Im Jahr 1945 führt Agentin Peggy Carter zusammen mit dem Strategic Scientific Reserve (S.S.R.) einen Überfall auf die letzte bekannte Hydra-Basis, die von Werner Reinhardt geleitet wird, durch. Dabei konfiszieren sie viele Gegenstände, darunter den Obelisk und einen blauen Körper.
In der Gegenwart überwacht Phil Coulsons Team ein Geschäft rund um den Obelisk. Dieses läuft schief, als Carl Creel den Ex-S.H.I.E.L.D.-Agenten, der die Informationen anbietet, tötet und mit dem Obelisk flieht. Agent Skye verhört Grant Ward und erfährt, dass Hydra Kommunikationskanäle benutzt, die von S.H.I.E.L.D. nicht überwacht werden. Das Team erkennt, dass General Glenn Talbot in Gefahr ist, und eilt ihm zu Hilfe, bevor sie ihn selbst entführen und ihn nutzen, um in eine militärische Einrichtung einzubrechen, die voller beschlagnahmter S.H.I.E.L.D.-Gegenstände ist.
Agentin Isabelle Hartley findet den Obelisk, während Skye und Agent Antoine Triplett einen Tarn-Quinjet stehlen. Lance Hunter verlässt mit seinem von S.H.I.E.L.D. angeheuerten Söldnerteam die Basis, wird jedoch von Creel überfallen, wobei Hartley ums Leben kommt. Creel stiehlt den Obelisk für einen anscheinend nicht gealterten Reinhardt, der nun unter dem Namen Daniel Whitehall bekannt ist.
