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Nachdem er die Fähigkeit entwickelt hat, Metall zu biegen, wird Joey Gutierrez vom feindlichen Advanced Threat Containment Unit (ATCU) gerettet. Diese Einheit wurde vom Präsidenten der Vereinigten Staaten, Matthew Ellis, als Ersatz für die geheime Organisation S.H.I.E.L.D. eingeführt. S.H.I.E.L.D.-Agenten greifen ein und helfen Gutierrez.
Agentin Daisy Johnson versucht verzweifelt, Gutierrez seine Herkunft als Inhuman zu erklären, die durch die kürzlich freigesetzte Substanz Terrigen aktiviert wurde. Sie bittet Lincoln Campbell um Hilfe, der ihr einst Mentor war, nun jedoch ein normales Leben führen möchte. S.H.I.E.L.D.-Direktor Phil Coulson trifft Rosalind Price, die Anführerin der ATCU. Die beiden erkennen, dass eine dritte Partei an den neuen Inhumans interessiert ist: der monströse Inhuman Lash, der Daisy und Campbell angreift.
Als die ATCU eintrifft, fliehen sowohl Lash als auch Campbell, und die Organisation beginnt, sie zu jagen. Agent Leo Fitz entdeckt eine alte hebräische Schriftrolle, die den Kree-Monolithen, der seine Partnerin Jemma Simmons verschlungen hat, als "Tod" (מות) beschreibt. Fitz weigert sich, dies zu akzeptieren. Währenddessen befindet sich Simmons auf einem einsamen, fremden Planeten.
Dr. Andrew Garner untersucht Gutierrez und entscheidet, dass er noch nicht bereit ist, sich den Secret Warriors, Daisys möglichem Team der Inhumans, anzuschließen. Grant Ward, der versucht, Hydra wieder aufzubauen, rekrutiert Werner von Strucker, den Sohn des früheren Anführers Baron Wolfgang von Strucker.
Agent Lance Hunter, der beauftragt wurde, Ward zu jagen und zu eliminieren, spürt Garners Ex-Frau, Agent Melinda May, auf. May ist seit sechs Monaten beurlaubt und hat mit Beziehungsproblemen zu kämpfen, sowohl mit Garner als auch mit Coulson. Schließlich überzeugt Hunter sie, nicht vor ihrem Leben davonzulaufen. May stimmt zu, ihn bei seiner Mission zu unterstützen.
Fitz entdeckt, dass der Monolith ein Portal ist. S.H.I.E.L.D. holt den Asgardianer Elliot Randolph zu Hilfe. Randolph führt sie zu einem alten englischen Schloss, wo einst eine Maschine gebaut wurde, um den Monolithen mit Hilfe von Vibrationen zu öffnen. Daisy kann diesen Effekt mit ihren Fähigkeiten nachahmen.
Fitz schickt eine Leuchtrakete durch das Portal, bevor er selbst hindurchtritt. Er findet Simmons und bringt sie zurück, kurz bevor Daisys Kräfte den Monolithen zerstören.
Das ATCU kommt Campbell immer näher, nachdem ein alter Freund ihn verraten hat und das ATCU die Öffentlichkeit um Hilfe bei der Ergreifung des "Aliens" bittet. Verzweifelt ruft Campbell Daisy um Hilfe. Coulson trifft sich währenddessen mit Price und bittet sie, dass S.H.I.E.L.D. Campbell übernehmen darf. Dabei stellt er fest, dass Price auch von Daisy weiß. Um Daisy zu schützen, lässt Coulson das ATCU Campbell übernehmen.
Daisy, die von all dem nichts weiß, trifft auf Campbell, doch das ATCU folgt ihnen. Campbell greift die Agenten an und entkommt, woraufhin das ATCU versucht, Daisy zu fangen. Um sie zu retten, stimmt Coulson zu, mit Price zusammenzuarbeiten, um die Inhumans gemeinsam zu fangen.
