- Franchise
Im Jahr 1945 führt Agentin Peggy Carter zusammen mit dem Strategic Scientific Reserve (S.S.R.) einen Überfall auf die letzte bekannte Hydra-Basis, die von Werner Reinhardt geleitet wird, durch. Dabei konfiszieren sie viele Gegenstände, darunter den Obelisk und einen blauen Körper.
In der Gegenwart überwacht Phil Coulsons Team ein Geschäft rund um den Obelisk. Dieses läuft schief, als Carl Creel den Ex-S.H.I.E.L.D.-Agenten, der die Informationen anbietet, tötet und mit dem Obelisk flieht. Agent Skye verhört Grant Ward und erfährt, dass Hydra Kommunikationskanäle benutzt, die von S.H.I.E.L.D. nicht überwacht werden. Das Team erkennt, dass General Glenn Talbot in Gefahr ist, und eilt ihm zu Hilfe, bevor sie ihn selbst entführen und ihn nutzen, um in eine militärische Einrichtung einzubrechen, die voller beschlagnahmter S.H.I.E.L.D.-Gegenstände ist.
Agentin Isabelle Hartley findet den Obelisk, während Skye und Agent Antoine Triplett einen Tarn-Quinjet stehlen. Lance Hunter verlässt mit seinem von S.H.I.E.L.D. angeheuerten Söldnerteam die Basis, wird jedoch von Creel überfallen, wobei Hartley ums Leben kommt. Creel stiehlt den Obelisk für einen anscheinend nicht gealterten Reinhardt, der nun unter dem Namen Daniel Whitehall bekannt ist.
Nachdem Creel das Obelisk gestohlen hat, wird Hunter von Talbots Männern gefangen genommen. Creel absorbiert die Eigenschaften des Obelisk und tötet versehentlich eine Kellnerin in einer Bar. Später trifft er auf Raina, lehnt aber ihr Hilfsangebot ab. Talbot versucht Hunter zu überzeugen, für ihn zu arbeiten, und lässt ihn frei. Hunter kehrt jedoch zurück zu S.H.I.E.L.D., mit dem Wunsch, sich für seine gefallenen Freunde zu rächen.
Agent Leo Fitz und der Mechaniker Agent Alphonso Mackenzie können eine Waffe bauen, die Creel außer Gefecht setzen kann. Das Team beobachtet Creel, wie er einen Deal mit Sunil Bakshi, Whitehalls Stellvertreter, macht. Hunter entwaffnet die anderen Agenten und versucht, Creel selbst zu töten. Doch Creel besiegt ihn leicht. Als Creel kurz davor ist, Hunter zu töten, schaltet Coulson Creel mit der neuen Waffe aus.
Anschließend bittet Coulson Hunter, bei S.H.I.E.L.D. zu bleiben und zu helfen. Er informiert Talbot, dass er seine Zeit verschwendet, indem er S.H.I.E.L.D. verfolgt, und übergibt Creel an ihn. Später wird gezeigt, dass das Obelisk nun in Rainas und Calvins Johnsons Besitz ist—Calvin ist Skye's Vater. Er bittet Raina, seine Tochter zu finden.
Coulson erfährt von Agent Jemma Simmons, die undercover bei Hydra arbeitet, dass Hydra plant, Donnie Gill zu rekrutieren. Ward erklärt Skye, dass Hydra vielversprechende Rekruten wie Creel einer Gehirnwäsche unterzieht. S.H.I.E.L.D. spürt Gill auf einem Hydra-Schiff in Marokko auf, während Hydra Simmons mit einem Team schickt, um Gill zu finden. Dies soll ihre Loyalität beweisen. Fitz teilt Ward mit, dass Gill das Ziel ist, und Ward warnt, dass Gill bereits ein Hydra-Vermögen war und dass Hydra versuchen würde, seine Gehirnwäsche wieder zu aktivieren.
