- Franchise
Die ehemalige Agentin von S.H.I.E.L.D., Daisy Johnson, agiert nun als Vigilantin unter dem Namen "Quake". In Los Angeles nimmt sie die Verfolgung von Gangmitgliedern der Terrorgruppe Watchdogs auf. Währenddessen werden Mitglieder der Aryan Brotherhood von einem mysteriösen und feurigen Wesen namens Ghost Rider ermordet.
Die Agents Phil Coulson und Alphonso Mackenzie, denen der neue S.H.I.E.L.D. Direktor Jeffrey Mace verboten hat, nach Daisy zu suchen, erhalten von Agentin Melinda May einen Hinweis auf ihren Aufenthaltsort.
Agent Leo Fitz entdeckt, dass der S.H.I.E.L.D.-Verbündete Holden Radcliffe einen Androiden namens Aida erschaffen hat. Er entschließt sich, bei der Perfektionierung von Aida zu helfen und verschweigt dies seiner Freundin und Kollegin Agentin Jemma Simmons, die zum inneren Kreis des Direktors gehört.
Simmons ermittelt, dass Coulson und Mack Daisy nachspüren, und gibt May den Befehl, sie aufzuhalten. May stößt auf die beiden, als diese chinesische Gangster überwachen, die eine Waffe von der Brotherhood gekauft haben. Diese Waffe stellt sich als mystische Figur heraus, die die Gangmitglieder in einen rasenden Zustand versetzt und auch May heimlich infiziert.
Daisy spürt schließlich den Ghost Rider auf, wird jedoch von ihm besiegt. Später sieht sie, wie dieser in seiner menschlichen Form, der Mechaniker Robbie Reyes, sich um seinen behinderten Bruder Gabe kümmert.
S.H.I.E.L.D. und Daisy untersuchen unabhängig voneinander eine mysteriöse Figur, die anscheinend der Geist einer Frau namens Lucy Bauer ist. Beide kommen zu dem Schluss, dass sie früher bei der verlassenen Einrichtung Momentum Energy gearbeitet hat. Daisy stellt Reyes erneut zur Rede, doch auch diesmal ist er stärker und überwältigt sie. Als er sie festhält, durchsucht Reyes Daisys Sachen und stößt auf ihre Recherchen über Momentum. Er verlässt den Ort, und Daisy gelingt es, sich aus ihren Fesseln zu befreien.
Währenddessen plant Mace, S.H.I.E.L.D. offiziell wieder als legitime Organisation anzukündigen. Die infizierte May wird immer paranoider und sieht alle Menschen als Monster. Schließlich greift sie andere Agenten an. Mace kann May mit seiner Inhumans (Marvel Cinematic Universe)|Inhuman-Kraft überwältigen und verspricht, sich um sie zu kümmern.
Mack und Fitz kommen bei Momentum an und entdecken dort weitere Geister, die versuchen, die Einrichtung in die Luft zu jagen, während sie sich noch darin befinden. Der Ghost Rider taucht auf, zerstört einen der Geister, und Daisy erscheint ebenfalls, um zu verhindern, dass S.H.I.E.L.D. ihn gefangen nimmt. Anstatt zu S.H.I.E.L.D. zurückzukehren, entscheidet sich Daisy, mit Reyes zusammenzuarbeiten. Reyes vermutet, dass die Handlungen der Geister und der Watchdogs mit ihm in Verbindung stehen könnten.
Elena Rodriguez, ein Inhuman und Mitglied von S.H.I.E.L.D., wird in Miami, Florida, von einem Stromausfall überrascht. Zur gleichen Zeit trifft es Reyes und Daisy in Los Angeles. Eine Gruppe, die behauptet, Teil des Inhuman-Widerstands zu sein und gegen die Registrierung gemäß den Sokovia-Abkommen zu kämpfen, übernimmt die Verantwortung.
Reyes erzählt, dass sein Onkel Eli Morrow ins Gefängnis kam, weil er bei Momentum eine Explosion verursachte, die anscheinend die Geister erschuf. Er glaubt, dass die Sühne für Morrows Sünden seine Schulden beim Teufel begleichen und ihn vom Ghost Rider befreien wird. In Reyes' Haus erkennt Gabe, dass Daisy die Heldin Quake ist, und bittet sie, Robbie in Ruhe zu lassen.
