Brainiac setzt das Gerät "Black Mercy" ein, um in die Erinnerungen von Superman einzudringen und sie zu manipulieren. Sein Ziel ist es, seine künstliche Intelligenz auf Supermans Körper zu übertragen, bevor Kandor auseinanderbricht. Trotz intensiver Bemühungen gelingt es Superman nicht, Brainiac daran zu hindern, von Lois und Jimmy zu erfahren. Brainiac nutzt seine Verbindung zu ihnen, um ihn in eine Falle zu locken. Schließlich gerät Supermans Geist in eine Simulation seiner Familie und eines intakten Krypton.
Währenddessen treffen sich Kara und Jimmy wieder und entwickeln zusammen mit Lois einen Plan, um Superman zu retten. Mallah und das Gehirn bleiben zurück, um das Raumschiff zu reparieren. Jimmy und Lois infiltrieren Kandor, während Kara versucht, mit Brainiac zu verhandeln. Brainiac, genervt von Karas scheinbarem Widerstand, gibt zu, dass er sie manipuliert hat, damit sie ihm dient. Kara beschädigt seinen aktuellen Körper, doch Brainiac nimmt Besitz von Supermans Körper.
Jimmy versucht, Brainiac mit Kryptonit zu schwächen, doch dieser schleudert ihn, Lois und Kara ins All hinaus, bevor er Kandor teleportiert. Nachdem Mallah und das Gehirn das Trio gerettet haben, offenbart Lois, dass sie die Black Mercy gestohlen hat. Sie setzt das Gerät an sich selbst ein, um Superman zu retten.
