Marvel's Agents of S.H.I.E.L.D. Staffel 1

Nach der Schlacht von New York stellt Agent Phil Coulson, der seinen scheinbaren Tod vor der Schlacht überlebt hat, ein Team von Agenten zusammen. Zu seinem Team gehören Melinda May, Grant Ward, Leo Fitz und Jemma Simmons. Ihre Aufgabe ist es, Supermenschen und andere Phänomene zu untersuchen, die nun der Öffentlichkeit bekannt sind.

Ihr erster Auftrag dreht sich um Mike Peterson. Er bekam von Project Centipede ein Serum mit Extremis. Skye, ein Mitglied der Hackergruppe Rising Tide, sah Peterson in Aktion. Sie warnt ihn vor S.H.I.E.L.D. und bietet ihre Hilfe an, aber er lehnt ab.

Das Team besucht den Ort, an dem Peterson eine Frau aus einem brennenden Gebäude gerettet hat. Sie erfahren, dass das Feuer durch eine andere Person verursacht wurde, die wegen Extremis explodierte. Skye wird von Peterson entführt, der nun auf der Flucht ist. Er zwingt sie, alle seine persönlichen Daten zu löschen.

Coulsons Team schafft es, Peterson und Skye zu finden und ihn zu überwältigen. Sie nehmen Peterson in Gewahrsam von S.H.I.E.L.D. Da Coulson sieht, dass Skye nützlich sein kann, bietet er ihr einen Platz in seinem Team an.

Skye ist jetzt als Beraterin in Coulsons Team integriert. Ihre nächste Mission führt sie nach Peru, wo sie ein "0-8-4" aufspüren sollen. Dies ist ein S.H.I.E.L.D.-Code für ein Objekt unbekannter Herkunft. Vor Ort stellt das Team schnell fest, dass das Objekt ein altes Hydra-Gerät ist, das von Tesseract-Energie gespeist wird.

Coulson trifft sich mit einer ehemaligen Kollegin und Offizierin des peruanischen Militärs, Camilla Reyes, und bringt sie und ihr Team an Bord ihres Flugzeugs, dem „Bus“. Doch Reyes verrät Coulson, um die Hydra-Waffe für ihre Regierung zu erlangen, damit sie die peruanischen Rebellen besiegen können.

Die anfangs zerstrittenen Teammitglieder arbeiten nun zusammen und überwältigen Reyes' Männer. Als das Flugzeug an einer S.H.I.E.L.D.-Basis landet, wird Reyes in Gewahrsam genommen. Später wird enthüllt, dass Skye weiterhin loyal zur Rising Tide ist, während Direktor Nick Fury Coulson für den Schaden am Flugzeug rügt und ihn vor dem Risiko warnt, das Skye darstellt.

S.H.I.E.L.D. ist auf der Suche nach einem seiner Vermögenswerte, Dr. Franklin Hall, der von Ian Quinn, dem CEO von Quinn Worldwide, entführt wurde. Quinn benutzt ein Gerät, das auf Gravitationskraft basiert. Sein Ziel ist es, Halls Wissen zu nutzen, um die Schwerkraft des Planeten zu kontrollieren, indem er einen riesigen „Gravitonium“-Generator baut. Das Team reist nach Malta, und Skye meldet sich freiwillig, um bei einer Party in Quinns Anwesen einzuschleusen. Währenddessen sollen Coulson und Ward Hall retten.

Skye täuscht vor, sie würde S.H.I.E.L.D. für die Gruppe Rising Tide verraten, um Quinn zu täuschen. Coulson findet jedoch schnell heraus, dass Hall seine eigene Flucht geplant hatte. Hall wollte das Gravitonium und den Generator finden und beide zerstören. Coulson warnt ihn, dass dies Millionen von Menschen töten könnte.

