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Im Jahr 2016, fünf Jahre nachdem er seinen Posten als Herrscher der Hölle verlassen hat, führt Lucifer Morningstar weiterhin einen exklusiven Nachtclub in Los Angeles namens Lux. Eines Abends wird er Zeuge, wie ein Drogendealer die Pop-Sängerin Delilah ermordet, die er einst unterstützt hat, um berühmt zu werden. Daraufhin überredet er die LAPD-Detektivin Chloe Decker, ihm zu erlauben, sie bei der Suche nach dem Auftraggeber des Killers zu unterstützen.
Gleichzeitig muss sich Lucifer mit seinem Bruder auseinandersetzen, dem Engel Amenadiel Canaan. Amenadiel hat von ihrem Vater, Gott, den Auftrag erhalten, Lucifer zur Rückkehr in die Hölle zu bewegen. Im Zuge der Ermittlungen finden Lucifer und Chloe heraus, dass der Musikproduzent Jimmy Barnes den Drogendealer angeheuert hat, um Delilah töten zu lassen.
Als Jimmy auf Chloe schießt, wirft Lucifer kurzzeitig seine menschliche Gestalt ab und zeigt Jimmy sein wahres Teufelsgesicht. Dies versetzt Jimmy in Panik und lässt ihn wahnsinnig werden, bevor er verhaftet wird. Chloe überlebt den Angriff, und Lucifer beschließt, weiterhin mit ihr zusammenzuarbeiten.
Lucifer durchläuft das rechtliche Verfahren, um offizieller ziviler Berater des LAPD zu werden. Während Chloe sich von einer Schussverletzung erholt, deckt Lucifer die Wahrheit über den Tod des Sohnes eines Schauspielers auf. Ein Paparazzo, der gestanden hat, den Autounfall verursacht zu haben, enthüllt die Details. Außerdem erfährt Lucifer, dass Chloe ihre frühere Karriere als Schauspielerin aufgab, nachdem ihr Vater, ein Polizist, ums Leben kam.
Die Untersuchung zeigt, dass der Paparazzo einen leicht gestörten Praktikanten namens Josh hatte. Dieser nahm das Motto seines Arbeitgebers - "immer der Erste sein [um ein Foto zu machen]" - zu ernst und begann, Ereignisse zu provozieren und Morde zu verursachen. Lucifer versucht, den beiden einen Vorgeschmack auf die Bestrafung zu geben, die sie in der Hölle erwartet. Doch Chloe überzeugt ihn davon, dass sie für ihre Verbrechen im Gefängnis büßen werden.
Lucifer besucht eine Hausparty, die vom Star-Quarterback Ty Huntley veranstaltet wird. Dort kommt es zu einer seltsamen Begegnung: Eine Frau beschuldigt ihn, nur vorzugeben, Lucifer zu sein, da sie angeblich den echten bereits getroffen habe. Trotz dieser Verwirrung überzeugt Lucifer den noch keuschen Ty, der auf die Ehe warten möchte, dazu, die Annäherungsversuche einer Frau anzunehmen.
Am nächsten Morgen weckt Ty Lucifer auf und bittet ihn um Hilfe. Sie finden die Leiche der Frau im Swimmingpool von Ty, der sich an nichts aus der vergangenen Nacht erinnern kann. Lucifer ruft Chloe hinzu. Das Handy der Frau zeigt Aufnahmen von Ty und der Frau beim Sex, woraufhin Chloe Ty aufgrund von Indizien verhaftet.
Ty wird von seinem Manager Joe gegen Kaution freigelassen, der Chloe zu Tys Ex-Freundin Debra führt. Diese hat jedoch ein Alibi. Ein Anschlag auf Debra führt zu einem Fixer namens Ronnie Hillman. Chloe plant einen Undercover-Einsatz im Lux, um Ronnie zu erwischen. Lucifer nutzt diese Gelegenheit, um Ronnie dazu zu bringen, ihm den Mann zu liefern, der seine Reputation schädigt, indem er sich als er ausgibt. Schließlich verrät er Ronnie an die Polizei.
Ronnie enthüllt, dass das Opfer ihr Schützling war und von Joe angeheuert wurde. Joe wird festgenommen, nachdem er zugibt, dass das Opfer versehentlich während eines Versuchs, das Sexvideo zu erlangen, erstickt wurde, um Ty zu erpressen. Ty und Debra versöhnen sich glücklich.
Chloe und Lucifer arbeiten an einem Fall, bei dem das Verschwinden eines Mädchens namens Lindsay Jolson untersucht wird. Sie war mit einem sogenannten Pickup-Künstler in Verbindung. Während der Ermittlungen versucht Lucifer immer wieder, Chloe zu verführen, um sie besser zu verstehen, denn sie scheint als erste Person überhaupt gegen seinen Charme immun zu sein. Zur selben Zeit spricht Amenadiel mit einer zögernden Mazikeen über Lucifer.