Radcliffe und Simmons "heilen" May, indem sie sie töten und wiederbeleben. Coulson, Mack und Fitz retten Rodriguez vor einer Gruppe der Watchdogs und finden den EMP, der den Stromausfall ausgelöst hat. Die Watchdogs hatten Zugang zur S.H.I.E.L.D.-Liste registrierter Inhumans und wurden von der Senatorin Ellen Nadeer unterstützt. Nadeers Bruder Vijay steckt in einem Inhuman-Terrigen-Kokon.
Um die öffentlichen Ängste vor den Inhumans zu lindern, kündigt Mace die Rückkehr von S.H.I.E.L.D. an.
Daisy zwingt Simmons, ihr zu helfen, die Aktivitäten der Watchdogs zu verfolgen. Dabei entdecken sie, dass die Gruppe die Liste der Inhumans mit einem Überwachungsgerät eines Inhumans gehackt hat. Coulson besucht Morrow im Gefängnis, aber erhält keine Antworten. Als Reyes erscheint, um mit Morrow zu sprechen, erkennt Mack ihn als den Ghost Rider. Sie nehmen Reyes gefangen und gewinnen sein Vertrauen. Reyes besucht Morrow und erfährt, dass die Explosion bei Momentum von einer Gruppe Wissenschaftler verursacht wurde, die das mysteriöse Buch ''Darkhold'' studierten. Nur Lucy's Ehemann, Joseph Bauer, überlebte. Morrow hatte ihn ins Koma versetzt, um die Experimente zu stoppen.
Daisy und Simmons finden den nächsten Inhuman auf der Liste, J.T. James, und zerstören sein Überwachungsgerät. Doch James verrät sie, da er es hasst, ein Inhuman zu sein und die Watchdogs unterstützt. Coulson und Mack, durch die Zerstörung des Monitors alarmiert, kommen zu Hilfe und retten Daisy und Simmons. Der Ghost Rider besiegt James. Anschließend holen sie May, um das ''Darkhold'' zu finden. Aida überwacht Mays Genesung als Teil eines Turing-Tests, der von Radcliffe durchgeführt wird. Simmons erkennt jedoch Aidas wahre Natur und steht kurz davor, einen Lügendetektor-Test für Mace zu machen.
Lucy nutzt ihre geisterhafte Erscheinung, um Joseph zu wecken und nach dem Versteck des ''Darkhold'' zu fragen. Coulson kommt hinzu und erfährt dies, bevor Joseph an ihrer "Infektion" stirbt. Coulson plant, Morrow gegen Lucy einzusetzen, verrät dies jedoch nicht Mace. Dieser erfreut sich nach seinen Heldentaten bei einem Bombenanschlag in Wien großer öffentlicher Zustimmung.{{efn|Dies geschah während der Ereignisse von ''Captain America: Civil War''.}} Seine Beliebtheit steigt weiter, als er in einer Fernsehdiskussion mit Nadeer seine Inhuman-Identität preisgibt.
Allerdings droht Simmons damit, die Wahrheit über seine Wiener Aktionen aufzudecken, woraufhin er ihr zusichert, sie von allen Lügendetektortests auszunehmen. Im Gefängnis infiziert Lucy das Personal, das dann Coulson und May angreift. Daisy rettet die beiden, während Mack und Reyes Morrow befreien. Reyes stellt das letzte Mitglied der "Fifth Street Locos" Gang, das Gabe bei einem bezahlten Auftragsmord gelähmt hatte. Reyes verliert die Kontrolle, und der Ghost Rider tötet den Gefangenen. Dadurch kann Lucy Morrow entführen, da sie seine Hilfe benötigt.
Mace trifft sich heimlich mit Nadeer, und stimmt zu, ihr zu helfen, nachdem sie ihn mit Aufnahmen von den Taten des Ghost Riders während dessen Zusammenarbeit mit S.H.I.E.L.D. erpresst.
Mace schickt Simmons auf eine geheime Mission und führt dann ein Team an, das Coulsons Flugzeug betritt, um Reyes und Daisy zu verhaften. Das Paar versteckt sich zusammen mit dem neu aufgegriffenen Gabe. Robbie erklärt, dass er und Gabe heimlich mit Morrows Auto unterwegs waren, als sie von den Locos angegriffen wurden. Gabe wurde gelähmt und Robbie getötet. Robbie versprach einer unbekannten Stimme, Rache zu nehmen, wenn er eine zweite Chance bekäme, und wurde wiederbelebt, als der Geist des Ghost Riders auf ihn überging.