Agent Melinda May, die von Simmons' Mission weiß, ermöglicht es Simmons und Gill zu entkommen, um Simmons' Tarnung aufrechtzuerhalten. Hydra schafft es, Gills Gehirnwäsche erneut zu aktivieren, sodass Skye ihn schließlich anschießt. Gill fällt ins Wasser und friert ein, aber die Regierungskräfte können seine Leiche später nicht finden.
Whitehall entscheidet, Simmons trotz ihres Scheiterns bei der Bergung von Gill zu befördern. Ward teilt Skye mit, dass ihr Vater noch lebt und bietet an, sie zu ihm zu bringen.
Coulson und May gehen undercover auf eine Wohltätigkeitsveranstaltung, um ein Gemälde zu sichern, das mit außerirdischen Symbolen versehen ist. Dort treffen sie auf Talbot, der das Gemälde bereits beansprucht hat, und er bittet darum, Coulson privat zu sprechen. Coulson schickt May voraus, um die Lage zu erkunden. Sie entdeckt im Hotelzimmer von Talbot die gehirngewaschene S.H.I.E.L.D.-Agentin Kara Palamas (auch bekannt als Agent 33) und erkennt, dass der Talbot auf der Party in Wirklichkeit Bakshi in Verkleidung ist. Bakshi foltert May, während sich Agent 33 als May verkleidet, um Coulson zu treffen und die "Bus" zu sabotieren.
Coulson bemerkt wegen Unstimmigkeiten im Verhalten von "May", dass sie eine Fälschung ist. Er rettet die echte May, die daraufhin Agent 33 besiegt. Währenddessen arbeiten Fitz und Hunter zusammen, um die "Bus" vor einem Computervirus von Hydra zu schützen, was Fitz die Möglichkeit gibt, sich nach seinen schweren Verletzungen wieder ins Team zu integrieren. Obwohl Bakshi entkommt, kann S.H.I.E.L.D. das Gemälde sichern und verschweigt dessen Existenz vor dem echten Talbot.
Später wird Raina von Whitehall konfrontiert, der ihr befiehlt, den Obelisken an Hydra zu übergeben, ansonsten würde sie den Tod erwarten.
Raina fleht Skye's Vater an, ihr den Obelisken zu geben. Dieser wird jedoch wütend, weil sie Skye nicht liefert, und tötet zwei Männer, an denen er gerade eine Operation durchführt. Raina entdeckt Simmons' Tarnung und versucht, Coulson zu erpressen: Sie wird Simmons' Identität nicht vor Hydra enthüllen, wenn sie Skye zu ihrem Vater bringen darf. Coulson lehnt das Angebot ab, und Simmons' Identität wird enthüllt. Allerdings wird sie von Bobbi Morse, einer weiteren Undercover-S.H.I.E.L.D.-Agentin und Hydras Sicherheitschefin, gerettet.
Coulson markiert Raina, um sie zu verfolgen, und findet so den Standort von Skye's Vater heraus. Im verlassenen Versteck entdecken das Team die Leichen der Männer, die er ermordet hat. Er sieht durch versteckte Kameras, dass Skye ihn für ein Monster hält. Später zeigt Coulson Skye die fremdartigen Symbole, die er zwanghaft schnitzt. Skye glaubt, dass es sich dabei um eine Karte handelt. Fitz und Simmons werden wiedervereint, während Morse, Hunters Ex-Frau, dem Team beitritt.
Skye's Vater liefert den Obelisken persönlich an Whitehall und bietet an, sich Hydra anzuschließen.
Während einer Sitzung der Vereinten Nationen über S.H.I.E.L.D. greifen Hydra-Agenten, die sich als S.H.I.E.L.D.-Agenten ausgeben, an und töten mehrere Vertreter der Welt. Senator Christian Ward, der Bruder von Grant Ward, nutzt diesen Vorfall, um eine internationale Anti-S.H.I.E.L.D.-Initiative vorzuschlagen. Coulson trifft sich mit Christian, um eine win-win-Lösung zu finden, während Skye Grant über Christian ausfragt. Grant erklärt Skye, dass Christian ein Meister der Manipulation ist. Christian wiederum sagt Coulson, dass dies eine Lüge sei. Beide S.H.I.E.L.D.-Agenten versuchen herauszufinden, welcher der Ward-Brüder die Wahrheit sagt.
