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Fünf Monate nach seinem Einsatz mit der „Suicide Squad“ wird Cristopher Smith, auch bekannt als Peacemaker, aus dem Krankenhaus entlassen. Kurz darauf wird er von Clemson Murn, einem Agenten der Organisation „A.R.G.U.S.“, gezwungen, an einer neuen Mission namens „Project Butterfly“ teilzunehmen.
Bevor diese Mission beginnt, besucht Smith seinen Vater. Anschließend geht er in eine Bar und trifft dort eine fremde Frau. Später stellt sich heraus, dass diese Frau gefährlich ist.
Unterdessen holt Amanda Waller, die Leiterin von „A.R.G.U.S.“, ihre Tochter Leota ins Team.
Nachdem Smith, auch bekannt als Peacemaker, die mysteriöse Annie Sturphausen getötet hatte, traf die Polizei am Tatort ein. Der "A.R.G.U.S."-Agent John Economos war zur Stelle, um Smiths Spuren zu verwischen und legte eine falsche Fährte, die zu Smiths rassistischem Vater Auggie führte. Aufgrund dieser falschen Hinweise landete Auggie im Gefängnis, wo er unter dem Namen "Weißer Drache" bekannt ist.
In der Wohnung von Annie Sturphausen stahl Smith ein seltsames Gerät. Zusammen mit seinem früheren Partner Vigilante versucht er nun, dieses mysteriöse Gerät zu erforschen und herauszufinden, was es damit auf sich hat.
Der US-Senator Royland Goff steht im Verdacht, ein sogenannter "Butterfly" zu sein. Smith wird zu seinem ersten Einsatz mit dem A.R.G.U.S.-Team geschickt. Ihm gefällt es gar nicht, dass er nicht nur den Senator, sondern auch Goffs Frau und Kinder töten soll. Zuerst beobachten Smith und Harcourt die Familie sorgfältig. Als die Familienmitglieder sich ungewöhnlich verhalten, befiehlt Murn, alle zu töten. Smith zögert jedoch, und so übernimmt Adrian Chase, auch bekannt als Vigilante, den Auftrag.
Smith hat behauptet, dass er den "Butterfly" getötet hat, der den Senator Royland Goff besetzt hatte. In Wahrheit jedoch hat er die Kreatur in einem Glas aufbewahrt. Gleichzeitig erfährt Smith, dass sein Vater hereingelegt wurde und nun im Gefängnis sitzt. Trotz der Warnungen von Murns und Adebayo, will er Auggie im Gefängnis besuchen. Adebayo und Chase kommen zu dem Entschluss, dass es besser wäre, Auggie zu töten. Um dies zu tun, geht Chase ins Gefängnis.
Die Detectives Song und Fitzgibbon bekommen von Auggie die Information, wer Sturphausen ermordet hat. Murn versucht, Smith zu schützen, indem er die Ermittlungen erschwert. Das Team von A.R.G.U.S. lernt dabei immer mehr über die „Butterflys“. Mit einer neuen Röntgenbrille können sie die Kreaturen jetzt sichtbar machen. Adebayo entdeckt schließlich die Fabrik, in der die bernsteinfarbene Flüssigkeit hergestellt wird, die für die Ernährung der „Butterflys“ wichtig ist.
Adebayo setzt Murn unter Druck und zwingt ihn, den Plan der „Butterflys“ zu enthüllen. Murn erklärt, dass die „Butterflys“ die Erde übernehmen wollen. Smith hat in seinem Wohnwagen einen „Butterfly“, der als Anführer gilt. Als die Polizei versucht, Smith festzunehmen, entkommt der „Butterfly“ aus seinem Glasbehälter und übernimmt Song.
Die Alienwesen infizieren daraufhin die gesamte Polizei von Evergreen und alle Häftlinge. Gleichzeitig macht sich Auggie auf den Weg, um seinen Sohn zu töten.
Smith, Chase, Eagly und Economos sind auf der Suche nach der Kuh, die die "Butterflys" zur Nahrungsproduktion verwenden. Auf ihrer Mission werden sie jedoch von Auggie und seinen Anhängern aufgehalten, was in einem Kampf endet. Parallel unterhalten sich Harcourt und Adebayo über eine geheime Mission und den damit verbundenen Verrat.
Währenddessen wird Murn zum Opfer der Alienwesen-geführten Polizei. Nach diesen dramatischen Ereignissen entscheiden sich die Teammitglieder, Harcourt als neue Leiterin der Mission einzusetzen.
Angesichts der vielen „Butterflys“ bittet Leota Adebayo bei Amanda Waller um Hilfe. Das „Justice League“-Team soll „A.R.G.U.S.“ unterstützen. Doch Smith, Harcourt und Chase können nicht warten, bis die Verstärkung eintrifft. Sie entscheiden sich selbst anzugreifen und wollen die „Butterfly“-Kuh ausschalten.
Dabei werden Harcourt und Chase schwer verletzt. Während des Kampfes spricht Smith kurz mit dem Goff-„Butterfly“, der jetzt Song kontrolliert.