Venom entführt Personen, die Peter Parker nahe stehen und hält seine Geiseln an der Horizon High gefangen. Er verlangt von Parker, ihm dort persönlich gegenüberzutreten.
Anya muss sich der Herausforderung stellen, Spider-Girl zu sein. Spider-Man wird in Mysterios Gruselkabinett gelockt und erfährt, dass ein Kopfgeld auf ihn ausgesetzt ist.
Spider-Man muss sich einem der sonderlichsten Bösewichte, Jack O’ Lantern, stellen. Spider-Man bringt einen widerwilligen Schurken auf die Seite der Helden als er ihm hilft, seinen Bruder zu retten.
Spider-Man und Miles Morales finden heraus, dass Doc Ock, dessen Geist sich in dem Metallkörper des Lebenden Gehirns versteckt hat, hinter der mysteriösen Kopfgeldjagd nach Spider-Man steckt.
Spider-Man muss sich seinen Weg durch das Super-Schurken-Gewahrsam kämpfen, um das Lebende Gehirn herauszufordern, den Roboter-Körper, der den Geist von Doctor Octopus beherbergt.
Doc Ock, immer noch in Spider-Mans Körper, arrangiert sich mit dem Leben als Held. Er findet Wege, seine Methoden auf effizientere (wenngleich unfreundlichere) Weise einzusetzen.
Die Avengers (Iron Man, Ms. Marvel und Black Widow) stellen sich dem überlegenen Spider-Man entgegen. Dank Miles Morales argwöhnen sie, dass dieser nicht derjenige ist, der er zu sein vorgibt.
Der überlegene Spider-Man (derzeit Doc Ock) muss sich seinem härtesten Gegner stellen – Venom, der entflohen ist und nun die Midtown High School angreift, um sich an Peter Parker zu rächen.
Als bei einer Reihe von Angriffen ein Avenger nach dem anderen entführt wird, bleibt nur Spider-Man übrig, der nun herausfinden muss, wer hinter den Entführungen steckt.
Seine Mission führt Spider-Man zum „Cellar“, da er annimmt, dass Der Regent dort die Kräfte von Cloak & Dagger sowie anderen Superschurken benutzt, um die Avengers gefangen zu halten.
Spider-Man muss den aalglatten neuen Superschurken Slyde stellen, der Chemikalien gestohlen hat, um damit ein tödliches Virus zu entwickeln, das New York auslöschen könnte.
Während Spider-Man und Harry Osborn den Kobold-König suchen, um herauszufinden, wer hinter der Kobold-Maske steckt, befürchtet Spider-Man, dass Harry ihn in eine Falle lockt.
Damit Spider-Man den Kobold-König besiegen kann, muss er als Erstes Doc Ock, Spider-Girl, Ghost-Spider, Miles Morales und Harry Osborn dazu bringen, als Team zusammenzuarbeiten.
Damit Spider-Man den Kobold-König besiegen kann, muss er als Erstes Doc Ock, Spider-Girl, Ghost-Spider, Miles Morales und Harry Osborn dazu bringen, als Team zusammenzuarbeiten.