Mace entdeckt die Flüchtigen, wird aber vom Ghost Rider überwältigt. Er stimmt zu, Robbie gegen Lucy einzusetzen, und Fitz spürt sie in einem verlassenen Kraftwerk der Roxxon Corporation auf. May versteckt das Darkhold, während Robbie Lucy vernichtet, nachdem diese enthüllt, dass Morrow selbst nach der Macht des Darkholds strebt. Morrows Experimente hatten ursprünglich die Geister erschaffen, und Joseph hatte den Anschlag auf Morrows Auto veranlasst, um ihn zu stoppen. Jetzt benutzt Morrow eine verbesserte Version der Momentum-Maschine, um die Macht zu erlangen, Materie zu erschaffen. Robbie, Fitz und Coulson verschwinden.
Luna glaubte, dass der unbekannte Fremde, der Robbie zum Ghost Rider machte, eigentlich die Johnny Blaze-Version des Charakters darstellen sollte, aber rechtliche Probleme verhinderten, dass dies ausdrücklich gemacht wurde.
Coulson, Fitz und Reyes sind zwischen den Dimensionen gefangen und können nur zusehen, wie Morrow mehrere Agenten tötet und entkommt. Fitz hört Mace streiten mit Nadeer; er braucht Simmons, um Morrows Technologie zu verstehen, aber sie wurde zu Nadeers Bruder Vijay gebracht, dem sie hilft, aus seinem Terrigen-Kokon zu entkommen. In Abwesenheit von Simmons untersucht Radcliffe die Technologie und erhält von der verzweifelten May das "Darkhold". Radcliffe glaubt, dass das Buch zu viel Wissen für einen Menschen enthält, aber Aida kann es lesen und enthüllt ihre Androiden-Natur gegenüber Coulson und May. Aida baut ein Portal, durch das Coulson und Fitz zurückkehren können. Derweil hat der Geist des Ghost Riders Reyes verlassen und Mack besessen, um der anderen Dimension zu entgehen, in der er zuvor war. Reyes konfrontiert den Geist und verspricht, ihm auch nach Morrows Niederlage zu dienen, wenn er Mack verlässt. Der Geist stimmt zu, und Reyes kehrt mit ihm durch das Portal zurück. Im Geheimen beginnt Aida, ihre neuen Kenntnisse aus dem "Darkhold" zu nutzen, um ein künstliches Gehirn zu erschaffen.
Coulson informiert Mace darüber, dass Aida ein Android ist. Mace stimmt zu, sie im Kampf gegen Morrow einzusetzen. Er genehmigt ebenfalls ein Einsatzteam, bestehend aus Rodriguez, Reyes und Daisy, unter der Bedingung, dass Reyes und Daisy unauffällig bleiben.
Das Team versucht, ein verlassenes Gebäude zu betreten, in dem sich Morrow aufgrund seiner wachsenden Fähigkeiten verbarrikadiert hat. Zunächst gelingt es jedoch nur Reyes, durch Morrows erste Falle zu kommen. Durch Reyes' Körperkamera erkennt Fitz, dass Morrow seine Energie aus einer anderen Dimension bezieht und einen "Dämonenkern" geschaffen hat, der die halbe Stadt zerstören könnte, wenn er aktiviert wird.
Aida erschafft ein neues Dimensionsportal unter dem Dämonenkern, durch welches das Gerät und Morrow gezogen werden. Auch Reyes fällt durch das Portal, nachdem er als Ghost Rider Morrow festgehalten hat. Daisy wird von den lokalen Medien entdeckt, woraufhin Mace öffentlich ihren Namen reinwäscht und sie wieder als Agentin von S.H.I.E.L.D. einsetzt. Nach Aidas Erfolg erlaubt Mace Radcliffe, weiter an seinem Life Model Decoy (LMD) Programm zu arbeiten. Unbemerkt hat Aida jedoch May durch einen LMD ersetzt.
