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Harry arbeitet nun Teilzeit im Büro von General McAllister, um die Bedrohung der Grey Aliens zu beseitigen. In der Patience-Klinik friert Joseph die Zeit ein, um mit Harry über dessen Entscheidung, auf der Erde zu bleiben, zu sprechen. Beide Aliens beschließen, ihre Pläne voreinander geheim zu halten. Als die Zeit wieder normal läuft, stellt Joseph sich Asta vor. Obwohl Harry Asta schützen will, lässt er sie mit Joseph auf ein Date gehen, um heimlich die Kommunikationstechnik von McAllister zu nutzen und Informationen über Joseph zu sammeln.
D'arcy besucht Harrys Hütte und entdeckt, was er vorhat. Sie zerstört die Ausrüstung, was Harry ohne Beweise zurücklässt. Trotzdem täuscht D'arcy eine Krankheit vor, um Joseph aus ihrer und Astas Wohnung zu vertreiben, damit sie und Harry die Wahrheit über Joseph enthüllen können. Später in der Nacht kehrt Harry in die Wohnung zurück, mit dem Plan, Asta zu töten, da er sie als Hindernis für die Rettung der Welt sieht, bringt es jedoch nicht über sich. Asta tröstet ihn und versichert ihm, dass sie gemeinsam Joseph untergraben und die Erde vor den Greys retten werden.
Unterdessen haben Ben und Kate beunruhigende Visionen, die mit ihren Entführungen durch die Greys zusammenhängen, an die sie sich nicht zu erinnern scheinen. Als Kate erfährt, dass die Eule, die sie immer wieder vor ihrem Fenster halluziniert, ein verbreitetes Todesomen ist, gibt Dan ihr einen traditionellen Ute-Zedern-Räucherstick, um böse Vorzeichen abzuwehren. Sahar erzählt Max von ihrer Aufnahme an eine renommierte Schule für begabte Schüler in Kalifornien. Obwohl er traurig ist, dass sie Patience verlässt, findet er Trost darin, dass er Peters Rolle als Haupt-„Alien-Verfolger“ der Menschheit einnimmt.
Vor 70 Jahren begegnete ein junges Mädchen einem Grey und ließ ein Schneekugelsouvenir aus dem Yellowstone-Nationalpark fallen. In der Gegenwart informieren Harry und Asta D'arcy über ihren Plan, Joseph zu fangen. D’arcy ist jedoch unsicher, ob Asta ihm vertrauen sollte. Während Asta ein Date mit Joseph im Diner hat, schleichen Harry und D'arcy in sein Haus und geraten in eine Alienfalle, die sich langsam zusammenzieht und sie zu erdrücken droht. Joseph erhält eine Nachricht auf seinem Handy und vermutet, dass Asta sein Geheimnis kennt. Er fragt sich, warum Harry noch auf der Erde ist.
Max, der mit zwei anderen Klassenkameraden einen Club zur Alienverfolgung gegründet hat, kommt zu Josephs Haus. Er schlägt vor, Harry zu befreien, indem er die Falle zieht, wenn Harry seine Identität preisgibt. Harry möchte weiterhin sein Geheimnis vor den Schülern bewahren, um nicht verfolgt zu werden, lobt jedoch Max als guten Alienverfolger. Dies führt dazu, dass Harry und D'arcy sicher freikommen. Asta betäubt Joseph, und zusammen mit Dan bringen sie ihn in Harrys Hütte zur Befragung. Joseph gibt an, keine Kenntnis über die ultimativen Ziele der Greys zu haben. Harry vermutet, dass die Greys ihm diese Informationen vorenthalten, weil Joseph halb Mensch ist.
Ben und Kate, die immer noch durch Kates Eulen-Halluzinationen beunruhigt sind, erwägen, ihr Haus zu verkaufen, entscheiden sich aber schließlich, in den Yellowstone-Nationalpark zu reisen. Mike interessiert sich dafür, Bens Fußmodell zu machen, bemerkt dabei jedoch eine kleine Erhebung an der Ferse. Nach der Trennung von Lena betrinkt er sich in der Bar und wacht am nächsten Morgen im Bett neben Judy auf.
Harry findet heraus, dass die Greys einen Tracker in Bens Fuß platziert haben, und hypnotisiert ihn, um zu verstehen, was während seiner Entführung geschehen ist. Ben erinnert sich an die Yellowstone-Schneekugel, bevor Harry ihn weckt, ohne dass Ben sich an die Hypnose erinnert.