Christian und Coulson einigen sich darauf, den Vorschlag der Anti-S.H.I.E.L.D.-Initiative fallen zu lassen. Im Gegenzug soll Grant an Christian übergeben werden, damit er vor Gericht gestellt wird. Doch Grant flieht während des Transfers. May leitet ein Team gegen die Hydra-Agenten, die den Angriff auf die UN durchgeführt haben. Sie fangen mehrere der Agenten und übergeben sie an Talbot. Talbot beginnt, Coulsons Mission zu unterstützen und spricht sein Beileid für die gefallenen S.H.I.E.L.D.-Agenten aus.
Seit Coulson von S.H.I.E.L.D. mithilfe von Project T.A.H.I.T.I. und dem experimentellen Medikament GH-325 wiederbelebt wurde – einer Substanz, die aus dem Alien-Leichnam gewonnen wurde, den Carter in Whitehalls Besitz fand – hat er zwanghaft Alien-Symbole in verschiedene Oberflächen geschnitzt. Als eine frühere S.H.I.E.L.D.-Agentin und T.A.H.I.T.I.-Patientin getötet wird und ihr Körper mit den Symbolen verziert ist (von einem ehemaligen Agenten, der zuvor das Gemälde geschnitzt hatte), nutzt Coulson Hydras Erinnerungsmaschine, um andere Patienten zu finden, die das Medikament erhalten haben.
Er verfolgt die verbleibenden Patienten, um die Quelle des Wahnsinns zu entdecken. Schließlich erkennt er, dass die Schnitzereien tatsächlich ein 3D-Diagramm einer Stadt darstellen, zu der die Alien-Wirtszelle des GH-325 offenbar wollte. Als er das vollständige Design sieht, verspürt er nicht länger den Drang zu schnitzen. Doch da auch Hydra auf der Suche nach der Stadt ist, macht Coulson es zur obersten Priorität für S.H.I.E.L.D., die Stadt zuerst zu finden.
In der Zwischenzeit versucht das Team, Ward zu fassen, der Hydra verrät, indem er Bakshi gefangen nimmt und ihn S.H.I.E.L.D. überlässt. Danach bereitet er sich darauf vor, seinen Bruder zu treffen.
Bakshi verrät Morse versehentlich, dass Whitehall eigentlich Reinhardt ist, ein Nazi-Wissenschaftler, der am Obelisk forschte, bevor er 1945 von der S.S.R. gefangen genommen und von Carter lebenslang eingesperrt wurde. Im Jahr 1989 wird Reinhardt von Alexander Pierce aus dem Gefängnis entlassen und stellt fest, dass eine Frau, die er 1945 entdeckt hatte, immer noch genauso jung aussieht. Reinhardt seziert sie und entdeckt das Geheimnis ihrer Unsterblichkeit. Er nutzt dieses Wissen, um sich selbst um 44 Jahre zu verjüngen. "Der Doktor" findet die Überreste der Frau, die seine Frau war, und schwört Rache an Whitehall, mit dem er sich jetzt verbündet hat.
Auch Grant Ward schließt sich Whitehall an, nachdem er seinen Bruder Christian gefoltert hat, um seine Sünden zu gestehen. Anschließend tötet er anscheinend Christian und ihre Eltern. S.H.I.E.L.D. hackt einen Satelliten der United States Air Force und nutzt ihn, um die verborgene Stadt zu finden. Coulson trifft auf "den Doktor", der weiß, dass der Obelisk, auch bekannt als der Diviner, ein Schlüssel ist, der von jemandem, den er als würdig erachtet, in die Stadt gebracht werden muss.