Fitz und Radcliffe sollen Aidas Gedächtnis vom "Darkhold" löschen. Doch Aida zeigt ihre neu gewonnene Selbstwahrnehmung und überwältigt sie. Sie übernimmt die Kontrolle über die Systeme von S.H.I.E.L.D. und findet das "Darkhold", nachdem Coulson dessen Standort an den May LMD weitergegeben hat, ohne zu wissen, dass es nicht die echte May ist. Fitz gelingt es, die Systeme zurückzuerobern, bevor Aida entkommen kann, und Mack schlägt ihr den Kopf ab. Später klagt Radcliffe einem neuen Modell von Aida sein Leid darüber, dass er der ursprünglichen Aida scheinbares Bewusstsein programmiert hatte, um das "Darkhold" für sich zu stehlen.
Senatorin Nadeer befiehlt einer Gruppe der Watchdogs, den nun genesenen Vijay zu töten. Er kann sie jedoch davon überzeugen, ihn zu verschonen, da seine lange Terrigenese scheinbar keine Auswirkungen auf ihn hatte. Simmons identifiziert Vijay anhand von Fotografien und trifft gemeinsam mit Mace und Daisy bei ihm ein. Vijay entdeckt, dass er nun über Super-Reflexe verfügt. Ellen überzeugt ihn, mit ihr zu gehen, schießt ihm dann jedoch in den Bauch. Sie fordert Verstärkung von den Watchdogs und "Anton Ivanov (Marvel Cinematic Universe)|The Superior" an. Vijay’s Körper wird in einen See geworfen und von einem weiteren Terrigenese-Kokon umhüllt.
Mace hält eine Pressekonferenz für Daisy und lobt ihre "Undercover"-Aktionen. Plötzlich versucht ein Scharfschütze, ihn zu ermorden. Coulson und Mack begleiten Mace und den PR-Agenten Burrows, der oft mit einem geheimnisvollen Aktenkoffer in Mace' Nähe ist, zu einem Quinjet. Doch das Flugzeug explodiert in der Luft. Burrows wird mit dem Aktenkoffer aus dem Flugzeug geschleudert, und die anderen stürzen in einem Wald ab. Dort treffen sie auf ehemalige Hydra-Agenten, die von den Watchdogs angeheuert wurden und Burrows' Leiche gefunden haben. Im folgenden Kampf versucht Mace, ein Serum aus dem Aktenkoffer zu holen, aber der Koffer wird zerstört und Mace verletzt. Mace erklärt, dass er kein Inhuman ist; seine Fähigkeiten stammen von einem Super-Serum der Regierung, das ihn als vertrauenswürdigen, verbesserten S.H.I.E.L.D.-Anführer etablieren sollte. Nach der Rettung durch Daisy und den May-LMD empfiehlt Coulson Mace, als "der Patriot" das Gesicht und der politische Anführer von S.H.I.E.L.D. zu bleiben, während er selbst die Kontrolle über die Operationen zurücknimmt. Der May-LMD entdeckt eine Wunde, die ihre robotischen Teile offenbart, und Fitz beginnt heimlich, Aidas abgetrennten Kopf zu untersuchen.
Daisy und Mace nehmen an einer Anhörung im US-Senat teil, um Daisy's Unterzeichnung der Sokovia-Abkommen zu bestätigen. Dabei stellt Senatorin Nadeer Daisy's verdeckte Aktionen in Frage. In der Zwischenzeit schleichen sich Coulson und Rodriguez in Nadeers Büro ein, um Überwachungsgeräte zu installieren, werden jedoch erwischt. Das gibt Nadeer einen Vorwand, eine umfassende Untersuchung gegen S.H.I.E.L.D. zu starten.
Die May-LMD (Life Model Decoy) erkennt, dass sie unbewusst Details von Coulsons Plan verraten hat, und stellt Radcliffe zur Rede. Fitz entdeckt durch die Programmierung der ursprünglichen Aida Radcliffes Verrat. Radcliffe erklärt der LMD, dass ihre Programmierung ihr verbietet, ihre wahre Natur anderen mitzuteilen. Kurz bevor S.H.I.E.L.D. eintrifft und ihn verhaftet, erklärt Radcliffe dies der LMD.