Es stellt sich heraus, dass Lindsay ihre Entführung zusammen mit ihrem Bruder vorgetäuscht hatte. Zuvor hatte sie ihre Jungfräulichkeit an den Pickup-Künstler verloren, der sie lediglich als "Forschungsmaterial" für sein Buch betrachtete und sich nicht mehr an sie erinnerte. Aus Rache hatte sie ihn dazu gebracht, sich wirklich in sie zu verlieben.
Chloe verhindert, dass Lucifer die Geschwister bestraft, aber sie ist erschrocken, als sie Lucifers Teufelsgesicht in einer Spiegelung erkennt. Ermüdet von Lucifers ständiger Behauptung, er sei unsterblich und gegen menschliche Verletzungen gefeit, willigt Chloe schließlich ein, auf seinen Wunsch hin, ihm ins Bein zu schießen, um es zu testen. Zu Lucifers Überraschung empfindet er jedoch Schmerz und beginnt zu bluten.
Chloe bittet Lucifer um Hilfe bei einem Fall, der einen Künstler und bekannten Schuhdesigner betrifft, der früher Mitglied einer gefährlichen Straßengang war. Lucifer willigt begeistert ein, da er neugierig darauf ist, seine neue Verwundbarkeit durch menschliche Mittel zu testen. Der Vorfall bei der Modenschau des Künstlers stellt sich als unbeabsichtigt heraus. Der Künstler wollte lediglich sein Produkt begehrter erscheinen lassen, was beinahe zu einem Bandenkrieg zwischen zwei Gruppen in Los Angeles geführt hätte. Chloe und Lucifer bemühen sich, die Lage zu entschärfen, doch letztendlich werden sie von Maze gerettet, die alle Gangster außer Gefecht setzt.
Inzwischen überrascht Amenadiel Lucifers Therapeutin Dr. Linda Martin, indem er nach Büroschluss bei ihr auftaucht. Er gibt sich als neuer Therapeut aus, der gerade das Büro nebenan bezogen hat. Die beiden verabreden sich auf ein Getränk und sprechen offen über ihre Patienten.
Als ein Lagerhaus ausgeraubt wird und der Wachmann ermordet wird, stellt sich heraus, dass ein gestohlener Schiffscontainer im Besitz von Lucifer war. Gemeinsam mit Chloe macht er sich auf die Suche nach dem Täter, da Lucifer sein Ansehen in der Stadt wahren will. Er erklärt Chloe, dass im Container ein Geschenk seines Vaters sei, das ihm sehr wertvoll ist. Währenddessen hadert Lucifer mit seiner Identität, und Amenadiel versucht weiterhin, über Linda an ihn heranzukommen.
Lucifer und Chloe spüren den Container schließlich auf. Lucifer zeigt Chloe eine kleine Schachtel im Inneren, gefüllt mit Matroschka-Puppen|russischen Puppen. Chloe ist enttäuscht, da sie ahnte, dass er ihr nicht die ganze Wahrheit über den Inhalt des Containers gesagt hatte. Nachdem Chloe gegangen ist, öffnet Lucifer eine versteckte Tür am hinteren Ende des Containers. Dabei entdeckt er, dass jemand das echte Geschenk seines Vaters – seine Engelsflügel – gestohlen hat.
Lucifer ist entschlossen, seine Flügel wiederzufinden, und bittet Amenadiel um Hilfe. Doch dieser lehnt ab, sodass Lucifer Chloe um Unterstützung ersucht. Chloe wendet sich an ihren Ex-Mann und Kollegen, den Detective Dan Espinoza, um bei der Untersuchung des Palmetto-Falls zu helfen. Dieser Fall betrifft einen Vorfall, bei dem der Detective Malcolm Graham angeschossen wurde und ins Koma fiel. Chloe hat die Vermutung, dass Malcolm in ein geheimes Treffen mit einem Kriminellen verwickelt war. Aufgrund ihrer Verdächtigungen wird Chloe im Polizeirevier kritisch beäugt, darum bittet sie Dan, Beweise gegen Malcolm zu finden.
In der Zwischenzeit wird bekannt, dass Lucifers Flügel bei einer Auktion verkauft werden sollen, bei der auch Lucifer anwesend ist. Zu seiner Überraschung erscheint Amenadiel, um ihm zu helfen. Lucifer gewinnt seine Flügel zurück und erkennt, dass Amenadiel den Diebstahl von Anfang an geplant hatte. Als Reaktion lädt er Amenadiel an den Strand ein, wo er seine Flügel in Brand setzt. Amenadiel sieht verzweifelt zu, nun ohne Möglichkeit, Lucifer zurück zur Hölle zu locken.