Das Team teilt sich auf: Coulson und Morse führen eine Gruppe an, um die verborgene Stadt unter San Juan, Puerto Rico zu suchen, während May, Skye und Hunter nach Vancouver reisen, um den Agents Sam Koenig|Sam und Billy Koenig zu helfen, Raina vor einem Hydra-Entführungsversuch zu retten. Raina offenbart Skye, dass sie beide zu den "Würdigen" gehören, die den Tempel in der Stadt betreten können, und dass alle anderen dabei sterben würden. Sie erklärt auch, dass die Stadt und der Diviner von den Kree erschaffen wurden. Skye versucht, das Hauptteam zu warnen, doch Whitehall blockiert ihre Kommunikation, und Ward betritt die ''Bus'', um Raina mitzunehmen. Er nimmt auch Skye mit, verspricht sie zu ihrem Vater zu bringen und lässt im Gegenzug die anderen frei. Mack hat bereits die Stadt betreten, was ihm große Schmerzen bereitet und ihn zwingt, die anderen anzugreifen, bis er von Morse überwältigt wird und in einen tiefen Schacht fällt. Whitehall, überrascht zu erfahren, dass Ward Skye mitgenommen und den ''Bus'' nicht wie befohlen zerstört hat, erteilt Agent 33 (die immer noch Mays Gesicht, aber nun entstellt ist) den Befehl, dies zu tun.
May entkommt Hydras Versuch, den "Bus" abzuschießen. Ward bringt Skye zu ihrem Vater Cal, der ihr erklärt, dass ihr richtiger Name Daisy ist und dass Whitehall ihre Mutter getötet hat. Bei der Hydra-Basis in San Juan, wo sie in den Tempel bohren, immobilisiert Whitehall Cal und bedroht Skye, wird jedoch unterbrochen, als Coulsons Team die Basis angreift. Coulson tötet Whitehall und nimmt Cal damit die Chance auf Rache, was Cal dazu bringt, Coulson anzugreifen. Skye schießt auf Ward und zwingt Cal, zu gehen, bevor sie Raina und dem Diviner in den Tempel folgt. Agent 33 unterstützt Ward bei der Flucht. Coulson und Triplett eilen zum Tempel, wobei es Triplett gelingt, hineinzugelangen, während Coulson von Mack aufgehalten wird. Mack befreit sich kurz darauf von der Kontrolle der Stadt, als sich der Tempel schließt und der Diviner einen großen Kristall offenbart. Skye und Raina werden in Kokons eingeschlossen, während Triplett vom Diviner getötet wird. Skye bricht aus ihrem Kokon hervor, als ein Erdbeben die Stadt erschüttert. Anderswo enthüllt ein weiterer Diviner einem Mann ohne Augen, dass "es jemanden Neuen gibt".
Nach Tripletts Tod sucht Coulson nach einem Weg, Hydra zu schaden. Hydra überlegt derweil, Bakshi als Whitehalls Nachfolger in eine Führungsposition zu bringen. S.H.I.E.L.D. setzt einen Plan um, bei dem Bakshi entkommt und sie zu anderen hochrangigen Hydra-Agenten führt, die anschließend getötet werden.
In San Juan wird die außerirdische Stadt überflutet, doch Raina entkommt, nachdem sie sich in eine monströse Gestalt verwandelt hat. Cal wendet sich von ihr ab und erinnert sie daran, dass sie das bekommen hat, was sie wollte. Raina versucht, Selbstmord zu begehen, doch Gordon, der Mann ohne Augen, rettet sie und teleportiert sie weg.
Fitz und Skye entdecken, dass auch Skye sich verändert hat – sie verursachte das Erdbeben in San Juan, hat aber keine Kontrolle über ihre Fähigkeit. Fitz verspricht, ihr Geheimnis zu bewahren und verschweigt der restlichen Mannschaft die Wahrheit.
Unterdessen scannt ein von Mack gebautes Modellauto Coulsons Büro und entdeckt den "Werkzeugkasten", den der frühere S.H.I.E.L.D.-Direktor Nick Fury ihm übergeben hat. Mack, der die Pläne der S.H.I.E.L.D.-Basis studiert hat, meldet dies heimlich an Morse.