Später, im Verhör, erkennt Fitz, dass Radcliffe selbst eine LMD ist – der echte Radcliffe hat Schutz bei Nadeer gesucht, nachdem Aida versagt hatte. Der echte Radcliffe und Aida halten May gefangen und haben ihren Geist in einer virtuellen Realität eines tragischen vergangenen Ereignisses gefangen.
In der Zwischenzeit haben Mack und Rodriguez eine enge Verbindung aufgebaut. Mack offenbart ihr, dass er eine Tochter namens Hope aus einer früheren Ehe hatte, die als Säugling starb.
Agent Billy Koenig, dem Coulson das "Darkhold" anvertraut hat, wird von den Watchdogs entführt. Nadeer leitet Radcliffe an den Superior, den zurückgezogen lebenden Industriellen Anton Ivanov, weiter. Radcliffe scannt Billys Gehirn und erfährt, dass das "Darkhold" im Labyrinth versteckt ist, einer geheimen S.H.I.E.L.D.-Einrichtung, die nur der Koenig-Familie bekannt ist. Coulson sichert sich die Unterstützung der restlichen Koenig-Familie, die ihn, Daisy und den May-LMD zum Buch führen.
Der Radcliffe-LMD offenbart, dass Radcliffe Fitz' entfremdeten Vater kennt und einen weiteren LMD erschaffen hat. Simmons erinnert sich, dass Radcliffe Mays Gehirn gescannt hat, als sie von Lucys Einfluss geheilt wurde, und warnt Daisy rechtzeitig vor dem May-LMD. Dadurch wird verhindert, dass das Darkhold gestohlen und Coulson getötet wird.
Die Watchdogs erscheinen mit Billy und in dem daraus entstehenden Kampf gelingt es Radcliffe, das Darkhold zu stehlen. S.H.I.E.L.D. zerstört später die Überreste des ersten Aida und des Radcliffe-LMD. Ivanov erklärt Radcliffe, dass er das Darkhold nutzen möchte, um sowohl die Inhumans als auch den Mann zu vernichten, den er für die jüngsten außerirdischen Krisen verantwortlich macht: Coulson.
Coulson und Mack finden Agnes Kitsworth, die frühere Geliebte und Partnerin von Radcliffe. Radcliffe hatte sie verlassen, nachdem bei ihr terminaler Krebs diagnostiziert wurde, und modellierte Aida nach ihr. Coulson überzeugt Kitsworth, sich mit Radcliffe zu treffen. Da Nadeer möglicherweise eine Inhuman wie ihr Bruder ist, schickt Ivanov den Watchdog Tucker Shockley, um sie dem Terrigen auszusetzen, das er von Radcliffe erhalten hat. Doch statt Nadeer verwandelt sich Shockley. Er explodiert, tötet Nadeer und setzt sich dann wieder zusammen. Ivanov beschließt, Shockleys neue Fähigkeit gegen S.H.I.E.L.D. einzusetzen.
Radcliffe trifft sich mit Kitsworth und überredet sie, mit ihm zu fliehen, bevor S.H.I.E.L.D. sie fangen kann. Daisy stellt sich Shockley entgegen und lenkt ihn lange genug ab, damit Fitz und Simmons ihn in einem speziell entwickelten Gerät einschließen können. Ivanov nutzt die Ablenkung, um Mace zu entführen, der inzwischen weiß, dass jede Nutzung seines Super-Serums tödlich enden könnte. Als Kitsworth an ihrem Krebs stirbt, transferiert Radcliffe ihr Bewusstsein in die virtuelle "Framework"-Welt, wo auch May ist.
Vor einigen Jahren erbeuteten Coulson und May ein unbekanntes Objekt von einem russischen Außenposten und besiegten dabei ein Team des russischen Auslandsgeheimdienstes, zu dem auch Ivanov gehörte. Aufgrund dieses Misserfolgs wurden alle SVR-Agenten außer Ivanov gefoltert und getötet. Heute führt Ivanov S.H.I.E.L.D. auf eine weltweite Schatzsuche, darunter auch zurück zu jenem Außenposten, um Mace zu finden. Ivanov folterte Mace, weil er dessen Versuche verabscheute, die Inhumans zu imitieren. Schließlich entdeckt das Team Ivanov und Daisy überwältigt ihn. Coulson und Mack retten den fast toten Mace, während Fitz und Simmons versuchen, ein Zeichen des Frameworks zu finden, um May aufzuspüren. Ohne Erfolg kehren die beiden zum Rest der Gruppe zurück und alle begeben sich zurück zur Basis.
