Nach der Schlacht von New York stellt Agent Phil Coulson, der seinen scheinbaren Tod vor der Schlacht überlebt hat, ein Team von Agenten zusammen. Zu seinem Team gehören Melinda May, Grant Ward, Leo Fitz und Jemma Simmons. Ihre Aufgabe ist es, Supermenschen und andere Phänomene zu untersuchen, die nun der Öffentlichkeit bekannt sind.
Ihr erster Auftrag dreht sich um Mike Peterson. Er bekam von Project Centipede ein Serum mit Extremis. Skye, ein Mitglied der Hackergruppe Rising Tide, sah Peterson in Aktion. Sie warnt ihn vor S.H.I.E.L.D. und bietet ihre Hilfe an, aber er lehnt ab.
Das Team besucht den Ort, an dem Peterson eine Frau aus einem brennenden Gebäude gerettet hat. Sie erfahren, dass das Feuer durch eine andere Person verursacht wurde, die wegen Extremis explodierte. Skye wird von Peterson entführt, der nun auf der Flucht ist. Er zwingt sie, alle seine persönlichen Daten zu löschen.
Coulsons Team schafft es, Peterson und Skye zu finden und ihn zu überwältigen. Sie nehmen Peterson in Gewahrsam von S.H.I.E.L.D. Da Coulson sieht, dass Skye nützlich sein kann, bietet er ihr einen Platz in seinem Team an.