Es kommt zu einer heftigen Auseinandersetzung zwischen Coulson und Hall. Um die Gefahr zu bannen, schickt Coulson Hall in den Generator, was Hall scheinbar verschlingt und gleichzeitig die Maschine abschaltet. Coulson befiehlt, das Gravitonium unter S.H.I.E.L.D.s höchste Sicherheitsvorkehrungen zu stellen und es geheim zu halten. S.H.I.E.L.D. bemerkt jedoch nicht, dass Hall irgendwie noch immer im Gravitonium am Leben ist.

Coulson und sein Team untersuchen eine Reihe von Diamantendiebstählen, die von Coulsons ehemaliger Protegée Akela Amador begangen wurden. Amador wird von einem unbekannten Drahtzieher erpresst, der ein explosives, kybernetisches Auge benutzt. Coulson schafft es, Amador zum ''Bus'' zu bringen, während Fitz und Simmons eine spezielle Brille erstellen, die ihren Feed kapert. Dadurch kann Ward Amadors Mission ausführen, während das Team versucht, ihr kybernetisches Auge zu entschärfen und zu entfernen. Ward schließt die Mission ab und entdeckt dabei mysteriöse Schnitzereien. Gleichzeitig findet Coulson jemanden, den er für Amadors Drahtzieher hält, doch dieser Mann wird durch ein ähnliches Gerät wie das von Amador getötet. Nachdem das kybernetische Auge entfernt wurde, wird Amador von S.H.I.E.L.D.-Agenten abgeführt. Coulson verspricht ihr jedoch, dass sie einen fairen Prozess bekommen wird und er für sie aussagen wird. Bevor sie geht, erzählt Amador May, dass ihr an Coulson etwas anders vorkommt.

Das Team versucht, Chan Ho Yin zu finden, einen chinesischen Straßenkünstler mit pyrokinetischen Fähigkeiten, der von der Projekt-Centipede-Rekrutin Raina entführt wurde. Raina injiziert ihm Extremis, um seine Kräfte zu verstärken, und entnimmt ihm anschließend Blutplättchen für weitere Experimente. Skye kennt einen Hacker, der die Informationen über Chans Aufenthaltsort und Fähigkeiten veröffentlicht haben könnte. Sie schläft heimlich mit ihm, um die Wahrheit herauszufinden. May entdeckt dies und, weil sie Skye nicht vertraut, verhaftet sie. S.H.I.E.L.D. greift die Centipede-Einrichtung an und versucht, Chan zu helfen. Doch er weigert sich und May aktiviert das instabile Extremis in ihm, wodurch er stirbt.

Coulson konfrontiert Skye und sie gesteht, dass sie sich der Rising Tide und S.H.I.E.L.D. angeschlossen hat, um ihre Eltern zu finden. Coulson verspricht ihr Unterstützung, passt ihr jedoch ein Gerät an, das jeglichen Computerzugang blockiert. Raina besucht in der Zwischenzeit das inhaftierte Centipede-Mitglied Po und bittet ihn, dem „Hellseher“ die Ergebnisse der Experimente mitzuteilen.

Das Team untersucht eine Reihe von Todesfällen, die durch Levitation und elektrostatische Anomalien gekennzeichnet sind. Zunächst nehmen sie an, dass diese durch eine Waffe verursacht wurden. Doch es stellt sich heraus, dass ein außerirdisches Virus aus einem Chitauri-Helm, der aus der Schlacht von New York geborgen wurde, die Ursache ist. Als Simmons mit dem tödlichen Virus infiziert wird, arbeiten sie und Fitz fieberhaft an einer Heilung. Coulson ignoriert dabei ein direktes Kommando von Agent Felix Blake, Simmons zu opfern, um den Rest des Teams zu retten.