In der Zwischenzeit treffen Hunter und May einen Kontakt von Hunter bei Hydra. Dieser führt sie zum neuen Initiationssystem: Hunter muss um sein Leben kämpfen, um sich als würdig für Hydra zu erweisen. Hunter kämpft gegen seinen Kontakt, tötet ihn und wird in die Reihen von Hydra aufgenommen.
Währenddessen versucht Fitz, Simmons bei ihrer Rückkehr in ihr altes Leben zu unterstützen. Simmons kämpft jedoch sowohl mit der veränderten Physik der Erde als auch mit mentalen Traumata. Später findet Agent Bobbi Morse Simmons, wie sie plant, das Portal wieder zu öffnen und zum fremden Planeten zurückzukehren.
Daisy findet eine verschlüsselte Email am Tatort eines Angriffs von Lash. Sie verfolgt die Spur zu Dwight Frye, einem Inhuman, der negativ auf die Anwesenheit anderer Inhumans reagiert. Lash hat ihn genutzt, um Ziele zu finden. Währenddessen besucht May S.H.I.E.L.D. und warnt Coulson, dass Hunters Mission zu persönlich und unvorsichtig wird. Sie weigert sich jedoch, mit Garner zu sprechen, der sie verlassen hatte, als sie versuchten, ihre Beziehung wiederzubeleben.
Das ATCU nimmt Frye fest, und Daisy sowie Agent Alphonso Mackenzie dürfen sie zu ihrer Basis und den Inhuman-Einrichtungen begleiten. Auf dem Weg dorthin überfällt Lash ihren Van, tötet Frye und verletzt Mack. Er verschont jedoch Daisy, die beobachtet, wie sich Lash danach in einen gewöhnlichen Menschen verwandelt.
Hunter wird für eine Mission mit Hydra eingesetzt, wo er von Ward entdeckt und attackiert wird. May kommt zu Hilfe, aber Ward enthüllt, dass Strucker bereit ist, Garner zu töten, wenn Hunter und May ihn nicht entkommen lassen. May, unfähig Garner zu opfern, willigt ein zurückzuweichen, doch Hunter greift Ward an und schießt ihm in die Schulter, während dieser flieht. Als Vergeltung scheint Strucker Garner zu töten.
Simmons erzählte Fitz von ihren sechs Monaten auf dem fremden Planeten. Nachdem sie durch das Portal gezogen worden war, befand sie sich auf einem scheinbar sonnenlosen, verlassenen Planeten. Dort stieß sie auf einen Wasserpool, der von einer fremden Lebensform bewohnt wurde, und konnte sich so am Leben halten. Schließlich traf sie auf Will Daniels, einen gestrandeten Astronauten.
Daniels war im Jahr 2001 gemeinsam mit einem Team von Wissenschaftlern durch das Portal gereist, als sich der Monolith im Besitz der NASA befand. Mit der Zeit wurden die Wissenschaftler jedoch durch den Planeten und eine böse Entität, die dort herrschte, wahnsinnig und starben nach und nach. Simmons stellte fest, dass man das Öffnen des Portals durch das Studium der Sterne und die Ausrichtung der Monde des Planeten vorhersagen kann. Nach Monaten der Beobachtungen gelang es ihnen, das nächste Öffnen des Portals zu bestimmen. Als ihnen dies jedoch misslang, verlor Simmons die Hoffnung.
Trotzdem fand sie Trost bei Daniels und verliebte sich in ihn. Als sie schließlich Fitz' Leuchtsignal sahen, konnte Simmons zu ihm gelangen, während Daniels die Entität ablenkte. Jetzt möchte Simmons das Portal erneut öffnen, um Daniels zu retten, und Fitz stimmt zu, ihr dabei zu helfen.
S.H.I.E.L.D. entdeckt Garner lebend, nachdem Strucker vom Tatort geflohen ist. Hunter wird durch Morse bei der Mission gegen Ward ersetzt, und sie beginnt gemeinsam mit May, Strucker zu verfolgen. Da Daisy und Mack nie die ATCU-Einrichtung erreicht haben, besucht Coulson diese selbst. Gleichzeitig vermuten Daisy, Mack und Hunter, dass Price's rechte Hand, Luther Banks, Lash sein könnte. Sie finden Banks, schlagen ihn bewusstlos, nehmen etwas von seinem Blut und schmuggeln eine Kamera in die Einrichtung, zu der er unterwegs war. Eine Analyse zeigt jedoch, dass Banks kein Inhuman ist. In der ATCU-Einrichtung sehen sie, wie Coulson einen gefangenen Inhuman, der sich in einer Art Kälteschlaf befindet, untersucht.
