Der sonst so emotionslose Vulkanier Mr. Spock ist von einem seltsamen Fieber befallen. Er verweigert Befehle und hat Wutanfälle. McCoy glaubt, dass Spock sterben muss, wenn er nicht sofort nach Vulkan zurückkehrt. Aber die Enterprise muß einem dringenden Auftrag folgen.
Die Enterprise erforscht den Planeten Pollux IV. Plötzlich hält eine gewaltige Hand das Schiff fest. Ein riesiger Kopf erscheint im All und behauptet, der antike Gott Apoll zu sein: Die Crew der Enterprise soll ihn als Gott verehren.
Die Enterprise unterliegt in einem Feuergefecht einem fremden Flugkörper. Es handelt sich um eine intelligente Sonde aus dem Jahr 2020, die sich selbst Nomad nennt. Sie hält Kirk für ihren Schöpfer und teilt ihm ihren Auftrag mit: alles Unvollkommene zerstören.
Kirk kehrt mit einem Außenteam vom Planeten Halkon zurück. Er findet die Enterprise völlig verändert vor. Unter der Besatzung ist ein Kampf jeder gegen jeden entbrannt. Kirk kennt seine Besatzung nicht wieder. Ihm kommt der Verdacht, dass es nicht sein Schiff ist.
Auf den ersten Blick scheint der Planet Gamma Trianguli ein wahres Paradies zu sein. Aber der Schein trügt. Überall lauert der Tod. Nur die Bewohner, die dem Gott Vaal dienen, sind gegen ihn gefeit. Vaal fordert auch von der Enterprise völlige Unterwerfung.
Kirk folgt einem Notruf und findet alle Planeten eines Sonnensystems zerstört vor. Die U.S.S. Constellation treibt hilflos im All. Ihr Captain berichtet von einem Kampfroboter, der die Planeten vernichtet hat. Der Planeten-Killer richtet sich auch gegen die Enterprise.
Auf Pyrus 7 verschwindet das Außenteam der Enterprise. Kirk, Spock und McCoy beamen sich hinunter und finden eine Spukwelt vor. Sie begegnen drei Hexen, einer schwarzen Katze und dem Zauberer Korob. Der verwandelt McCoy, Sulu und Scott in Zombies.
Das neue Crewmitglied Mr. Norman entführt die Enterprise zu einem unbekannten Planeten. Dieser ist nur von Robotern bewohnt. Ihr Herrscher ist Harry Mudd, der mit Hilfe der Enterprise entkommen will. Doch sein Fluchtplan verläuft anders als erwartet.
Die Diplomatin Nancy Hedford muss dringend medizinisch behandelt werden. Als Kirk, Spock und McCoy sie zur Enterprise bringen wollen, wird ihr Shuttle auf einem Planeten zur Landung gezwungen. Dort werden sie von Cochrane, dem Erfinder des Sol-Antriebes begrüßt.
Die Enterprise bringt eine Gruppe von Diplomaten zu einer wichtigen Konferenz auf dem Planeten Babel. Auch Spocks Eltern sind an Bord der Enterprise. Spock ist mit seinem Vater seit Jahren zerstritten. Da droht ein Saboteur, die Konferenz zum Scheitern zu bringen.
Die Enterprise kreist im Orbit des Planeten Capella. Kirk soll mit den Bewohnern einen Schürfvertrag für das Mineral Topalin abschließen. Allerdings ist eine Delegation der Klingonen bereits vor ihnen eingetroffen. Es kommt zum Kampf.
Die Besatzung der Enterprise hat sich mit einer tödlichen Krankheit infiziert. Der normale Alterungsprozeß wird ernorm beschleunigt. Als Kirk zusehends seniler wird, übernimmt Commodore Stocker das Kommando. In Unkenntnis der Lage steuert er romulanisches Gebiet an.
Zwei Crewmitglieder der Enterprise werden von einem wolkenförmigen Wesen getötet. Den Opfern fehlen die roten Blutkörperchen. Kirk ist wie besessen, das Wesen zu vernichten. Als er selbst anders lautende Befehle ignoriert, soll ihm das Kommando entzogen werden.
