Als Kara und Jimmy zur Erde zurückkehren, um Brainiac aufzuhalten, versucht Jimmy, Metropolis zu warnen. Das Paar wird jedoch von Mallah und dem Brain getrennt und von Task Force X festgenommen. Glücklicherweise werden sie von der Redaktion des "Daily Planet" und Vale gerettet. Obwohl die Chancen gegen sie stehen, beginnt Kara die Hoffnung zu verlieren. Lombard und Jimmy ermutigen sie jedoch, sich zu entscheiden, wer sie sein möchte, genau wie Clark es tat.
Während Brainiac seine Invasion der Erde startet, versucht Kara ihn aufzuhalten, wird jedoch von ihm überwältigt, ebenso wie Task Force X. Unterdessen gelingt es Lois, in die Simulation zu gelangen, in der Clark gefangen ist. Dort wird sie allerdings von Jor-El und Lara gefangen genommen, die bemerken, dass sie nicht dazugehört, und versuchen, sie zu löschen. Doch jedes Mal, wenn sie es versuchen, setzt die Simulation sich auf den Zeitpunkt zurück, als Lois erstmals ankam.
Im Laufe mehrerer Zurücksetzungen findet Lois allmählich zu Clark und zusammen entschließen sie sich, die Simulation zu zerstören. Brainiac, zurück in seinem alten Körper, schlägt zurück, indem er die Metallos manipuliert, um Kara und einen wiederhergestellten Superman für ihn zu besiegen, während er plant, Kandor zu nutzen, um Metropolis zu vernichten.