Price erläutert Coulson, dass sie die Inhumans "heilen" will, weil sie ihrem Mann, der an Krebs gestorben ist, nicht helfen konnte. May und Morse verfolgen Strucker bis zur Wohnung von Gideon Malick, wo Strucker Zuflucht gesucht hat. Malick übergibt ihn jedoch stattdessen an Hydra im Austausch für einen Gefallen in der Zukunft. Während Morse gegen die Hydra-Mitglieder kämpft, offenbart Strucker May, dass Garner seinen Angriff überlebt hat, weil er selbst Lash ist.
May stellt Garner zur Rede, der erklärt, dass er während seiner Forschung für S.H.I.E.L.D. ein Buch mit bekannten Inhumans von Daisys verstorbener Mutter öffnete. Das Buch war mit Terrigen präpariert, das beim Öffnen freigesetzt wurde. Dadurch wurden Garners Inhuman-Fähigkeiten aktiviert, und als er später von einem "unwürdigen" Inhuman angezogen wurde, verwandelte er sich in Lash und tötete ihn. Daraufhin beendete Garner die Beziehung mit May.
Coulson trifft sich mit Price, um mit dem Präsidenten über den Ausbruch von Menschen mit besonderen Fähigkeiten zu sprechen. Unterwegs wird er jedoch von Campbell aufgehalten, der herausgefunden hat, dass Lash Zugriff auf das Buch haben muss. S.H.I.E.L.D. und die ATCU spüren Garner und May auf, wobei May als Geisel gehalten wird. Coulson versucht, Garner zur Vernunft zu bringen. Garners Lash-Instinkte drängen ihn jedoch dazu, Campbell zu töten. Nach einem Angriff von Campbell kann nur May Garner beruhigen und ihn zurück in seine menschliche Form bringen.
Campbell warnt, dass die Lash-Form bald dauerhaft sein wird, also lässt May Garner von der ATCU in Stasis versetzen, bis ein Heilmittel gefunden ist. Coulson verbringt danach die Nacht mit Price.
Malick weiß, dass Ward Zugang zu einem von von Struckers Tresoren möchte, da dieser die wahre Macht von Hydra enthalten soll, die Ward nutzen will, um Coulson zu töten. Daher schickt Malick Männer, um Ward zu eliminieren. Doch Ward besiegt sie und zwingt sie, den Standort des Tresors preiszugeben. Währenddessen dringen Hunter und Morse als FBI-Agenten getarnt in die ATCU ein, um eine durch Garners Eindämmungsmodul ausgelöste Sicherheitslücke zu untersuchen. Morse entdeckt, dass die ATCU die Inhumans an einem externen Standort hält und versucht, mehr von ihnen zu erzeugen, anstatt sie zu heilen. Coulson konfrontiert Price, die jedoch keine Kenntnis davon hatte, da ihr langjähriger Geschäftspartner Malick diesen Bereich leitete.
Ward bricht in den Tresor ein und trifft auf einen beeindruckten Malick. Während Fitz und Simmons erkennen, dass Daniels von Hydra als Opfer durch das Portal geschickt wurde, erläutert Malick Ward, dass dieses Opfer einem alten Inhuman namens Hive, auch bekannt als Alveus, galt, der durch das Portal verbannt wurde. Hydra wurde gegründet, um ihn auf die Erde zurückzubringen. Malick bietet Ward an, Hydra dabei zu helfen, im Gegenzug wird er Ward dabei unterstützen, S.H.I.E.L.D. zu vernichten.