S.H.I.E.L.D. wird gerufen, um einer amnesischen Sif zu helfen. Zuletzt war sie im Kampf mit einem unglaublich starken Mann gesehen worden und suchte nach etwas namens "Kava". Bald entdecken sie, dass Kava der Ort ist, an dem Whitehall den Diviner gefunden hatte. Dort fangen sie den Mann und er hilft Sif, ihre Erinnerungen wiederzuerlangen. Er stellt sich als Kree namens Vin-Tak vor und erklärt, dass er gekommen ist, um alle Diviner zu zerstören und jeden zu töten, der von den Terrigen-Kristallen betroffen ist.
Als Skye ihre Fähigkeiten offenbart, versuchen Sif und Vin-Tak, sie zu fangen bzw. zu töten. Doch Morse löscht Vin-Taks Erinnerungen mit seiner Waffe, während Coulson Sif überzeugt, Skye in Ruhe zu lassen. Sif kehrt mit Vin-Tak auf seinen Planeten zurück und warnt Coulson, dass die Kree kein Problem mehr sein sollten, aber Skye könnte gefährlicher sein, als er denkt.
Unterdessen versucht Morse, ihre erneute Beziehung mit Hunter zu beenden, weil Mack sie warnt, dass Hunter zu nahe kommt. Hunter konfrontiert Mack daraufhin wütend, verdächtigt ihn und Morse, etwas zu verbergen, und zwingt Mack dazu, ihn bewusstlos zu schlagen.
Cal rekrutiert gefährliche Individuen aus dem begabten Index von S.H.I.E.L.D., um seine persönliche Vendetta zu verfolgen. Coulson und Morse gehen dem nach und führen die Untersuchungen nach Manitowoc, Wisconsin, der Heimatstadt von Coulson, wo die Kriminellen das örtliche Schulstadion besetzt haben. May bittet ihren Ex-Mann, den Psychoanalytiker Dr. Andrew Garner, um Hilfe. Er soll mit Skye arbeiten, die jetzt selbst auf dem Index steht.
Während eines Gesprächs zwischen Garner und Skye fordert Coulson Verstärkung an. May fliegt mit dem "Bus" nach Manitowoc, wobei Garner und Skye an Bord sind. Am Stadion wird Coulson von Cal konfrontiert, während May eintrifft und blufft, Skye zu töten. In diesem Moment erscheint Gordon und teleportiert Cal weg. Als Coulsons Team Cals Gruppe überwältigt, verursacht Skye Erschütterungen. Sie stoppt dies, indem sie ihre Fähigkeiten nach innen lenkt, was jedoch Haarrisse in ihrem Körper verursacht.
Andernorts versteckt Mack Hunter in einem sicheren Haus, bis sie von einer Organisation, die Mack "das echte S.H.I.E.L.D." nennt, abgeholt werden. Gordon bringt Cal zu seinen Vorgesetzten, die ihn dafür belächeln, dass er Wissenschaft nutzt, um seine Stärke zu erhöhen.
Auf Empfehlung von Garner zieht Coulson Skye vom aktiven Dienst ab und bringt sie in ein sicheres Haus. Dort soll sie mit speziellen Handschuhen lernen, ihre Fähigkeiten zu kontrollieren. Ward und Agent 33 verfolgen den Mann, der die Technologie entwickelt hat, die es Agent 33 ermöglichte, Mays Aussehen anzunehmen. Er repariert ihre Maske, sodass sie wieder jede gewünschte Identität annehmen kann. Mit dieser Tarnung infiltrieren sie Talbots Basis und befreien Bakshi, den S.H.I.E.L.D. als Zeichen des guten Willens übergeben hatte. Von Bakshi erfahren sie Details über Agent 33s Leben vor ihrer Gehirnwäsche, darunter auch ihren Namen: Kara Palamas. Anschließend unterziehen sie Bakshi selbst einer Gehirnwäsche.
Mack stellt Hunter Robert Gonzales und der Führung des "wahren S.H.I.E.L.D." vor, die auf dem Ideal der Transparenz anstatt auf Furys Prinzip der Abschottung basiert. Die Führung sieht Coulson und sein unberechenbares Verhalten als Bedrohung an. Als Hunter fliehen kann, beschließen sie, Coulsons Gruppe sofort anzugreifen.