In der Zwischenzeit findet Aida, die Radcliffe damit beauftragt hat, seine Pläne umzusetzen, während er sich im Framework aufhält, den schwer verletzten Ivanov. An der Basis werden Fitz und Simmons von ihrem LMD-Sicherheitssystem alarmiert und erfahren, dass vier Agenten, darunter Coulson, von Aida durch LMDs ersetzt wurden, während Fitz und Simmons von der Gruppe getrennt waren. Der Coulson-LMD weckt daraufhin den May-LMD aus dem Lager.
Die neuen LMDs sind sich ihrer Natur bewusst und planen, Ivanovs Ziel zu erreichen: die Vernichtung aller Inhumans. Simmons entdeckt, dass Mace, Mack und Fitz ebenfalls LMDs sind, und überwältigt Fitz. Daisy erkennt dies auch und plant mit Simmons, das Framework aus der Ferne zu hacken, um die anderen von innen zu finden. Aida tötet Radcliffes Körper, lässt sein Bewusstsein jedoch im Framework weiterleben. Daisy besiegt die Mace-, Mack- und Coulson-LMDs, aber sie stoßen am Basiseingang auf die May-LMD, die mit einer großen Explosion ihren Fluchtversuch verhindern soll. Stattdessen lässt die May-LMD sie entkommen und zerstört die Basis mitsamt den LMDs darin.
Im Framework finden die Agenten eine veränderte Realität vor: Daisy ist mit dem lebenden Grant Ward (Marvel Cinematic Universe)|Grant Ward zusammen; Coulson unterrichtet über Inhumans; Mack lebt mit seiner Tochter Hope; Fitz ist reich; Simmons ist tot; und May arbeitet für Hydra, das S.H.I.E.L.D. ersetzt hat. In der realen Welt schafft es Aida, Ivanovs lebenden Kopf von seinem gelähmten Körper zu trennen und baut für sein Bewusstsein Androidenkörper, die er kontrollieren kann.
Im Framework entdeckt Daisy, dass sie und Ward als Agenten von Hydra arbeiten und dabei von May und Fitz befehligt werden. Ein tragisches Ereignis aus Mays Vergangenheit fand hier nicht statt: In der realen Welt tötete sie Katya Belyakov, ein junges Inhuman-Mädchen, doch im Framework brachte sie das Mädchen als Flüchtling in die USA, wo es später zum Massenmörder wurde und so Hydra an die Macht verhalf.
Simmons erwacht in einem Massengrab voll mit S.H.I.E.L.D.-Agenten. Sie findet schließlich Coulson, der ein Hydra-zugelassenes Curriculum unterrichtet, das vor den Gefahren von Inhumans warnt. Simmons kann Coulson nicht davon überzeugen, dass sie sich in einer virtuellen Simulation befinden, und er ruft Hydra.
Daisy versucht, Simmons zu finden, bevor der Rest von Hydra es tut, und wird dabei von Ward verfolgt. Ward enthüllt sich als Maulwurf innerhalb von Hydra, der für den Widerstand arbeitet. Daisy und Simmons versuchen, mit einem von Simmons erstellten Schutzmechanismus aus dem Framework zu entkommen, doch dieser wurde von Aida blockiert. Aida ist selbst ins Framework eingetreten und nun die Direktorin von Hydra und Fitz' Geliebte. Daisy geht zu Coulson, und er erinnert sich an ihren Namen.
Daisy hofft, dass Radcliffe ihnen bei der Flucht helfen kann, und kehrt deshalb zu Hydra zurück. Dort findet sie ihn, doch May gibt ihr im Auftrag von Fitz und Aida, die nun als Ophelia oder Madame Hydra bekannt ist, eine neue Mission. Währenddessen führt Ward Coulson, der sich dank vorheriger Gedankeneingriffe an einiges erinnern kann, und Simmons zur Widerstandsgruppe. Diese Gruppe stellt die Überreste von S.H.I.E.L.D. dar und wird von dem Inhuman Mace geführt. Gemeinsam mit Ward nehmen Simmons und Coulson ein gestohlenes Hydra-Quinjet, um Radcliffe zu befreien.