Während eines Abendessens mit Coulson enthüllt Price Pläne, Malick zu konfrontieren. Plötzlich wird sie jedoch von Ward erschossen und stirbt in Coulsons Armen. Coulson befördert Mack zum kommissarischen Direktor von S.H.I.E.L.D. und begibt sich auf einen Rachefeldzug. Gemeinsam mit Hunter und Morse entführt er Wards jüngeren Bruder Thomas.
Fitz und Simmons untersuchen zusammen mit Banks die ATCU, doch Banks wird getötet und die beiden werden von Hydra gefangen genommen. Simmons wird gefoltert, bis Fitz einwilligt, Hydra zu helfen, Hive zur Erde zurückzubringen. Währenddessen nutzt Coulson ein Telefongespräch zwischen den Ward-Brüdern, in dem Grant versucht, sich vor Thomas zu rechtfertigen, um den Standort von Hydras Basis zu ermitteln: ein englisches Schloss.
Mack klärt Gutierrez und Campbell für den Feldeinsatz und mobilisiert den Rest von S.H.I.E.L.D. für eine Rettungsmission. Hydra öffnet das Portal erneut, und Malick überredet Ward, Hydra mit Fitz zu führen und mit Hive zurückzukehren, wobei er verspricht, dass Coulson beim Rückkehr sterben wird. Entschlossen, Ward zu töten, gelingt es Coulson ebenfalls, das Portal zu betreten.
Fitz findet Daniels und überzeugt Ward, dass sie ihn brauchen, um den Ausstiegspunkt zu finden. Mack schickt May und die Secret Warriors (Daisy, Campbell und Gutierrez) los, um Simmons zu suchen. Währenddessen infiltrieren er, Morse und Hunter das Schloss und sichern den Portalraum. Simmons entkommt selbst, nachdem Campbell die Energiezufuhr von Hydra unterbrochen hat. Dabei entdeckt sie mehrere Inhumans, die Malick als Armee versammelt hat, darunter auch Garner. Simmons stimmt zu, Lash auf Hydra loszulassen, bevor sie sich zu den anderen begibt.
Fitz und Daniels führen Ward zu den Ruinen einer alten Zivilisation und schaffen es, zu entkommen. Coulson holt Ward ein und überwältigt ihn, zwingt ihn, ihnen zu folgen. Am Ausstiegspunkt greift Daniels Fitz an: Hive hatte Daniels getötet, als Simmons entkam, und bewohnt nun seinen Körper. Ward attackiert Coulson, als dieser von Fitz abgelenkt ist, aber Coulson nutzt seine Prothesenhand, um Ward zu töten, während Fitz eine Fackel verwendet, um Daniels' Körper zu zerstören.
Fitz und Coulson kehren zur Erde zurück, doch Hive ist heimlich ebenfalls dabei, nun in Wards Körper.
Die S.H.I.E.L.D.-Agenten kommen in Bogotá an, um eine Inhuman namens Elena Rodriguez zu untersuchen, die Waffen von der Polizei gestohlen hat. Trotz ihrer Supergeschwindigkeit, die sie nach einem Herzschlag an ihren Ausgangspunkt zurückbringt, wird sie gefasst. Sie gibt zu, die Waffen zerstört zu haben, um deren Missbrauch durch korrupte Polizisten zu verhindern.
Coulson nutzt eine Maschine, die seine Erinnerungen wiederherstellen kann, um den inzwischen im vegetativen Zustand befindlichen Strucker zu befragen. Dieser Zustand entstand durch die brutale Behandlung durch Malicks Männer. Mittels des Telefons, das Coulson bei seiner Untersuchung findet, kann er viele von Malicks Einrichtungen aufspüren, die umgehend geschlossen werden.
Die Polizei entführt indes Morse und Hunter und nutzt ihren eigenen Inhuman, Lucio. Lucio hat die Fähigkeit, Menschen durch Augenkontakt vorübergehend zu versteinern. Rodriguez arbeitet mit S.H.I.E.L.D. zusammen, um das Paar zu retten. Obwohl Lucio von Hydra gefangen genommen wird, erklärt sich Rodriguez bereit, den Secret Warriors beizutreten. Sie bleibt jedoch in Kolumbien und ist auf Abruf verfügbar.