Gordon sucht Skye auf, um ihr von seinem Zuhause zu erzählen, wo sie sicher ist und ihre Kräfte ohne die Handschuhe von S.H.I.E.L.D. kontrollieren kann. Coulson stellt Mack wegen seines Modellautos und seines Verhaltens zur Rede und kommt dahinter, dass er ein Maulwurf ist. Morse stiehlt das Werkzeug aus Coulsons Büro und übernimmt die Systeme der Basis, wodurch sie und Mack der Gefangennahme entkommen und ihre Fraktion angreifen kann. Diese Organisation wurde nach dem Hydra-Aufstand und dem Fall von S.H.I.E.L.D. gegründet, als Morse, Gonzales, Mack und Hartley Furys Befehle missachteten und Hunderte treue S.H.I.E.L.D.-Agenten retteten.
Gonzales erkannte das gesamte Unheil, das durch Furys Geheimnisse entstanden war, und will nun, dass S.H.I.E.L.D. ohne diese Existiert. Er und seine Kollegen fürchten potenzielle außerirdische und übermenschliche Phänomene, die die Welt bedrohen könnten, einschließlich Skye. Als sie jedoch versuchen, Skye festzunehmen, entfesselt sie versehentlich ihre Fähigkeiten. Erschrocken darüber, was sie anzurichten vermag, stimmt Skye zu, mit Gordon zu gehen. May hilft Coulson bei der Flucht vor Gonzales, und Coulson findet bald darauf Hunter, der sich bereit erklärt, ein ständiger Agent zu werden.
Gordon bringt Skye zu Afterlife, einem Zufluchtsort. Lincoln Campbell erklärt ihr dort, dass die meisten Menschen, die sich verwandeln, ausgewählt und darauf vorbereitet werden. Danach wird ihnen ein Begleiter zugeteilt, um ihre neuen Fähigkeiten zu meistern. Skye's Begleiterin ist Jiaying, die Gründerin von Afterlife, während Gordon sich um Raina kümmert, die immer noch sterben will.
Gonzales bittet Fitz und Simmons, ihm zu helfen, Furys Werkzeugkasten zu öffnen. Fitz weigert sich und beschließt, die S.H.I.E.L.D. zu verlassen, während Simmons zustimmt zu helfen – dies ist jedoch nur ein Trick, damit Fitz den Werkzeugkasten mitnehmen kann.
Coulson und Hunter stehlen mit der Unterstützung von Agent Mike Peterson, der Jagd auf den Hydra-Wissenschaftler Dr. List macht, ein Quinjet von Gonzales' Leuten. Peterson hat entdeckt, dass List Experimente an begabten Menschen durchführt.
Als Peterson auftaucht, befürchtet Gonzales, dass Coulson mehr Superhelden in seinem Team hat, als er dachte. Dennoch glaubt er, dass jeder faire Vertretung verdient, und bittet deshalb May, im Vorstand von S.H.I.E.L.D. mitzuwirken. Coulson erkennt, dass er zur Bekämpfung der neuen Hydra-Bedrohung Grant Ward heranziehen muss.
May, nun verantwortlich für Coulsons Basis, stimmt zu, seine Handlungen zu untersuchen, seit er Direktor wurde. Sie entdeckt, dass Coulson heimlich eine weitere Basis aufgebaut und sich mit Garner beraten hat. Mack vermutet, dass er eine Armee von Begabten aufstellen will.
Skye trainiert mit Jiaying und lernt, ihre Fähigkeiten zu nutzen, um die natürlichen Frequenzen von Objekten zu beeinflussen. Jiaying enthüllt bald, dass sie Skyes Mutter ist. Cal hatte sie wieder zusammengesetzt, ihr Heilungsfaktor brachte sie zurück ins Leben, und sie suchten nach Skye, die von S.H.I.E.L.D. mitgenommen worden war. Doch schließlich erkannte Jiaying, zu welchen Monstern sie und Cal geworden waren, und ließ Cal zurück, um ein neues, friedliches Leben zu beginnen. Ihre Beziehung muss geheim bleiben, da einst ein Gruppenmitglied Terrigen-Kristalle für ihre Tochter stahl. Diese Tochter zwang ihre Mutter, anderen zu schaden, um sich von deren Schmerz zu ernähren. May tötete sie beide, was sie auf Lebenszeit zeichnete.