Harry begleitet die Hawthornes auf ihrer Reise nach Yellowstone, um Informationen über die Aktivitäten der Greys zu sammeln. Ben kauft sich eine Strickmütze mit dem Emblem einer Granitbaufirma, und Harry vermutet, dass die Firma als Tarnung für die Geschäfte der Greys dient. Max unterstützt ihn, indem er einen Wachmann außer Gefecht setzt, damit Harry unbemerkt in die geheime Basis eindringen kann. Dort entdeckt er ein riesiges unterirdisches Reservoir, das mit Old Faithful verbunden ist. Er erkennt, dass die Greys planen, durch den Geysir einen katastrophalen Ausbruch herbeizuführen, den ersten seit über 600.000 Jahren.
Unterdessen wird Kate, die häufig von ihrer von den Greys kontrollierten kleinen Tochter träumt, in deren Erinnerung sie nach dem Erwachen löscht, von Babygeschrei aufgeschreckt, das Ben nicht hören kann. Während des Urlaubs entdeckt sie schließlich ein Kleinkind in der Obhut einer frischen Mutter, was sie emotional berührt. In Patience nimmt Liv ein Video auf, das zeigt, wie Harry in einem Auto des Alien Trackers transportiert wird. Da jedoch nur Harrys Hemd zu erkennen ist, kann sie ihn nicht identifizieren. Sie teilt diese Neuigkeit mit Asta, Dan und D'arcy. Gemeinsam verbrennen sie all seine karierten Hemden, da die Kamera Harrys Kleidung nur in Schwarz-Weiß aufgenommen hat.
Nach einer gemeinsamen Nacht mit Judy möchte diese eine ernsthaftere Beziehung mit Mike eingehen und stellt ihn sogar ihrer Mutter vor, aber er lehnt höflich ab. Stattdessen tröstet er Liv, nachdem ihre Großmutter Livs vergeblichen Versuch, die Existenz von Außerirdischen zu beweisen, öffentlich gemacht hat und die Medien sie deswegen verspotten. In Harrys Hütte erscheint ein Blue Avian durch ein Portal und teilt Harry mit, dass er gegen das galaktische Gesetz verstoßen hat, indem er sich geweigert hat, die Erde nach den Befehlen der Greys zu verlassen.
Heather, eine Blue Avian in menschlicher Gestalt, kehrt zurück, um von Harry signierte Dokumente abzuholen, bevor sie die Erde verlässt. D'arcy wirft jedoch eine Banane aus Harrys Obstschale in das Portal, das Heather benutzt hat, und beschädigt es, wodurch sie auf der Erde gestrandet ist. Harry, der seit seiner Jugendzeit romantische Fantasien über Blue Avians hegte, kann seine Gedanken nicht von ihr abwenden, was seine Arbeit, die Pläne der Greys zu durchkreuzen, beeinträchtigt. Er versucht, eine Beziehung zu ihr aufzubauen, doch sie lehnt ab und meint, sie seien besser als Freunde. Dennoch bleibt Heather fasziniert davon, dass Harry das einzige Wesen seiner Spezies mit Emotionen ist. Als er ihr ein nistgroßes Vogelnest als Geschenk schickt, besucht sie ihn in seiner Hütte und sie küssen sich leidenschaftlich in ihrer wahren Gestalt.
Jay ist frustriert über ihr mangelndes Wissen zur Familiengeschichte ihrer leiblichen Mutter, während sie an ihrem Aufsatz für die College-Bewerbung arbeitet. Daher nehmen Asta und Dan sie mit zu einer Hochzeit auf der Ute-Reservation, wo Asta's Cousin Drew und sein Ehemann Manuel feiern. Mike und Liv verfolgen einen Fingerabdruck, den sie untersucht haben, bis zu Peter, und besuchen daraufhin dessen Witwe für weitere Informationen. Kate plant ein Kinderbuch zu schreiben, doch Ben entdeckt, dass es gewalttätige Illustrationen enthält, die eine Eulenmutter zeigen, wie sie Ratten angreift und an ihre Jungen verfüttert. Max erwähnt, dass das Halluzinieren von Eulen ein Nachwirkung einer Alien-Entführung sein kann, was Kate dazu bringt, im Internet nach weiteren Informationen zu suchen.
McCallister spürt David auf, den sie zuvor in den Ruhestand versetzt hatte, und bringt ihn zurück in die Regierungsbasis, um ihm zu zeigen, dass Peter noch lebt, wenn auch hirntot.
Harry und Heather haben eine so enge romantische Beziehung entwickelt, dass sie darüber nachdenken, zusammen auf Heathers Heimatwelt zu ziehen. Das beunruhigt Asta und D'arcy, die darauf bestehen, dass Harry sich auf die Rettung der Erde konzentrieren sollte, besonders da Mike und Liv den Truck des Alien Trackers untersuchen.