Ellis informiert Coulson darüber, dass der neue Leiter der ATCU Glenn Talbot sein wird, der direkt an Coulson berichten soll.
Talbot und Coulson treffen sich mit Vertretern mehrerer Länder, um über Inhumans zu sprechen. Dabei wird er von Carl Creel begleitet, ein Mensch, der dank Hydra-Experimenten die Terrigenese überlebte. Simmons glaubt, dass sein Blut verwendet werden könnte, um Inhumans vor ihrer Verwandlung zu heilen.
Coulson vermutet, dass einer der Delegierten ein Insider für Malick ist. Deshalb schickt er Hunter, Morse und May, um herauszufinden, wer es sein könnte. Hunter beobachtet Creel und entdeckt, dass Talbots Sohn im ATCU unter Stasis steht. Sie finden außerdem heraus, dass die australische Regierung einen Inhuman namens Eden Fesi für Experimente gefangen hält.
Malick tritt auf die Bühne und überzeugt die Delegierten, dass Coulson ein Hydra-Agent ist. Er schlägt vor, dass sie ihr geplantes Inhuman-Schutzgebiet mit ihm umsetzen sollen. Währenddessen rettet May Talbots Sohn, was Talbot die Angst um seine Familie nimmt und ihm erlaubt, mit Coulson zu fliehen.
Hunter und Morse folgen Malick nach Russland. S.H.I.E.L.D.-Agenten befreien Fesi, und Hive bringt Ward zu voller Stärke zurück, indem er mehrere Menschen opfert.
Hunter und Morse verfolgen Malick zu einer stillgelegten Anlage in Sibirien. Dort möchte der russische Delegierte Anton Petrov ein Schutzgebiet errichten, was jedoch gegen den Willen des russischen Premierministers Dimitri Olshenko verstößt. Olshenko schickt seinen Attaché, um das Projekt zu stoppen, doch dieser wird vom gegnerischen Minister und Unmenschen General Androvich, dessen Schatten aus der dunklen Kraft besteht, ermordet.
Malick schlägt vor, den Premierminister zur Anlage einzuladen und Androvich auf ihn loszulassen. Hunter tötet Petrov, um Olshenko zu schützen, und Morse vernichtet Androvich, indem sie seinen Schatten zerstört. Olshenko, der nichts von dem Anschlag auf sein Leben weiß, lässt die beiden verhaften.
Ein Interpol-Verhörer droht, sie an die Russen zur Hinrichtung auszuliefern, falls sie nicht bestätigen, dass S.H.I.E.L.D. noch existiert. Doch Morse und Hunter verweigern die Aussage. Ellis und Coulson greifen ein und retten die beiden unter der Bedingung, dass sie nie wieder für die US-Regierung arbeiten.
Morse und Hunter stehen vor der Wahl, im Geheimen außerhalb des Einsatzfeldes zu arbeiten, entscheiden sich aber stattdessen dafür, S.H.I.E.L.D. zu verlassen.
Mack, der unter dem Abschied von Morse und Hunter leidet, nimmt sich eine Auszeit, um bei seinem Bruder Ruben zu sein. Eine Online-Hassgruppe namens Watchdogs verübt mit von Howard Stark entwickelten Nitramen-Bomben einen Terroranschlag auf eine ATCU-Einrichtung. Coulson vermutet, dass der ehemalige S.H.I.E.L.D.-Agent Felix Blake, der sich der Weiterentwicklung dieser Technologie verschrieben hat und seit einem Angriff durch Deathlok als vermisst gilt, die Gruppe übernommen hat.
Ruben ist enttäuscht von Mack, als dieser sich aufmacht, um eine Watchdog-Basis zu untersuchen, und dabei versehentlich seine S.H.I.E.L.D.-Agentenidentität preisgibt. Doch Mack kann ihre Beziehung verbessern, indem er eine Gruppe der Terroristen, die sie angreifen, abwehrt. Coulson nimmt Campbell mit, um Blakes bekannte Verstecke zu durchsuchen. Dabei begegnen sie Blake in einem der Verstecke, allerdings nur als Hologramm. Blake enthüllt, dass Hydra ihn und die Watchdogs unterstützt, um alle Inhumans zu töten. S.H.I.E.L.D. erkennt schließlich, dass der Anschlag nur eine Tarnung war, um Hydra die Möglichkeit zu geben, etwas von der ATCU zu stehlen.