Parallel dazu entdecken Chloe und Dan eine neue Spur im Palmetto-Fall.
Lucifer fühlt sich wie neugeboren und feiert seine "Wiedergeburt" in Lux. Auch Malcolm, der aus dem Koma erwacht, nachdem Amenadiel seine Seele aus der Hölle geholt hat, feiert seine Rückkehr ins Leben. Chloe und Lucifer untersuchen den Mord an einem umstrittenen Paartherapeuten, der Liebenden rät, einander zu betrügen, um ihre Beziehungen zu retten. Um Chloe und Dan bei ihren Beziehungsproblemen zu helfen, zieht Lucifer Linda in den Fall hinein. Während sie an der Lösung des Mordfalls arbeiten, erkennt Lucifer, was mit ihm geschieht. Malcolm bricht in Chloes Haus ein und warnt sie davor, weiter im Palmetto-Fall zu graben, da derjenige, der ihn erschossen hat, offenbar keine Skrupel hat, auch Polizisten zu erschießen. Chloe und Lucifer suchen Malcolms Partner, finden ihn jedoch tot mit einem Abschiedsbrief. Unterdessen trifft sich Dan heimlich mit Malcolm.
Lucifer ist überrascht, als ein Priester namens Frank Lawrence ihn um einen Gefallen bittet, und lehnt zunächst ab. Doch als Chloe ihn in einen Mordfall verwickelt, begegnet er Frank erneut. Der Fall dreht sich um Arietta, eine Jugendberaterin, die laut Frank versucht hatte, Franks Pflegekind Connor in den Drogenhandel zu verwickeln. Nach einem Mordversuch auf Frank versteckt Lucifer ihn im Lux. Dort entwickeln sie eine besondere Verbindung beim gemeinsamen Klavierspielen.
Später erhält Frank einen Anruf, Connor in der Kirche zu treffen. Dort zwingt ein Drogendealer, bekannt als Spider, Connor, auf Frank zu schießen. Als Connor sich weigert, schießt Spider auf ihn. Frank wirft sich dazwischen und wird tödlich getroffen. Sterbend in Lucifers Armen, überrascht Frank ihn mit der Andeutung, dass er Lucifers wahres Wesen kennt. Wutentbrannt will Lucifer Spider fast erwürgen, doch Chloe hält ihn zurück und erinnert ihn daran, dass Frank solch eine Tat nicht gewollt hätte.
In der Zwischenzeit erinnert der ungeduldige Amenadiel Malcolm daran, dass er ihn aus der Hölle zurückgeholt hat, nur um Lucifer zu töten. Damit soll Lucifer gezwungen werden, seine Rolle als Herrscher der Hölle wieder einzunehmen.
Chloe und Lucifer untersuchen den Mord an Javier Aries, dem vergifteten Chefkoch und Besitzer eines angesehenen mexikanischen Restaurants, das Lucifer sehr schätzt. Im Verdacht stehen Javiers Sohn, Junior, ein sich erholender Drogenabhängiger, sowie die Sous-Chefin Anne, die das Restaurant erben würde, falls Junior nicht mehr im Bild wäre. Die Situation wird kompliziert durch das unerwartete Auftauchen von Chloes Mutter, Penelope Decker, die auch von Lucifer bewundert wird.
Chloe und Penelope geraten in eine Diskussion über Chloe und Dans siebenjährige Tochter, Trixie. Trixie bekommt das mit und läuft weg, um in Lux nach Lucifer zu suchen, schließt jedoch stattdessen Freundschaft mit Mazikeen. Später beginnt Mazikeen, als Patientin zu Linda zu gehen. Malcolm enthüllt Dan seinen Plan, Lucifer umzubringen, was Dan trotz seiner Verärgerung über Lucifers Einmischung in seine und Chloes Angelegenheiten nicht zulassen will. Ein unerwartetes Interesse entwickelt sich, ihre Beziehung wiederzubeleben. Die beiden geraten in einen Kampf, bei dem Dan bewusstlos geschlagen wird. Malcolm nutzt die Gelegenheit, um Dans Handy zu stehlen und sich als Dan auszugeben, damit er Chloe per SMS mitteilen kann, dass die Beziehung beendet ist.