Durch eine List bringt Harry die Beamten dazu, ihm ein Notizbuch zu übergeben, das sie gefunden haben. Es enthält eine chemische Formel mit einem Element der Greys. Harry versucht, diese Formel nachzubauen, um ein Modell von Old Faithful zu vollenden. Doch Max stiehlt das gesamte Projekt und versucht, es als seins auf einer Wissenschaftsmesse in der Schule auszugeben. Als Harry ihn erwischt, schüttet Max die Formel in das Modell des Geysirs und Harry löst den Feueralarm aus, was zur Evakuierung der Schule führt. In der verlassenen Messehalle schweben alle Objekte durch die Wirkung des Gases, woraufhin Harry erkennt, dass die Greys die Erdatmosphäre verändern wollen, damit nur sie überleben und die Erde für sich beanspruchen können.
Heather wird von Joseph festgenommen, der ihre Familie bedroht, falls sie den Greys keine Probe von Harrys DNA gibt und die Erde ohne ihn verlässt. Widerwillig stimmt Heather zu. Unterdessen hat D'arcy Albträume über eine verdrängte Kindheitserinnerung, in der Ben von Aliens entführt wurde. Sie erzählt dies Ben, der unsicher ist, ob er ihr glauben soll.
Kate spricht mit Liv über ihre möglichen Entführungserlebnisse. Liv, die immer noch für ihren Glauben an Aliens verspottet wird, teilt Anzeichen für Entführungen, wie ungewöhnliche Male auf der Haut, die von Trackern der Aliens stammen könnten. Nach einem Bad entdeckt Kate ein solches Mal an ihrem Nacken.
In McCallisters Basis verwendet David einen Computer, um durch die Augen von Peter, der sich in einem hirntoten Zustand befindet, zu sehen. So nimmt er Harrys wahre Gestalt wahr, während Harry mit McCallister spricht.
Nachdem Heather Harrys Kiemen in seiner wahren Gestalt gereinigt hat, teilt sie ihm mit, dass sie gehen will. Sie tauschen Briefe über eine Taube aus, bis Heather Harry persönlich mitteilt, dass sie sich von ihm trennen möchte. Trotz der Ermutigungen von Asta und D'arcy, nicht den Mut wegen seiner Bombe zu verlieren, verfällt Harry in eine tiefe Depression. Judy dokumentiert, wie Heather Harrys DNA in Form von Kiemenschleim an Joseph weitergibt, was Harry als Verrat empfindet.
Mike begleitet Liv, um ihre Großmutter zu konfrontieren, die negativ in den Medien dargestellt wird. Nach einer Schimpftirade von Liv erleidet ihre Großmutter einen nicht lebensbedrohlichen Herzinfarkt. In Livs Selbsthilfegruppe für Menschen mit Alien-Erfahrungen hört Kate, wie ein Teilnehmer über ein Anzeichen für ein Ortungsgerät an seinem Körper spricht.
Harrys Sohn Bridget kehrt zur Erde zurück, nimmt die Identität eines von ihm getöteten Lastwagenfahrers an und erzählt einer Kellnerin im Diner von seinem Plan, seinen Vater zu töten.
Bridget taucht in Harrys Hütte auf und gibt sich als seine Tochter Liza aus. Sie hat etwas DNA von der echten Liza gefunden, kann Harry aber nicht umbringen. Um Harrys Ruf zu schaden, betrinkt Bridget sich in Harrys Gestalt in einer Bar. Harry sucht Max' Hilfe, doch Max lehnt ab. Deshalb stiehlt Harry von ihm sein Gerät zur Verfolgung von Aliens. Sahar, die nach Patience zurückkehrt, weil sie in ihrer neuen Schule nicht zurechtkommt, bietet ihre Hilfe an, da Bridget sie mag. Zu Beginn verstehen sich Sahar und Bridget gut, doch Harry zerstört seinen "Sohn", dessen Einzelteile die DNA, die in der Hütte verstreut ist, aufnehmen und sich in Klone aller Besucher verwandeln. Während Sahar inmitten des Kampfes flüchtet, zerstört Harry jede von Bridgets menschlichen Gestalten, sogar eine Kopie von 42, dem Oktopus. Schließlich verwandelt sich Bridget in einen Klon von Max, der Harry Vorwürfe macht, weil er ihn auf einem eisigen Planeten allein gelassen hat. Harry gesteht, dass er seinen Sohn liebt, und sie versöhnen sich.
