Nach zwei Monaten Bedenkzeit wird Sarah's Rückzugsort auf Island durch einen Neolution-Angriff zerstört. Erneut muss sie sich auf die Flucht begeben, jedoch muss sie erkennen, dass so weit sie auch mit ihrer Familie wegrennt, immer verfolgt werden wird.
Nachdem sie eine Neulution-Attacke auf Island überlebt hat, kehrt Sarah nach Hause zurück, um die schwer zu fassende neue Verbündete aufzuspüren. Während Cosima mit dem Verschwinden von Delphine hadert, heißen Alison und Donnie die schwangere Helena willkommen. Felix fühlt sich derweil wie ein Außenseiter und begibt sich auf die Suche nach sich selbst.
Während sich Sarah nach der schockierenden Entdeckung von Neolution's Biotechnologie erst wieder fangen muss, sucht sie mit wachsender Verzweiflung nach Antworten. Rachel erhält indes Besuch von ihrem Bewacher und unternimmt einen kleinen Schritt in Richtung Rehabilitation. Helena wird unterdessen für Mrs. Hendrix gehalten, als sie merkwürdige Besucher empfängt.
Sarah geht eine Allianz mit einem früheren Gegner ein, in der Hoffnung an den Kopf von Neolution zu gelangen. Alison bringt Felix und Donnie dazu in eine Fruchtbarkeits-Klinik einzubrechen und Susan Duncan lässt Rachel, die eine schwierige Entscheidung treffen muss, zurück.
Sarah hat einen freien Tag und will sich mit Kira versöhnen, was aber bald zu einer Ermittlung führt, bei der die neuen Verbindungen von Felix diskreditiert werden sollen. Cosima und Donnie nehmen derweil das Fertilitätszentrum von Neolutionist in Augenschein. Während Donnie auf ein bekanntes Gesicht trifft, macht Cosima eine schockierende Entdeckung.
Als Cosima ihre Zweifel zugibt, rechtzeitig ein Heilmittel zu finden, trifft Sarah eine einsame Entscheidung, die Kendall an ebenjene verrät, vor denen sie sich jahrelang versteckt hat. Art und Felix schließen sich derweil zusammen, um einen naiven Klon vor sich selbst zu beschützen.
Sarah fällt in alte Verhaltensmuster zurück, während sie mit den Konsequenzen ihrer Entscheidungen ringt. In einer dunklen Nacht der Seele tritt sie außerdem wieder mit Beth in Verbindung. Im Labor wird Cosima derweil von traumatischen Erinnerungen und Nachrichten von Delphine heimgesucht, die einen letzten Versuch macht, ein Heilmittel zu finden.
Weil Alison Panik vor den Drohungen gegenüber Donnie durch Neolution hat, zweifeln Sarah und Mrs. S an ihrer Loyalität gegenüber den Schwestern. Während Sarah abgelenkt ist, schleicht sich Siobhan raus, um sich zu rächen. Währenddessen arbeiten Cosima und Susan Duncan gemeinsam an einem letzten Versuch ein Heilmittel zu finden.
Nun, da Susan Duncan entthront wurde, findet sich Sarah in der gleichen Position wieder wie Rachel - unter der Kontrolle eines neuen HBIC, wodurch die Erzfeindinnen für einen guten Zweck zusammengeführt werden. Cosima und Susan streiten sich derweil über die Ethik menschlicher Experimente.
Als die Kommunikation mit Cosima unterbrochen wird und sich Neolution offensichtlich ganz in der Nähe befindet, löst sich die Allianz zwischen Sarah und Rachel in Luft auf. Sarah lockt hernach einen hochrangigen Neolutionist in eine Falle und macht sich daran, der Organisation ein für alle Mal den Garaus zu machen.