Die Zeit wird knapp, und ohne zu wissen, dass ihr letzter Versuch, einen Impfstoff zu entwickeln, erfolgreich war, springt Simmons vom Flugzeug. Ward rettet sie jedoch in letzter Sekunde, indem er ihr nachspringt und sie vor dem Tod impft. May sagt Coulson, der sich anders fühlt als vor seinem Tod, dass sich jeder durch eine solche Erfahrung verändern würde. Der Helm wird an Agent Blake übergeben, der Coulson vor den Konsequenzen warnt, die das Missachten eines direkten Befehls vom Hauptquartier haben kann. Coulson nimmt dies jedoch gelassen und akzeptiert, dass er jetzt anders ist.

Im Hauptquartier von S.H.I.E.L.D., bekannt als "The Hub", erhält Agent Victoria Hand den Auftrag, Ward und Fitz auf eine Mission nach Südossetien zu schicken. Dort sollen sie eine Waffe namens "Overkill Device" deaktivieren, die feindliche Waffen gegen ihre eigenen Benutzer richtet. Währenddessen versuchen Skye und Simmons, mehr Informationen über die Mission zu beschaffen, die als Level-8 klassifiziert ist. Dabei betäubt Simmons den Agenten Jasper Sitwell, als dieser sie beim Hacken der Level-8-Dateien erwischt.

Skye findet heraus, dass kein Rettungsteam für Ward und Fitz bereitsteht und informiert Coulson. Dieser beschließt, sein Team einzusetzen, um Ward und Fitz zu retten. Die beiden gelingt es, ihre Mission erfolgreich abzuschließen. Zurück im Hub entdeckt Coulson, dass die Person, die Skye ins Waisenhaus brachte, ein unbekannter S.H.I.E.L.D.-Agent war. Dennoch verheimlicht er Skye die ganze Wahrheit über die Akte und bittet May, diskret weiter zu ermitteln.

Später wird Coulson der Zugriff auf Informationen über seine Genesung in Tahiti verweigert, trotz seiner Level-8 Sicherheitsfreigabe.

Das Team untersucht einen Plan zur Auffindung und zum Zusammenbau von drei Teilen eines asgardianischen Berserkerstabs. Dieser Stab verleiht dem Besitzer große Stärke und unkontrollierbare Wut. Eine Gruppe von Heiden, die bereits das erste Teil des Stabes entdeckt hat, stellt sich ihnen entgegen. Während Thor nicht erreichbar ist, erhalten Coulson und sein Team Unterstützung von Dr. Elliot Randolph.

Beim Versuch, das zweite Teil des Stabes zu bergen, berührt Ward es und durchlebt erneut eine traumatische Kindheitserinnerung, in die sein missbrauchender älterer Bruder verwickelt ist. Ward wird gereizt und aggressiv, während seine Stärke zunimmt. Das Team erfährt, dass Randolph ein Asgardianer ist, der seit Jahrhunderten auf der Erde lebt. Er gibt ihnen den Standort des dritten Stabstücks.

Das Team findet das letzte Teil und Ward und May setzen den kompletten Stab ein, um die Heidengruppe zu besiegen. In einem Hotel lehnt Ward Skye's Einladung zu einem Gespräch ab und folgt stattdessen May in ihr Zimmer. In der Zwischenzeit hat Coulson einen Albtraum über seine Erholung in Tahiti.

Eine mysteriöse Kraft bedroht Coulsons Team, als sie eine Sicherheitsinspektorin namens Hannah Hutchins aufnehmen. Sie wird für eine Explosion verantwortlich gemacht, bei der vier Techniker starben, und Coulson vermutet, dass sie durch die Explosion telekinetische Fähigkeiten entwickelt hat. Nachdem das Flugzeug eine Notlandung hinlegt, entdeckt das Team, dass die mysteriöse Kraft einer der Techniker namens Tobias Ford ist, der nach der Explosion zwischen der Erde und der "Hölle" gefangen ist. Ford richtet sich auf Hutchins, um sie vor denen zu schützen, die ihr schaden wollen. Später stellt sich heraus, dass Ford kleinere Sicherheitsprobleme verursachte und Sicherheitsberichte einreichte, um Zeit mit Hutchins zu verbringen. Eine seiner Problemen führte unbeabsichtigt zur Explosion. May schafft es, Ford zu besiegen und überzeugt ihn loszulassen, was dazu führt, dass Ford an einen unbekannten Ort verschwindet. Coulson erzählt mehr über Mays schwierige Vergangenheit und wie er ihr helfen möchte, sich zu erholen. Später spielt May Fitz einen Streich, was zeigt, dass sie auf dem Weg der Heilung ist.