S.H.I.E.L.D. erhält einen Notruf über Daisy und entdeckt dabei den Anrufer, dem der Inhuman Charles Hinton eine Vision seines eigenen Todes gezeigt hat. Bevor der Anrufer von Hydra ermordet wird, kann er noch Daisys Namen nennen. Hydra nimmt Hinton gefangen. Daisy schafft es, Hinton zu berühren und erhält dadurch eine Vision seines Todes. Hive verspricht Malick belohnende "wahre Macht" für die Unterstützung beim Senden von Ward durch das Portal. Sie nutzen Hinton, um ein mächtiges Exoskelett von einer privaten Firma zu besorgen.
Entschlossen, das Schicksal zu ändern, versucht S.H.I.E.L.D., Daisy's Vision zu verhindern. Statt Daisy wird May geschickt, um Hinton zu finden. Im letzten Moment erscheint Garner, um sich von May zu verabschieden, bevor er sich endgültig in Lash verwandelt. Daisy begibt sich zur Firma, wo S.H.I.E.L.D. Hydra und Hinton aufgespürt hat, und trifft dort auf Malick und sein Exoskelett.
Hinton lenkt Malick ab und rettet Daisy, wodurch beide neue Visionen erhalten—Daisy sieht, wie ein S.H.I.E.L.D.-Agent im All stirbt. Kurz darauf stirbt Hinton selbst.
Wilfred Malick verstarb 1970 und hinterließ seine Söhne Gideon und Nathaniel, die nun die "religiöse" Seite von Hydra führen sollten. Ein Teil ihrer Aufgabe bestand darin, regelmäßig ein zufällig ausgewähltes Mitglied aus dem inneren Kreis von Hydra als Opfer, den sogenannten "Reisenden", durch ein Portal zu schicken. Dieser Reisende wurde dann von Hive übernommen, bis er zurückkehrte. Gideon entdeckte, dass ihr Vater einen Trick benutzte, um nie selbst ausgewählt zu werden, und wandte denselben Trick an. So fiel die Wahl auf Nathaniel.
In der Gegenwart berichtet Gideon seiner Tochter Stephanie von einer Vision, in der er seinen eigenen Tod durch die Hand von Hive gesehen hat. Währenddessen spüren Daisy und Campbell J.T. James auf, einen Inhuman, der noch nicht seine Kräfte erlangt hat, aber Wissen über Hive besitzt. Er überreicht ihnen ein altes Kree-Gerät.
S.H.I.E.L.D. gelingt es, Giyera, Gideons rechten Handlanger und ein loyaler Anhänger von Hive, gefangen zu nehmen. Giyera, ein telekinetischer Inhuman, übernimmt jedoch die Kontrolle über ihr Flugzeug und fliegt es zu einer Hydra-Basis, wobei die meisten S.H.I.E.L.D.-Mitglieder als Gefangene an Bord sind.
Hive kommt zum Haus der Malicks und offenbart Gideon, dass er die Erinnerungen von Nathaniel besitzt. Zur Strafe für Gideons Verrat an Nathaniel, tötet Hive Stephanie vor den Augen ihres Vaters.
Daisy und Campbell schließen sich mit Gutierrez und Rodriguez zusammen, um als Secret Warriors die Hydra-Basis zu infiltrieren und S.H.I.E.L.D. zu befreien. Während dieser Operation tötet Gutierrez Lucio, und Campbell nimmt Malick gefangen. Bei Verhören erklärt Malick Coulson, dass Hive die Gedanken der Inhumans infizieren kann und warnt ihn davor, den Secret Warriors zu vertrauen. Simmons bestätigt durch eine Autopsie an Lucio, dass Hive bereits dessen Gehirn mit Parasiten infiziert hatte. Das gleiche könnte jedem der Secret Warriors passiert sein.