Eine betrunkene Chloe taucht im Lux auf und versucht, mit Lucifer zu schlafen, um sich von der Trennung per SMS durch Dan abzulenken. Doch Lucifer lehnt ab, sie in ihrem Zustand auszunutzen, was beide überrascht. Nachdem er die moralisch richtige Entscheidung getroffen hat, spürt Lucifer ein unerwartetes Gefühl von Euphorie. Er glaubt, dass gute Taten ihm einen Rausch geben können, der dem von Drogen ähnelt, und stürzt sich begeistert in den aktuellen Fall mit Chloe: Die Untersuchung des Todes von Tim Dunlear, einem Sportler, der nach seinem Rücktritt durch seine Wohltätigkeitsarbeit noch größere Anerkennung erlangte.
Lucifer entdeckt, dass Tims Frau Gelder von einer Wohltätigkeitsorganisation unterschlagen hat, um eine Schule in einem Entwicklungsland zu bauen, und Tim ermordete, um dies zu vertuschen. Er veranstaltet ein Event für Tims Wohltätigkeitsorganisation im Lux und entlarvt Tims Frau vor der Menge während ihrer Rede. Enttäuscht stellt Lucifer fest, dass er das gute Gefühl nicht allein durch eine gute Tat bekommt, sondern nur, wenn er aufrichtig helfen möchte.
Amenadiel findet in Mazikeen eine unerwartete Gefährtin. Unterdessen wird Dan von Malcolm gefangen gehalten und versucht, zu entkommen, um Lucifer zu warnen, bevor Malcolm ihn erreicht.
Lucifer wird besorgt, als ihm klar wird, dass seine physische Verletzlichkeit in der Nähe von Chloe zunimmt. Als ein Mitglied einer Gruppe von Satanisten ermordet wird, ist Lucifer entsetzt darüber, dass jemand in seinem Namen töten würde. Es stellt sich heraus, dass Malcolm die Morde begeht, um Lucifer zu ehren. Lucifer droht Malcolm mit Folter, wird jedoch von Amenadiel unterbrochen, was Malcolm die Flucht ermöglicht. Die beiden Brüder geraten in einen Kampf, bis Maze dazwischengeht und sie trennt. Kurz darauf besucht Chloe Lux, um mit Lucifer zu sprechen, findet jedoch stattdessen die Leiche des Straßenpredigers, der zuvor im Fernsehen mit Lucifer gestritten hatte. Chloe beschließt, zu beweisen, dass Lucifer unschuldig ist, obwohl sie zuerst dachte, er sei schuldig.
Amenadiel bewahrt Lucifer vor der Verhaftung durch Chloe, und beide ziehen sich in Amenadiels Büro zurück, um die Lage zu besprechen. Linda stößt dazu und gibt den beiden wichtige Ratschläge. Sie machen sich auf die Suche nach Malcolm, während Mazikeen Chloe unterstützt, Lucifer zu finden.
Amenadiel trifft auf Malcolm und es entbrennt ein Kampf. Malcolm hat aus Lux einen der wenigen Dolche gestohlen, die einem Engel ernsthaft schaden können, und sticht Amenadiel in den Bauch. Schnell bringt Mazikeen den verletzten Amenadiel ins Lux und rettet ihm mit einer Feder das Leben, die sie heimlich aufbewahrt hatte. Diese Feder hatte sie nach Lucifers Bitte behalten, nachdem sie ihm geholfen hatte, seine Flügel abzutrennen.
Inzwischen stellt sich Dan den Behörden, da er Malcolm unterstützt hat, und entlastet damit Lucifer vom Mordvorwurf. Chloe konfisziert das Geld, das Malcolm für seine Flucht aus der Stadt benötigt, woraufhin Malcolm Trixie entführt, um sie zur Herausgabe des Geldes zu zwingen. Bei dieser Übergabe wird Lucifer schwer verletzt, als er versucht, Chloe und Trixie zu retten, obwohl Chloe darauf besteht, allein zu gehen. Lucifer betet zu seinem Vater und verspricht, nach der Hölle zu sehen, wenn er Chloe schützt.
Lucifer wird kurz in die Hölle geschickt, um die Situation dort zu überblicken. Sein Vater nimmt das Angebot an und bringt ihn zurück ins Leben. Malcolm, der von Lucifer angegriffen wird, stirbt durch Chloes Kugeln. Er bereut nichts, da er glaubt, durch eine spezielle Münze wieder aus der Hölle entkommen zu können. Doch Lucifer hat die Münze gestohlen und zerstört sie vor Malcolms Augen.
Amenadiel erwacht später im Lux und erfährt von Lucifer, dass ihr Vater das Angebot angenommen hat. Als Teil der Abmachung soll er eine Seele finden, die aus der Hölle entflohen ist. Lucifer ist ungewöhnlich besorgt, und auf Amenadiels Nachfrage gibt er preis, dass es sich bei der entkommenen Seele um ihre Mutter handelt.