Coulson rekrutiert Peterson in sein Team, um Unterstützung durch einen Supersoldaten zu erhalten, nachdem Edison Po von verbesserten Centipede-Supersoldaten aus dem Gefängnis befreit wurde. Das Team von Coulson spürt einen von Centipede angetriebenen Soldaten in einer verlassenen Fabrik auf, wo sie von einem Trupp Supersoldaten überfallen werden. Diese Soldaten haben das gleiche Augenimplantat wie Akela Amador bekommen. Po rät Raina, nicht weiter nach dem Hellseher zu forschen, da dies ihren Tod bedeuten könnte.

Gleichzeitig halten Coulson und May Informationen über Skyes Eltern vor ihr geheim. Als Peterson seinen Sohn Ace kontaktiert, erfährt er, dass dieser von Centipede entführt wurde. Centipede schlägt einen Austausch vor – Peterson gegen seinen Sohn. Coulson begleitet Peterson zu dem geplanten Austausch, bei dem Peterson enthüllt, dass Centipede in Wirklichkeit Coulson will, nicht ihn selbst. Coulson willigt ein, sich gefangen nehmen zu lassen. Nach dem Austausch versucht Peterson, Coulson zu retten, doch anscheinend wird er bei einer Explosion getötet. Raina erklärt Coulson, dass sie wissen wollen, wie er wiederbelebt wurde.

Victoria Hand leitet S.H.I.E.L.D.s Bemühungen, Coulson zu retten, während Centipede ihn foltert, um das Geheimnis seiner Wiederauferstehung zu erfahren. Da Hand Skye für unzuverlässig hält und nach Rücksprache mit May, lässt sie Skye vom „Bus“ entfernen. Skye beginnt daraufhin ihre eigene Untersuchung, die das Team zu Coulsons Aufenthaltsort führt. Nachdem der Clairvoyant Po tötet, übernimmt Raina Coulsons Verhör. Sie benutzt ein Scangerät, um Coulson dazu zu zwingen, sich an Aspekte seiner Wiederbelebung zu erinnern. Während Coulson Flashbacks durchlebt, wird er von seinem Team gerettet, nachdem sie Raina gefangen genommen haben.

Coulson konfrontiert Streiten, der ihm erklärt, dass er mehrere Tage tot gewesen sei und auf Befehl von Direktor Fury wieder zum Leben erweckt wurde. Streiten enthüllt, dass Coulson nach seiner Wiederbelebung den Lebenswillen verloren hatte und die Ärzte sein Gehirn manipulierten, um ihm falsche Erinnerungen einzuflößen, damit er seine Arbeit fortsetzen konnte.

Später stellt sich heraus, dass Peterson noch am Leben ist, obwohl er schwer verbrannt und der untere Teil seines rechten Beins fehlt. In ihm wurde von jemandem, der für den Clairvoyant arbeitet, ein Sprengsatz in Form eines Überwachungsauges implantiert.

Während sie sich an der S.H.I.E.L.D. Akademie befinden, untersuchen Ward, Fitz, Simmons und Skye einen Angriff auf den beliebten Kadetten Seth Dormer. Dabei kommt eine „Eismaschine“ zum Einsatz, die Menschen und ihre Umgebung einfrieren kann. Kurz darauf wird auch Kadett Donnie Gill von einer solchen Eismaschine eingefroren, doch die Agenten können ihn retten.