Als Malick tot aufgefunden wird, bringen die menschlichen Agenten die Inhumans in Quarantäne und durchsuchen ihre Besitztümer. Dabei finden sie das Kree-Gerät in Campbells Besitz, obwohl es eigentlich im sicheren Gewahrsam sein sollte. Campbell protestiert zwar, aber die anderen drei werden freigelassen.
In derselben Nacht besucht Daisy Campbell und bietet ihm an, ihn zu befreien. Campbell lehnt ab, als ihm klar wird, dass Hive Daisy kontrolliert und sie benutzt hat, um Malick zu ermorden und Campbell die Schuld in die Schuhe zu schieben. Daisy verlässt daraufhin alleine und verursacht ein Erdbeben, das die S.H.I.E.L.D.-Basis zerstört, während sich alle darin befinden.
Nachdem sie die Basis weitgehend unversehrt verlassen haben, erkennt S.H.I.E.L.D., dass Daisy sie hätte alle töten können. Dennoch glauben sie, dass es Hoffnung gibt, Daisy aus Hives Kontrolle zu befreien. Fitz und Simmons wenden sich an den Transhumanisten Holden Radcliffe, der an die Verbesserung der Menschheit durch technische Aufrüstung glaubt. Seine Studien über Parasiten könnten helfen, Hives Fähigkeiten zu neutralisieren.
Hive wendet sich an Alisha Whitley, eine Inhuman-Verbündete von S.H.I.E.L.D., die sich duplizieren kann, und an James, dem er zuerst Terrigen gibt, mit dem er Objekte in Brand setzen kann. Er rekrutiert sie für seine Sache und unterbricht mit dieser neuen Armee Fitz und Simmons. Daisy warnt Fitz vor ihrer Vision, und Hives Erinnerungen an Daniels veranlassen Simmons, ihr romantisches Leben weiterzuführen. Die anderen entführen Radcliffe und bringen ihn in eine Stadt, die Hive mit Malicks restlichem Vermögen gekauft hat. Dort plant er, die ursprünglichen Kree-Experimente, die die ersten Inhumans erschufen, nachzubilden.
Talbot und die ATCU nutzen Malicks letzte Informationen, um Hydras verbleibende Infrastruktur vollständig zu zerschlagen. Schließlich erfüllen Fitz und Simmons ihre Beziehung.
Radcliffes erster Versuch, Menschen in Inhumans zu verwandeln, scheitert, da er Kree-Blut benötigt. Fitz und Simmons versuchen, ihre mögliche Inhuman-Heilung mit Radcliffes Forschung zu kombinieren, benötigen jedoch einen Inhuman-Testprobanden. Campbell meldet sich freiwillig und gefährdet dabei sein Immunsystem erheblich. Es scheint, dass die Heilung die Verbindung der Inhumans zu Hive nicht lösen kann.
S.H.I.E.L.D. findet Hives Stadt und Mack und May führen ein Team an, um die anderen zu befreien, indem sie Hive töten. Hive aktiviert jedoch das Kree-Artefakt, einen Sender, der zwei Kree-Reaper in die Stadt ruft. Diese töten sofort Whitley. Daisy und Hive konfrontieren jeweils einen der Reaper. Daisy beginnt, das Blut ihres Gegners zu gewinnen, bis Mack den Prozess sabotiert. Hive bemerkt dies nicht und zerstört den anderen Reaper.
Daisy attackiert Mack und verletzt ihn beinahe tödlich, wird aber von May unterbrochen, die Mack zur Flucht mit dem Rest des Teams verhilft. Daisy bietet daraufhin ihr eigenes Blut für Radcliffes Experiment an, da es kürzlich mit Kree-Blut angereichert wurde.
Nach der Unterzeichnung der Sokovia Accords besprechen Talbot und Coulson die Registrierung der Inhuman-Agenten. Coulson führt Talbot zur S.H.I.E.L.D.-Basis, um ihm Rodriguez und Lash vorzustellen, die Situation mit Hive zu erklären und die Notwendigkeit zu betonen, die Identität der Secret Warriors anonym zu halten.