Jiaying und Skye stimmen jedoch zu, Cal zum Abendessen zu treffen, ein Moment, den Raina anscheinend in einem Traum vorausgesehen hatte. Fitz öffnet die Werkzeugkiste und nutzt sie, um Coulson zu kontaktieren.
Coulson, Hunter, Fitz und Peterson nehmen Ward und Palamas gefangen. Um in Hydra einzudringen, machen sie einen Deal: Wards Gedächtnis wird gelöscht, und er bekommt einen sauberen Neuanfang. Ward nutzt den gehirngewaschenen Bakshi und Peterson, um sich List zu nähern. Sie erfahren, dass List Gordon verfolgt, um ihn zu fangen. Jiaying plant, Cal aus Afterlife zu verbannen. Skye sorgt sich jedoch, dass er Unschuldige verletzen könnte, und begleitet ihn. Sie ruft May um Hilfe an.
Simmons hackt Petersons kybernetisches Auge. Durch den Videofeed erfährt S.H.I.E.L.D., dass Coulson mit Ward zusammenarbeitet. May schickt Bobbi und Mack. Während Cal die Zeit mit Skye genießt, entdecken sie, dass Lincoln sie ausspioniert. Cal durchschaut Jiayings Pläne. Hydra verfolgt Gordons Bewegungen zu Cals Büro und greift an, bevor Cal etwas wegen Lincoln unternehmen kann. Hydra fängt Peterson und Lincoln. Skye wäre fast wieder bei Coulson, aber Gordon bringt sie und Cal weg. Als Bobbi und Mack eintreffen, ergibt sich Coulson ihnen.
Coulson schlägt vor, mit seinem eigenen Team in Lists Basis einzudringen, um Peterson und Lincoln zu befreien. Raina hat eine Vision, in der Skye Lincolns Leben rettet. Daraufhin überreden sie Gordon, Skye zu S.H.I.E.L.D. zu bringen, ohne Jiaying zu informieren. Jiaying erlaubt Cal, in Afterlife zu bleiben, obwohl er versehentlich der Gemeinschaft verrät, dass Skye ihre Tochter ist.
Coulson, May, Skye, Fitz, Simmons und Ward infiltrieren die Hydra-Basis mit Hilfe von Bakshi, der sich innen befindet. Simmons und Ward retten Peterson, aber Simmons versucht, Ward wegen all seiner Vergehen zu töten. Bakshi opfert sich, um Ward zu retten, der daraufhin beschließt, allein zu gehen. Skye schafft es, Lincoln zu retten, während Coulson den Stützpunkt des Hydra-Anführers Baron Wolfgang von Strucker entdeckt. Er gibt den Standort an Maria Hill weiter, damit die Avengers Hydra besiegen können.
Ward lässt Palamas bei S.H.I.E.L.D., in der Hoffnung, dass sie ihr Leben als Agentin zurückgewinnen kann. Unterdessen beginnt Raina, Jiayings Führung in Frage zu stellen, und sieht Visionen von metallenen Männern, die Städte zerstören.
Das S.H.I.E.L.D.-Board ist Coulson dankbar, nachdem Fury Coulsons geheimes Helicarrier benutzt, um während der Schlacht von Sokovia Menschen zu retten. Sie beschließen, ihre Fraktionen zu vereinen, wobei Coulson Direktor bleibt und das Board als Aufsichts- und Beratungsgremium fungiert. Raina hat eine Vision von einer alten Kree-Waffe, die dazu entworfen wurde, die Inhumans zu zerstören - jene, die von den Kree verändert wurden. Gordon nimmt sie mit, um die Waffe zu finden, und sie entdecken sie im Frachtraum von Gonzales' Schiff.