Während der Rest des Teams die anderen Kadetten verhört, freundet sich Fitz mit Gill an. Er erkennt viele Gemeinsamkeiten zwischen sich und Gill und hilft ihm, ein Problem mit einer neuen Energiequelle zu lösen. Unterdessen begeben sich Coulson und May nach Mexiko-Stadt, um den ehemaligen Agenten Richard Lumley zu finden. Lumley berichtet von einer Mission vor 21 Jahren, die Skye betrifft. Skye ist eine 0-8-4, ein Objekt unbekannter Herkunft, mit scheinbar übermenschlichen Fähigkeiten.

Das Team kommt zu dem Schluss, dass die Kadetten eine größere Eismaschine für Quinn bauen. Mit der verbesserten Energiequelle demonstrieren Dormer und Gill Quinn das Gerät und erzeugen einen massiven Eissturm. Obwohl es dem Team gelingt, Gill festzunehmen, wird Dormer durch den Sturm getötet. Gill entwickelt dabei offenbar kryokinetische Fähigkeiten. Später kontaktiert Coulson Quinn, der Verbindungen zum Hellseher hat.

Das Team steigt in einen Zug in Italien, um den Clairvoyant zu verfolgen. Dabei stößt es auf eine Sicherheitsgruppe von Cybertek Inc., die ein Paket an Quinn verschickt. Als das Team entdeckt wird, müssen Coulson und Ward fliehen. Zusammen mit May kehren sie zum Zug zurück und treffen auf Simmons, während Fitz und Skye bereits das Paket zu Quinns Villa verfolgt haben.

In der Villa wird Skye von Quinn konfrontiert und trifft auf den noch lebenden Peterson, der sich in einer Druckkammer befindet. Das Paket enthält eine hochmoderne, von Cybertek entwickelte Prothese aus dem „Project Deathlok“, die an Petersons amputiertes rechtes Bein angepasst wird. Peterson tötet daraufhin die Wachen von Cybertek, auf Befehl des Clairvoyant, der erneut Ace entführt hat.

Quinn schießt zweimal auf Skye und lässt sie schwer verletzt zurück. S.H.I.E.L.D. stürmt die Villa, nimmt Quinn fest und findet Skye. Simmons kann ihr Leben vorerst nur durch die Unterbringung in der Druckkammer stabilisieren.

Skye wird in eine medizinische Einrichtung von S.H.I.E.L.D. gebracht, wo die Ärzte sie jedoch nur stabilisieren können. Die Agenten John Garrett und Antoine Triplett kommen, um Quinn zur Befragung abzuholen, doch Coulson weigert sich, ihn herauszugeben. Garrett beschließt, Quinn im „Bus“ zu verhören und erfährt, dass der Hellseher Quinn befohlen hat, Skye zu erschießen, um mehr über Coulsons Wiederbelebung zu erfahren.

Fitz und Simmons durchforsten Coulsons Akten und entdecken, dass Coulson in einem Ort namens „Guest House“ wiederbelebt wurde. Gemeinsam mit Ward, Garrett und Fitz macht sich Coulson dorthin auf die Suche nach Antworten. Fitz findet das Medikament, während Coulson einen Raum mit der Aufschrift „T.A.H.I.T.I.“ entdeckt. Dort stößt er auf die Quelle des Medikaments: die obere Hälfte eines bläulich-hautigen humanoiden Leichnams.

Alle schaffen es, aus der Einrichtung zu entkommen, die zur Explosion vorbereitet war. Trotz Coulsons Versuch, Fitz davon abzuhalten, Skye das Medikament zu geben, gelingt es Fitz, das Medikament rechtzeitig zu Simmons zu bringen, um Skye erfolgreich zu retten.