Kirk, McCoy und Scott verbringen einen kurzen Sonderurlaub auf dem Planeten Argelius. Scott verliebt sich in die schöne Bauchtänzerin Kara. Diese wird jedoch kurz darauf ermordet. Über sie gebeugt findet man Scott. Er hält noch das blutige Messer in der Hand.
Die Enterprise soll auf einer Raumbasis eine kostenbare Weizenart an Bord nehmen. Uhura hat auf der Station ein Tribble, ein kleines, pelziges Wesen, gekauft. Es vermehrt sich rasend schnell und ist äußerst verfressen. Zudem drohen Klingonen, den Transport zu sabotieren.
Durch einen Transporterunfall finden sich Kirk, Uhura und Chekov in einer fremden, barbarischen Welt wieder. Sie werden zu Sklaven gemacht und sollen als Gladiatoren ausgebildet werden. Kirks Lehrmeisterin Shana verliebt sich in den Captain.
Kirk, Spock und McCoy beamen auf den Planeten Ioatia. Dort stoßen sie zu ihrem Erstaunen auf eine Kultur, die wie im Chicago der 30er-Jahre lebt. Prompt geraten die drei in einen Bandenkrieg. Sie versuchen, die Gangster mit ihren eigenen Waffen zu schlagen.
Die Enterprise stößt auf ein gigantisches, amöbenartiges Geschöpf. Es treibt im Weltall und hat ein ganzes Sonnensystem vernichtet. Kirk und seine Crew müssen das Wesen stoppen, doch es scheint unzerstörbar.
Die Enterprise besucht einen der Erde ähnlichen Planeten. Die Bewohner befinden sich noch auf einer niedrigen Entwicklungsstufe. Kirk ist erstaunt, daß die ursprünglich friedliebenden Bewohner mit Gewehren ausgerüstet sind. Dann treffen sie auf Klingonen.
Die Enterprise folgt einem rätselhaften Funkspruch. Kirk beamt mit einem Team auf die Oberfläche. Dort nehmen drei Energiewesen die Körper von Kirk, Spock und Dr. Ann Mulhall in Besitz. Sie wollen menschenähnliche Roboter bauen, um weiterleben zu können.
Kirk und Spock suchen den vermissten John Gill, den Vertreter der Föderation auf Ekos. Sie finden heraus, dass sich Gill zum Führer der Ekosianer ernannt hat. Er etablierte einen Staat nach dem Vorbild des Nazi-Regimes. Kirk und Spock geraten in die Gewalt der Nazis.
Die Enterprise folgt einem Notruf. Doch Captain Kirk und seine Crew werden in eine Falle gelockt. Die Kelvaner Rojan und Kelinda bringen die Enterprise in ihre Gewalt. Sie wollen gemeinsam mit ihrem Volk auf der Enterprise in die Andromeda-Galaxie reisen.
Nach einem Besuch des Planeten der Kohms sind von der Mannschaft des Raumschiffs Exeter nur noch Kristalle übrig geblieben. Captain Kirk lässt sich auf den Planeten beamen und trifft dort auf Ron Tracy, den Kommandanten der Exeter.
An Bord der Enterprise wird ein Computersystem erprobt, das die Menschen als Raumpiloten ersetzen soll. Kirk und seine Leute sind skeptisch. Tatsächlich scheinen ihre Bedenken berechtigt. Der Computer löst eine Katastrophe aus.
Der Captain eines verunglückten Raumschiffes herrscht als Despot nach römischen Vorbild auf einem fernen Planeten. Zur Belustigung des unterdrückten Volkes veranstaltet er Gladiatorenkämpfe. Auch Kirk, Spock und McCoy müssen in der Arena kämpfen.
Bei einer Zeitreise ins 20. Jahrhundert stößt die Enterprise auf den mysteriösen Felix Sevenrock. Er behauptet, von Außerirdischen aufgezogen worden zu sein. Er soll die Menschheit vor den Fehlern des Atomzeitalters bewahren. Kirk und Spock misstrauen dem Fremden.