Asta wird von ihrer leiblichen Mutter Mary Ellen um Geld gebeten. Mike und Liv werden zunehmend misstrauisch gegenüber Bens Verhalten und bespitzeln einander, bis sie auf Joseph treffen. Bei ihrem Fluchtversuch überfährt Ben Joseph mit dem Auto des Bürgermeisters, was ihn scheinbar zu einer Pfütze reduziert. D'arcy erfährt von der Krankenhausaufnahme ihres Vaters Gerald. Kurz besucht sie Elliot, um ihm mitzuteilen, dass sie Frieden mit seiner neuen Beziehung geschlossen hat und etwas Wagen möchte.
Harry teilt Asta mit, dass er die Bombe fertiggestellt hat und hypnotisiert Kate, um Informationen über die Greys zu sammeln. Danach weckt er sie mit vollem Gedächtnis an ihre Entführungserfahrung, einschließlich des Erinnerns an ihr Baby. General McCallister kommt zu Harrys Hütte, und sie entdecken, dass die Bombe verschwunden ist. D'arcy wird gesehen, wie sie mit der Bombe fährt.
In der Zelle eines Grey-Gefängnisses frisst ein Mantid, ein einem Mantis ähnelndes, gestaltwandelndes Alien, den Kopf eines anderen Alien-Gefangenen. D'arcy, die als Heldin sterben möchte, bringt Harrys Bombe zur Basis der Greys. Dort betritt sie ein Portal zum Mutterschiff der Greys und wird gefangen genommen. Ben und Kate sprechen offen über ihre Entführungserlebnisse und die Verfolgungsgeräte in ihren Körpern. Kate entscheidet sich jedoch gegen eine Operation zur Entfernung, da es ihre einzige Verbindung zu ihrem Baby ist.
Joseph beschließt, Harry dabei zu helfen, die Greys zu stoppen, nachdem er von ihren Plänen erfährt, die Erde für alle anderen Lebensformen, einschließlich Grey-Mensch-Hybriden, unbewohnbar zu machen. Harry, Asta, Joseph und Bridget erreichen die Basis. Asta nutzt eine Fernsteuerung, um ein Portal zu öffnen und folgt D'arcy, trotz Harrys Warnung. Joseph stiehlt einem Grey-Mensch-Hybriden eine weitere Fernsteuerung und übergibt sie Harry und Bridget, damit sie ebenfalls in das Portal gehen können. Er verwendet dann Harrys Alienkugel, um das Geysirwasser in Sand zu verwandeln und so den Plan der Greys zu vereiteln.
Auf dem Schiff der Greys befreit Harry Asta und D'arcy aus den Zellen und trifft sogar auf Robert. Er lässt Bridget einige Greys brutal töten, während D'arcy mit einer entführten Kate ihr Kind sucht. Die Frauen finden Kates Baby in einem Raum voller weiterer entführter Babys. Obwohl die Greys Kate gefangen nehmen, entkommt D'arcy mit dem Baby und schließt sich wieder mit Asta zusammen.
Während Robert zurückbleibt, kehren Asta und D'arcy mit Harry, der Bridget verlassen hat, auf ein Fluchtsschiff zurück, verfolgt von den Greys. Ihnen wird klar, dass das Mutterschiff der Greys tatsächlich der Mond der Erde ist. Zurück auf der Erde feiern Asta und Dan Harrys Sieg im Diner. Doch Harry ist ungewöhnlich angewidert von dem kostenlosen Kuchen, den Dan ihm anbietet. Joseph kämpft gegen Peter, jetzt ein unzerstörbarer Cyborg, der erwacht, als er Joseph erkennt und nach Roberts Aufenthaltsort fragt.
Mike und Liv suchen nach dem vermissten Joseph und treffen dabei auf Lena. Sie versöhnt sich mit Mike und sie küssen sich, bevor sie zu ihren Aufgaben in ihren jeweiligen Städten zurückkehren. Später lädt Peter Liv zu den Randbereichen der Stadtmine ein. Mike untersucht die Absturzstelle eines Alien-Schiffes und verteidigt sich gegen einen Grey, den er erstaunt erblickt. General McCallister betritt durch ein Portal, eine Fernbedienung benutzend, die Peter von Joseph genommen hat. D'arcy bringt das Baby von Ben und Kate zu deren Haustür. Sahar bringt Max, um sich bei Harry zu entschuldigen, aber er schreit, als er den offensichtlich entflohenen Mantid hinter "Harrys" menschlicher Form sieht. Harry und Bridget werden schließlich in der Basis der Greys auf dem Mond gefangen gezeigt.