Die Asgardianerin Lorelei versklavt eine Biker-Gang und baut eine Armee auf. Das Team wird gerufen, um eine Energielesung vom Bifrost zu untersuchen und trifft auf Sif, die Lorelei sucht. Sif erklärt, dass Lorelei während des Angriffs der Dunkelelfen aus ihrem Gefängnis entkommen konnte. Um ihre Macht, die Gedanken der Männer zu kontrollieren, zu neutralisieren, muss Sif ein spezielles Halsband um Loreleis Hals legen, das verhindert, dass sie spricht. Es kommt zum Kampf mit Lorelei und ihren Männern, doch Lorelei verzaubert Ward, und sie übernehmen gemeinsam den Bus. Lorelei sagt zu May, dass Ward jemand anderen liebt.

Sif stellt sich Lorelei entgegen, während May gegen Ward kämpft und schließlich das Halsband an Loreleis Hals befestigt, was ihren Zauber aufhebt. Sif bringt Lorelei zurück nach Asgard, und May beendet ihre Beziehung zu Ward. Coulson offenbart Skye die Herkunft des Medikaments, das sie wiederbelebt hat. Obwohl Coulson von dieser Tatsache beunruhigt ist, bleibt Skye optimistisch. Er befiehlt Skye, die Herkunft des Medikaments geheim zu halten, bis Fury ihnen die Wahrheit sagt. Unbekannt für beide überwacht May ihr Gespräch und berichtet an jemand anderen.

Die Agenten Garrett, Triplett, Hand, Sitwell und Blake stoßen zum Team, um den Hellseher ausfindig zu machen. Die Agenten teilen sich auf, um verschiedene Verdächtige zu verfolgen. Bei ihrer Suche nach Thomas Nash begegnen May und Blake Peterson, alias Deathlok, und markieren ihn mit einem Peilsender. Schnell machen sie sein neues Versteck ausfindig, während Triplett und Simmons mit Hand im Hub bleiben.

Das Team findet Nash, einen im Koma liegenden Mann, der durch einen Computer kommuniziert. Nash prahlt damit, der Hellseher zu sein, und behauptet, dass Centipede Skye töten wird. Daraufhin erschießt Ward ihn. Coulson und Skye merken jedoch schnell, dass Nash nicht der Hellseher ist und vermuten, dass der wahre Hellseher ein hochrangiges Mitglied von S.H.I.E.L.D. ist. Coulson beschuldigt Ward, mit dem Hellseher zusammenzuarbeiten und Nash erschossen zu haben, doch sie werden unterbrochen, als Fitz Mays geheime Telefonleitung entdeckt.

Während Coulson und Skye in einem mexikanischen Duell auf May im Hangar treffen, übernimmt der Hub die Kontrolle über den Bus. Dort befiehlt Hand, alle an Bord zu töten.

Garretts Jet wird von S.H.I.E.L.D.-Drohnen angegriffen, nachdem die "Bus" gekapert wurde. Er schließt sich erneut dem Team an. Im Hub beginnen Simmons und Triplett, gemeinsam heimlich Simmons Forschung zu Skye's Blut hochzuladen. Doch ein Angriff von Hydra auf alle S.H.I.E.L.D.-Einrichtungen zwingt sie, sich zu verstecken. Coulson sperrt May mit Ward im Verhörraum ein, weil er immer noch glaubt, sie sei die Verräterin. Skye entdeckt einen geheimen Code in einem Signal im S.H.I.E.L.D.-Netzwerk, der Hydras Infiltration offenbart. Als die "Bus" im Hub ankommt, teilt sich die Gruppe in Teams auf, um Hand zu fangen. Hand erklärt jedoch, dass sie nicht zu Hydra gehört, sondern glaubt, dass Coulson es tut. Sie rekrutiert Triplett und Simmons, um ihn zu stoppen. Garrett gibt versehentlich Informationen preis, die ihn als den wahren Hellseher entlarven. Coulson und May verhaften ihn daraufhin. Ward begleitet Hand zum Fridge, um Garretts Inhaftierung persönlich zu überwachen. Er zeigt jedoch bald seine Loyalität zu Hydra, indem er Hand tötet und Garrett befreit.