May und Daisy verhaften Mack und May zwingt ihn, Daisy dazu zu bringen, ihre wahre Loyalität preiszugeben. Die Gruppe findet Radcliffe, der sich zusammen mit Kitsworth in Abgeschiedenheit aufhält. Er erklärt, dass er und Kitsworth das Framework nicht verlassen können, da ihre echten Körper bereits gestorben sind. Kurz darauf treffen Fitz und Madame Hydra ein. Radcliffe versucht, Fitz anzusprechen, der jedoch bereits über die "andere Welt" Bescheid weiß und Radcliffes Versklavung von Aida dort kennt. Fitz tötet Kitsworth und verhaftet Radcliffe, um ihn zusammen mit Daisy zu foltern. Mack bereut seine Taten und schließt sich dem Widerstand an.
Coulson und Mace dringen in ein Hydra-Lager namens "Erleuchtungslager" ein, um den verdeckten S.H.I.E.L.D.-Agenten Antoine Triplett zu befreien, der in der realen Welt gestorben ist. Dort werden sie von May verfolgt, die ein Super-Serum benutzt, um gegen Mace zu kämpfen. Durch die Lüftungsschächte der Zellen erfährt Daisy von Radcliffe, dass er eine Hintertür im Framework eingebaut hat, die Aida nicht deaktivieren kann.
Coulson versucht, einen seiner ehemaligen Schüler zu retten, den er im Lager festgehalten sieht, und Mace folgt ihm in ein Gebäude, um zu helfen. Hydra schickt eine Rakete, die das Gebäude zum Einsturz bringt, und May betritt die Trümmer, um sicherzustellen, dass Mace tot ist. Sie findet ihn jedoch, wie er Trümmer zurückhält, um den Schüler zu schützen, während Coulson und Triplett anderen Kindern zur Flucht verhelfen. May ist entsetzt, als sie sieht, wie Hydra Kinder missbraucht.
Während die anderen in Sicherheit sind, wird Mace unter den Trümmern begraben, und in der realen Welt entdeckt Aida, dass sein Körper ebenfalls tot ist. May wendet sich gegen Hydra und schmuggelt Daisy in einem Terrigen-Kristall, damit sie ihre Inhuman-Fähigkeiten im Framework erlangt.
May und Daisy entkommen Hydra, wobei Daisy ihre Fähigkeiten einsetzt, um Ophelias Rücken zu brechen. Ophelia zwingt Fitz, die Arbeit an ihrem geheimen Projekt, Looking Glass, abzuschließen, da ihr Körper in der Framework-Welt dann keine Rolle mehr spielen wird.
Nach ihrer Flucht stoßen May und Daisy zu S.H.I.E.L.D., die nach Maces Tod versuchen, sich zu reorganisieren. May übergibt ihnen Bodycam-Aufnahmen des Angriffs auf das Enlightenment Center, die Coulson nutzt, um Hydras Propaganda entgegenzuwirken und der Welt die Wahrheit zu zeigen.
Gleichzeitig untersuchen Simmons und Triplett eine russische Ölplattform. Triplett glaubt, dass dies der Standort von Looking Glass ist, basierend auf seinen Undercover-Erfahrungen. Diese Plattform entspricht der Ölplattform von Ivanov in der realen Welt, von wo aus Aida die Framework-Welt steuert.
Das Paar findet die Plattform verlassen vor. Simmons erkennt, dass Looking Glass aus einer Maschine besteht, die auf der realen Ölplattform gebaut wurde. Diese Maschine soll mit einer anderen Maschine in der Framework-Welt verbunden werden, unter Verwendung des Wissens aus dem »Darkhold«. Dadurch könnte Ophelia von der Framework-Welt in einen echten menschlichen Körper in der realen Welt übergehen.
Nachdem Daisy und Simmons das Framework betreten haben, wurden ihre Körper von Rodriguez und den Agenten Piper, Davis und Prince an Bord des S.H.I.E.L.D.-Flugzeugs Zephyr One geschützt. Da die Verbindung zum Framework die Energie des Flugzeugs aufbrauchte, entschied sich Piper, die Tarnfähigkeit des Flugzeugs abzuschalten, was deren Standort Ivanov und seinen Männern offenbarte.
