Skye ist jetzt als Beraterin in Coulsons Team integriert. Ihre nächste Mission führt sie nach Peru, wo sie ein "0-8-4" aufspüren sollen. Dies ist ein S.H.I.E.L.D.-Code für ein Objekt unbekannter Herkunft. Vor Ort stellt das Team schnell fest, dass das Objekt ein altes Hydra-Gerät ist, das von Tesseract-Energie gespeist wird.
Coulson trifft sich mit einer ehemaligen Kollegin und Offizierin des peruanischen Militärs, Camilla Reyes, und bringt sie und ihr Team an Bord ihres Flugzeugs, dem „Bus“. Doch Reyes verrät Coulson, um die Hydra-Waffe für ihre Regierung zu erlangen, damit sie die peruanischen Rebellen besiegen können.
Die anfangs zerstrittenen Teammitglieder arbeiten nun zusammen und überwältigen Reyes' Männer. Als das Flugzeug an einer S.H.I.E.L.D.-Basis landet, wird Reyes in Gewahrsam genommen. Später wird enthüllt, dass Skye weiterhin loyal zur Rising Tide ist, während Direktor Nick Fury Coulson für den Schaden am Flugzeug rügt und ihn vor dem Risiko warnt, das Skye darstellt.