Ward befreit Raina und stellt sie Garrett vor, der als der "Hellseher" bekannt ist. Obwohl sie enttäuscht ist, dass er nicht wirklich hellseherisch begabt ist, stimmt sie zu, das „Guest House“-Medikament zu reproduzieren. Colonel Glenn Talbot schickt ein Militärteam zum Hub, was Coulson dazu bringt, mit seinem Team und Triplett zu fliehen. Er befiehlt Skye, alle ihre Identitäten zu löschen, einschließlich der von Ward.

Coulson entdeckt eine Nachricht mit Koordinaten in der kanadischen Wildnis. Dort finden sie die versteckte S.H.I.E.L.D.-Basis Providence, die von Agent Eric Koenig geleitet wird. Koenig teilt Coulson mit, dass Fury lebt, aber Coulson soll diese Information geheim halten. Außerdem erfährt Coulson von May, dass Fury das T.A.H.I.T.I.-Projekt nicht geleitet hat.

Ward und Garrett dringen in den Fridge ein, befreien die Gefangenen und stehlen Waffen, darunter den Berserker-Stab, das 0-8-4 aus Peru und das Gravitonium. Raina informiert Garrett, dass die Festplatte mit dem gesamten Forschungsdaten von Skye und Simmons gesperrt ist und nur von Skye entsperrt werden kann. Daraufhin schickt Garrett Ward nach Providence.

Koenig unterzieht Coulsons Team einem strengen Lügendetektortest, den Ward knapp besteht, um seine Tarnung zu bewahren. Coulson nimmt Fitz, Simmons und Triplett mit, um Marcus Daniels zu stoppen - einen ehemaligen Insassen des Fridge und Supermenschen, der die Darkforce kontrolliert und von der Cellistin Audrey Nathan besessen ist, Coulsons früherer Geliebten. Nach der Rettung von Nathan entwickeln sie einen Plan, um Daniels anzulocken. Das Team überlastet ihn mit Energie, was dazu führt, dass er explodiert. Coulson tröstet Nathan kurz, zieht sich dann aber zurück, da er ihr an einem anderen Tag erzählen will, dass er noch lebt.

Währenddessen verlässt May das Team, weil sie es leid ist, dass Coulson ihr nicht vertraut. Skye und Koenig hacken die NSA, um Informationen über den Hydra-Angriff auf das Fridge zu erhalten. Ward tötet Koenig, um eine Entdeckung zu verhindern. Skye findet Koenigs Leiche und erkennt, dass Ward zu Hydra gehört. Um keinen Verdacht bei Ward zu erregen, schließt sie sich ihm an, als sie gemeinsam die "Bus" stehlen, bevor Coulson und die anderen nach Providence zurückkehren.

Später wird May von ihrer Mutter in Ontario, Kanada, abgeholt. Zusammen machen sie sich auf die Suche nach Maria Hill.

Fitz entdeckt eine Nachricht von Skye, die informiert, dass Ward ein Mitglied von Hydra ist. Daraufhin kommen Hill und ein Special Forces-Team unter der Leitung von Talbot nach Providence. Hill versucht, Coulsons Team zur Aufgabe zu bewegen. Doch als sie von Wards Verrat hört, entscheidet sie sich, dem Team bei der Jagd zu helfen.

Skye führt Ward zu dem Diner, in dem sie Peterson getroffen hat und informiert heimlich die Polizei. Sie enthüllt Ward, dass sie sein Geheimnis kennt, und entkommt, während er gegen die Polizei kämpft. Allerdings wird sie von Deathlok gefangen genommen. Als Ward versucht, mit dem "Bus" zu fliehen, stellen sich ihm Hill und Triplett in den Weg. Sie verschaffen Coulson genug Zeit, um unbemerkt an Bord zu gelangen. Coulson befreit Skye und gemeinsam entkommen sie.