S.H.I.E.L.D. entdeckt die Eindringlinge und nutzt Hydra-Technologie, um sie nach dem Teleportieren zu verfolgen. Dabei finden sie den Standort von Afterlife heraus. Palamas enthüllt Wards wahren Plan, als sie ihm hilft, Morse zu entführen. Gonzales führt eine Delegation nach Afterlife, um Jiaying zu treffen und die Gemeinschaft zu registrieren. Raina sagt einen Krieg voraus, sollte Jiaying sich mit S.H.I.E.L.D. treffen, doch es wird angedeutet, dass sie lügt, um an Macht zu gelangen.
Als Jiaying und Gonzales sich treffen, liefert Jiaying Cal an S.H.I.E.L.D. aus, bevor sie Gonzales tötet und sich selbst anschießt, um einen Krieg mit S.H.I.E.L.D. zu beginnen, anstatt ihre Leute registrieren zu lassen.
S.H.I.E.L.D. durchschaut schnell Jiayings Täuschung, doch die Bewohner von Afterlife, einschließlich Skye, fallen darauf herein und sind bereit, an ihrer Seite zu kämpfen. Währenddessen quält Ward Morse, um sie dazu zu bringen, zuzugeben, dass sie Palamas' Aufenthaltsort an Hydra verraten hat, als sie undercover war. Da Morse zu ihren Handlungen steht, stellt Ward eine Falle, die dazu führen soll, dass ein S.H.I.E.L.D.-Agent, vermutlich Hunter, vor ihren Augen getötet wird.
Im Rahmen von Jiayings Plan nimmt Cal ein von ihm entwickeltes Serum ein, um sich in einen Inhuman mit übermenschlicher Stärke zu verwandeln. Allerdings tötet das Serum ihn auch langsam. Coulson hilft ihm, die Wahrheit zu erkennen: Jiaying ist das wahre Monster. Seit Cal sie nach einem gefährlichen Ereignis wieder zusammengesetzt hat, manipuliert sie ihn, für sie schreckliche Dinge zu tun, einschließlich das Bringen von Menschen, deren Lebensenergie sie aufsaugt, um sich selbst zu heilen und jung zu bleiben.
Raina versucht vergeblich, Skye davon zu überzeugen, dass Jiaying gefährlich ist, und konfrontiert Jiaying selbst. Daraufhin tötet Jiaying Raina. Als Skye dies sieht, wendet sie sich endgültig von Jiaying ab und erkennt die Wahrheit.
Morse wirft sich vor eine Kugel, die für Hunter bestimmt war, und überlebt knapp. Ward tötet versehentlich Palamas, die als May verkleidet war. Die Inhumans nehmen Skye gefangen und greifen das S.H.I.E.L.D.-Schiff an. Sie planen, künstliche Terrigen-Kristalle, die mit Diviner-Metall versetzt sind, zu verwenden, um alle Inhumans zu enthüllen und alle Menschen zu töten.
Mack befreit Skye, die Coulson über Jiayings Plan informiert. Coulson, Fitz und Cal infiltrieren daraufhin das Schiff. Fitz tötet Gordon und verhindert, dass er Terrigen-Dunst durch die Belüftung des Schiffs freisetzt. Coulson verliert jedoch eine Hand, als er versucht, einen der Kristalle am Zerschellen zu hindern.
Skye stellt sich Jiaying entgegen, die versucht, weitere Kristalle mit einem Quinjet über die Welt zu verteilen. Skye stößt das Flugzeug ins Meer, aber Jiaying beginnt, Skyes Lebensenergie zu entziehen. Schließlich tötet Cal Jiaying.
S.H.I.E.L.D. löscht später Cals Erinnerungen, damit er ein neues, friedliches Leben führen kann. Skye schließt sich einem neuen Team von begabten Personen bei S.H.I.E.L.D. an. May nimmt sich eine Auszeit mit Garner, und Ward plant, die Überreste von Hydra gegen S.H.I.E.L.D. zu führen.
Weltweit verbreiten sich Spuren der Kristalle aus dem Ozean. Der Kree-Waffe, auch als Monolith bekannt, verschlingt Simmons.