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Ein unbekanntes Wesen in Gestalt einer Frau erscheint auf der Enterprise. Sie stiehlt Mr. Spocks Gehirn. Spock hat den einmaligen chirurgischen Eingriff überlebt. Doch ohne Gehirn hat er nur noch wenige Stunden zu leben. Kirk nimmt die Verfolgung des Diebes auf.
Urplötzlich reagiert Kirk völlig gereizt und irrational. Er steuert die neutrale Zone an. Prompt gerät die Enterprise in Konflikt mit den Romulanern. Kirk und Spock beamen auf eines der romulanischen Schiffe. Da erklärt Spock, zu den Romulanern überlaufen zu wollen.
Die Enterprise untersucht einen Planeten, der kurz vor der Zerstörung steht. Dabei finden sie einen Obelisken. Plötzlich ist Kirk verschwunden. Die anderen müssen den Planeten aber wieder verlassen. Als Kirk wieder auftaucht, ist er ohne Erinnerung.
Alle Mitglieder der Forschungsexpedition auf dem Planeten Triados haben offenbar Selbstmord begangen. Kirk findet nur noch deren Kinder vor. Diese stehen unter dem Bann eines außerirdischen Wesens. Die manipulierten Kinder übernehmen die Enterprise.
Der Botschafter der Medusen kommt an Bord der Enterprise. Wer ihn mit bloßen Augen ansieht, wird wahnsinnig. Er wird von einer blinden Telepathin begleitet. Deren Partner wird jedoch von Eifersucht gequält. Er will den Botschafter töten und löst eine Katastrophe aus.
Trotz Warnung landet Kirk auf dem Planeten der Melkoten. Diese verurteilen sie zum Tode. Zu ihrem Erstaunen finden sie sich im Jahr 1881 in Tombstone, Arizona, wieder. Sie müssen als die Clantons im berühmten Showdown gegen die legendären Earp-Brüder antreten.
Die Enterprise erhält einen Notruf von der Kolonie auf Beta 12 A. Ein Klingonenschiff hat ebenfalls einen Notruf erhalten. Sie glauben, in eine Falle gelockt worden zu sein. Es kommt zum Kampf. Ein fremdes Wesen, das von Hass und Kampf lebt, steckt dahinter.
Doktor McCoy tritt seine letzte Mission an: Er glaubt, an einer unheilbaren Krankheit zu leiden. Daher bleibt er bei der Untersuchung eines seltsamen Asteroiden zurück. Dort lebt das Volk der schönen Natira. McCoy beschließt, sich ihren Bräuchen zu unterwerfen.
Die Enterprise stößt auf das Raumschiff Defiant: Die Mannschaft ist tot. Es scheint, als hätten sie sich gegenseitig getötet. Plötzlich verschwindet die Defiant mit Kirk an Bord in einem Paralleluniversum. Da wird auch die Crew der Enterprise von Wahnsinn befallen.
Kirk, Dr. McCoy und Spock beamen auf den Planeten Platonius, der der griechischen Antike ähnelt. Er wird von König Parmen regiert. Dieser ist krank und will, daß Dr. McCoy für immer bei ihm bleibt. Mit psychokinetischen Kräften will er ihnen seinen Willen aufzwingen.
Seit dem Besuch auf dem scheinbar entvölkerten Planeten Scalos geschehen seltsame Dinge an Bord der Enterprise. Dabei ist immer ein merkwürdiges Summen zu hören. Unsichtbare Fremde haben sich an Bord geschmuggelt. Sie sabotieren die Sauerstoffversorgung des Schiffes.
Kirk, McCoy und Spock werden von den Vianern gefangen genommen. Eine schöne, stumme Frau teilt ihre Lage. Sie ist eine Empathin und kann die Gefühle anderer in sich aufnehmen. Als Kirk gefoltert wird, rettet sie ihn, indem sie seine Schmerzen auf sich überträgt.
Kirk soll die Sicherheit der Herrschertochter Elaan auf dem Weg zu ihrer Hochzeit gewährleisten. Dabei muß Kirk nicht nur mit einem Saboteur an Bord fertig werden. Die Enterprise wird außerdem von Klingonen angegriffen.
Die Föderation unterhält auf Elba II ein Sanatorium für Geisteskranke. Dort ist auch der ehemalige Flottenkommandant Garth untergebracht. Er träumt davon, Herrscher des Universums zu werden. Durch einen Trick nimmt er Kirk und Spock gefangen.
Die Enterprise nimmt den Humanoiden Lokai vom Planeten Cheron an Bord. Es handelt sich um einen schwarz-weißen Mutanten. Kurz darauf stellt Kirk fest, daß ein zweiter Mutant namens Bele auf unerklärliche Weise an Bord gekommen ist. Er verlangt, Lokais Auslieferung.
Kirk folgt einer Einladung auf den Planeten Gideon. Durch einen scheinbaren Transporterunfall trifft er aber nur auf das Mädchen Odona. Zu spät begreift Kirk, was wirklich geschehen ist: Er hat die unsterblichen Bewohner des Planeten mit einer tödlichen Krankheit infiziert.
Eine fremde Frau materialisiert sich auf der Enterprise. Sie tötet mehrere Crewmitglieder. Gleichzeitig wird die Enterprise durch ein Raumbeben in eine andere Galaxis geschleudert. Kirk, Sulu und McCoy bleiben auf dem fremden Planeten zurück.
Die Enterprise stößt in einem kosmischen Sturm auf eine fremde Lebensform. Diese greift die Enterprise an und beansprucht den Körper von Lieutenant Mira Romaine. Weil Scotty in Mira verliebt ist, bringt er sich in Lebensgefahr.
Auf der Enterprise ist ein tödliches Fieber ausgebrochen. Auf der Suche nach einem Gegenmittel stoßen Kirk und seine Begleiter auf einen geheimnisvollen Mann namens Flint. Der hochintelligente Eremit hat sich von den Menschen zurückgezogen, die er für primitiv hält.
Captain Kirk hat eine Gruppe von Hippies an Bord genommen. Diese suchen mit einem gestohlenen Schiff nach dem legendären Planeten Eden. Kirk will sie zur Raumbasis zurückbringen. Doch ihr Anführer Dr. Sevrin wehrt sich dagegen.
Auf dem Planeten Adana werden Kirk und Spock in einen Aufstand hineingezogen. Die unter Tage arbeitenden, rechtlosen Sklaven sind nicht länger gewillt, mit ihrer Arbeit die hoch oben in Wolkenpalästen lebende Elite zu erhalten.
Die Enterprise erforscht einen scheinbar toten Planeten. Plötzlich bietet dieser ideale Lebensbedingungen. Einer der Bewohner nimmt Kontakt mit Kirk auf: Es handelt sich um Präsident Lincoln. Kirk und Spock beamen daraufhin auf den Planeten. Sie geraten in eine Falle.
Eine Supernova droht den Planeten Sapreidon zu vernichten. Kirk, Spock und McCoy erfahren, dass die Bewohner durch ein Zeitportal in die Vergangenheit geflohen sind. Durch ein Versehen werden Spock und Pille 5000 Jahre zurück in eine Eiszeit geschickt.
Die ehrgeizige Janice Lester hat nur ein Ziel: es Captain Kirk gleichzutun. Durch einen Notruf veranlaßt sie ihn zur Landung auf Camus II. Dort gelingt es ihr, ihre beiden Körper zu vertauschen. Als Kirk betritt sie die Kommandobrücke der Enterprise.