Hive hat mehrere Mitglieder der Watchdogs ergriffen und sie für Radcliffes nächstes Experiment genutzt. Diese Menschen wurden entsetzlich in primitive Inhumans verwandelt, die unter Hives Einfluss stehen. Dies spornt Hive an, seinen Plan fortzusetzen: einen Sprengkopf, den er von der ATCU gestohlen hat, zu nutzen, um Radcliffes neues Pathogen weltweit zu verbreiten und alle Menschen in diese Primitiven zu verwandeln.
Unterdessen kontaktiert Campbell Daisy und überzeugt sie davon, dass er bei ihr sein möchte. Während ihr Blut abgezapft wird, hackt Daisy in S.H.I.E.L.D.s Systeme und hilft ihm, aus der Basis zu entkommen, indem sie ihm einen quinjet zur Verfügung stellt. Doch dies war eine Finte von S.H.I.E.L.D., und statt Campbell erscheint Lash. Mit seinen Fähigkeiten befreit Lash Daisy von Hives Einfluss, wird jedoch von James getötet. Daisy kehrt daraufhin zu S.H.I.E.L.D. zurück.
S.H.I.E.L.D. hält Daisy in Abschirmung, da sie nach dem Verlust ihrer Verbindung zu Hive Entzugserscheinungen zeigt. Ihre Informationen helfen jedoch, den Stützpunkt zu finden, von dem Hive versucht, den Sprengkopf zu starten. Dank Talbots militärischer Kontakte gelingt es S.H.I.E.L.D., die Rakete zu deaktivieren. Ein Agententeam dringt in die Basis ein, nimmt Hive gefangen und bringt Radcliffe in Sicherheit. Radcliffe erklärt sich zur Zusammenarbeit bereit und enthüllt, dass der Primitive-Prozess unumkehrbar ist.
Währenddessen stehlen Giyera und James den Sprengkopf. Während S.H.I.E.L.D. nach dem Sprengkopf sucht, schleusen die beiden eine Bombe in den S.H.I.E.L.D.-Hangar ein und zünden sie, was einen Teil von Radcliffes Pathogen freisetzt. Mehrere S.H.I.E.L.D.-Agenten verwandeln sich in Primitives, wodurch Hive aus seiner Abschirmung befreit wird. Er stiehlt daraufhin Zephyr One, das Luftfahrzeug von S.H.I.E.L.D., das den Sprengkopf hoch genug bringen kann, damit das Pathogen einen großen Teil der Menschheit verwandelt.
Daisy kann entkommen und stellt sich Hive, wobei sie ihn anfleht, sich wieder mit ihr zu verbinden.
Hive erkennt, dass Lash Daisy gegen seinen Einfluss immun gemacht hat. Deshalb überwältigt und entführt er sie. Giyera und James bringen ihm den Sprengkopf, während viele der Primitives bleiben, um den Rest von S.H.I.E.L.D. zu töten. May und Fitz dringen in ''Zephyr One'' ein und befreien Daisy. Fitz tötet Giyera, während Coulson und die anderen den Primitives entkommen und in einem Quinjet in ''Zephyr One'' gelangen. Coulson plant, den Sprengkopf in den Weltraum zu schicken, damit er dort sicher detoniert. Daisy glaubt, dass sie mitgehen muss, um ihre Taten unter dem Einfluss von Hive wiedergutzumachen und ihre Vision zu erfüllen. Sie steigt in das Quinjet ein und wird dort von Hive konfrontiert, doch Campbell wirft sie heraus und zerstört die manuellen Steuerungen des Jets. Der Jet steigt in den Weltraum auf, wo der Sprengkopf detoniert und sowohl ihn als auch Hive tötet, wodurch Daisys Vision erfüllt wird.
Sechs Monate später hat Daisy S.H.I.E.L.D. verlassen und arbeitet als die Vigilantin "Quake". Sie entzieht sich Coulson, der nicht mehr Direktor von S.H.I.E.L.D. ist. Radcliffe lädt seine künstliche Intelligenz AIDA in einen Life Model Decoy hoch.