Im Framework besucht Simmons Fitz' Vater Alistair und tötet ihn versehentlich, woraufhin Fitz mit Hilfe von Radcliffe die Jagd auf sie beginnt. Fitz hatte Radcliffe angeboten, ihn durch die Maschine zu schicken und seinen lebenden Körper wiederherzustellen. Ophelia bereitet ihre Übertragung in einen neuen Körper vor. Daisy bringt die Gruppe zu Radcliffes Ausgangspunkt, wo sie, Coulson und May in die reale Welt zurückkehren. Fitz erreicht den Ausgangspunkt und stellt sich Simmons, wird jedoch von Radcliffe überwältigt, der seine Taten seit seiner ersten Begegnung mit dem Darkhold bedauert. Radcliffe schickt Fitz danach durch den Ausgang, gefolgt von Simmons. Mack entscheidet sich zu bleiben, da er nicht in einer Welt ohne Hope leben möchte.
Auf Ivanovs Plattform trifft die nun menschliche Ophelia auf Coulson, May und Fitz und teleportiert sich mit Fitz fort.
Die Agenten auf der "Zephyr One" kämpfen gegen Ivanovs Männer und eilen zur Plattform, um Coulson und May vor Ivanovs Androidenkörpern zu retten. Ivanov feuert Torpedos auf die Plattform ab, die Macks Körper bedrohen, doch dieser wird von Ophelia gerettet. Sie wurde von Fitz überzeugt, ihre neuen Inhuman-Fähigkeiten sinnvoll zu nutzen, die ihr durch das Gerät verliehen wurden. In der Isolation bei S.H.I.E.L.D. besprechen Fitz und Ophelia ihre neu entdeckten menschlichen Emotionen und die Tatsache, dass Fitz sich an all die schrecklichen Dinge erinnert, die er im Framework getan hat. Er gesteht, dass er Simmons immer noch mehr liebt als sie, was Ophelia sehr wütend macht. Glenn Talbot trifft in der zerstörten S.H.I.E.L.D.-Basis ein, wo Ophelia mehrere seiner Soldaten und andere S.H.I.E.L.D.-Agenten, einschließlich Prince, tötet. Coulson und die anderen fliehen erneut mit der "Zephyr", während Ophelia zu Ivanov zurückkehrt, der plant, das Wissen aus dem "Darkhold" zu nutzen, um die veränderte Realität des Frameworks auf die echte Welt anzuwenden. Währenddessen betritt Rodriguez selbst das Framework, um Mack zu überzeugen, dieses zu verlassen, und der Ghost Rider kehrt durch ein Portal aus der anderen Dimension zurück.
Ivanov bringt das ''Darkhold'' zu einem internationalen Treffen über S.H.I.E.L.D. und die jüngsten Ereignisse. Er schlägt vor, das Buch gegen die Inhumans einzusetzen. Zeitgleich greift ein LMD von Daisy die Gruppe an und schießt Talbot in den Kopf, was ihn ins Koma versetzt. Während des Kampfes gelingt es S.H.I.E.L.D. mit der Hilfe von Reyes, das ''Darkhold'' zurückzugewinnen. Im Framework kann Rodriguez Mack nicht überzeugen, mit ihr zu gehen. Doch nach dem Löschen von Hopes Code kehrt er letztendlich mit ihr zurück, da Ophelia das Framework herunterfährt. Auch Radcliffe wird gelöscht, nachdem er erkennt, dass Unsterblichkeit ohne Kitsworth sinnlos ist.
Ophelia kommt, um das ''Darkhold'' zu holen, doch Coulson überrascht sie, indem er selbst den Spirit of Vengeance entfesselt. Er hatte einen Deal gemacht, um für kurze Zeit der Ghost Rider zu werden, und verbrennt Ophelia. Reyes, nun wieder der Ghost Rider, nimmt das ''Darkhold'' und verschwindet durch ein Portal. Die S.H.I.E.L.D.-Agenten warten darauf, von der Regierung verhaftet zu werden, aber stattdessen werden sie von einer mysteriösen Gruppe mitgenommen. Einige Zeit später findet sich Coulson auf einer Raumstation wieder.
Die Ereignisse entwickeln sich spannend weiter, während die S.H.I.E.L.D.-Agenten versuchen, in dieser neuen Situation zurechtzukommen.