für ihren Anzug, bricht jedoch aufgrund ihrer Verletzungen zusammen.
Bernard ist sich bewusst, dass Sims die Bewegung gegen Meadows inszeniert hat. Daher verweigert er ihm die Rolle als Bernards Schatten, ernennt ihn jedoch stattdessen zum Richter, um Meadows zu ersetzen, was Sims verärgert. Sims' Frau Camille unterstützt Knox und Shirley dabei, dem aufgebrachten Mob vorübergehend zu entkommen. Unterdessen lässt Rick Amundsen, der neue Leiter der Judikative, Carla festnehmen. Dennoch gelingt es Knox, Shirley und Walker, die Blockade zu umgehen und in die unteren Ebenen zu gelangen.
Bernard beauftragt Lukas, Juliettes Festplatte zu reparieren. Dabei werden verborgene Verbindungen des Silos zur Außenwelt und ein verschlüsselter Brief von Salvador Quinn an seine Frau entdeckt. Billings und sein Stellvertreter Hank verfolgen Patrick, der Billings die Wahrheiten über den Silo enthüllen will, die er erfahren hat.
Bernard plant, Knox, Shirley und Walker auszuschalten. Billings bezieht eine klare Stellung. Solo rettet Juliette das Leben, fordert jedoch eine Gegenleistung von ihr.
Lukas wird mit einer neuen Aufgabe betraut. Die Mechanik übermittelt eine eindeutige Botschaft. Juliette wagt einen riskanten Abstieg und sieht sich einer neuen Bedrohung ausgesetzt.