Das Team zieht sich in ein Hotel zurück, wo Skye offenbart, dass sie eine Falle in der Festplatte hinterlassen hat. Hill macht sich auf den Weg nach D.C., während May zurückkommt und Coulson den Inhalt eines Flash-Laufwerks zeigt, den sie aus seinem falschen Grab geborgen hat. Das Video zeigt Coulson selbst, der offenbar Leiter von Projekt T.A.H.I.T.I. war und Fury darüber informiert, dass das Projekt wegen seiner schrecklichen Nebenwirkungen eingestellt werden muss.

In Rückblenden sehen wir, wie der junge Ward in einer Jugendhaftanstalt Garrett kennenlernt und sein Angebot annimmt, seiner Organisation beizutreten. Im Laufe der Jahre wird Ward von Garrett ausgebildet, der ihn schließlich mit Hydra vertraut macht.

In der Gegenwart infiltrieren Coulson und May Cybertek, nachdem sie herausfinden, dass es Verbindungen zu Centipede und Hydra gibt. Sie entdecken, dass Garrett der erste Deathlok war und seine Implantate versagen. Um zu überleben, benötigt er das Medikament aus dem Guest House. Das Team reist nach Havanna, Kuba, und findet dort eine kürzlich verlassene Hydra-Basis. Fitz und Simmons entdecken das entführte Flugzeug, den "Bus". Doch bevor sie weitermachen können, werden sie von Ward gefangen genommen und an Bord des "Bus" gebracht, der abhebt.

Fitz gelingt es, Garretts Implantate mit einem elektromagnetischen Impuls (EMP) zu deaktivieren. Der sterbende Garrett befiehlt Ward daraufhin, Fitz und Simmons zu töten. Die beiden Agenten verschließen sich in der Krankenstation des "Bus", woraufhin Ward diese in den Ozean wirft. Raina injiziert Garrett das synthetisierte Medikament aus dem Guest House. Zunächst scheint es eine Extremis-Reaktion hervorzurufen, doch schließlich erholt sich Garrett.

Währenddessen versucht Quinn, Deathlok-Soldaten an das Militär zu verkaufen und lädt sie ein, die Anlage von Cybertek zu besichtigen.

Bei Cybertek beginnt Quinn seine Präsentation vor US-Militärbeamten, wird jedoch von Garrett unterbrochen, der einen davon tötet. Während Coulson und sein Team die Angriffe der Centipede-Soldaten abwehren, greifen sie die Cybertek-Einrichtung an. Quinn und Raina entkommen mit dem Gravitonium, während Skye Ace rettet, May Ward besiegt und Coulson sich Garrett stellt. Fury rettet Fitz und Simmons, obwohl Fitz schwer verletzt ist. Anschließend schließt sich Fury Coulson an, um gegen Garrett zu kämpfen. Letztendlich wird Garrett von Peterson ausgeschaltet, als dieser erfährt, dass Skye Ace gerettet hat. Peterson kann sich seinem Sohn nicht stellen und zieht sich zurück, um sich selbst zu rehabilitieren.

Fury bringt seinen Respekt für Coulson zum Ausdruck und ernennt ihn zum neuen Direktor von S.H.I.E.L.D., nachdem er ihn als Avenger sieht. Coulson führt das Team zu einer geheimen Basis, die von Agent Koenigs Bruder Billy geleitet wird. Raina überreicht einem geheimnisvollen Mann ein Foto von Skye und teilt ihm mit, dass sie seine Tochter gefunden hat. Später wacht Coulson mitten in der Nacht auf und zeigt die gleichen verstärkten geistigen Fähigkeiten und die Besessenheit wie Garrett. Er beginnt zwanghaft, seltsame Symbole in eine Wand zu schnitzen.