Ben versucht, alle zurückzubringen, die die Insel verlassen haben. Sayid holt Hurley unterdessen aus der psychiatrischen Anstalt. Durch unglückliche Umstände wird Hurley schon bald verdächtigt, zwei Morde begangen zu haben.
Hurley und Sayid sind auf der Flucht vor der Polizei. Ben muss feststellen, dass ihm nur noch 70 Stunden bleiben, um die "Oceanic 6" zurück auf die Insel zu bringen. Die auf der Insel Verbliebenen springen nach wie vor durch die Zeit.
Die Inselbewohner springen nach wie vor durch die Zeit, was insbesondere Charlotte schwer zu schaffen macht. Locke möchte herausfinden, wie er die Insel verlassen kann, um die Zeitverschiebungen zu stoppen.
Im Jahr 2007 versucht Kate herauszufinden, wer ihr Aaron wegnehmen möchte. Sie flieht zu Sun, die sich gerade in Los Angeles aufhält. Ben und Jack suchen die restlichen "Oceanic 6"-Leute, um sie zurück auf die Insel zu bringen.
Locke und die anderen erreichen die "Orchidee". Bevor Locke die Insel bewegt und sie damit verlässt, trifft er unter der Erde auf Jacks verstorbenen Vater Christian. Jin und Rousseau werden auf dem Weg zur Sendestation angegriffen.
Eloise Hawking erklärt Ben, Sun und Jack, wie sie zurück auf die Insel gelangen können. Sie müssen ein bestimmtes Flugzeug nach Guam nehmen, und auch der tote Locke muss mit. Am Flughafen angekommen, tauchen auch Sayid, Kate und Hurley auf.
In einem Rückblick ist zu sehen, wie John Locke die Insel verlässt und in der tunesischen Wüste landet. Dort erwartet ihn bereits Widmore, der ihm helfen will, die "Oceanic 6" zurück auf die Insel zu bringen.
Nachdem Locke das Rad der Insel bewegt hat, haben die Zeitsprünge aufgehört. Allerdings sind Sawyer, Juliet, Jin, Miles und Daniel im Jahr 1974 steckengeblieben. Zu dieser Zeit betreibt die Dharma-Initiative ihre Forschungen auf der Insel.
Sawyer und Juliet schleusen Jack, Kate und Hurley als Rekruten in die Dharma-Initiative ein. Sayid wird von Dharma-Sicherheitsleuten im Dschungel aufgegriffen und als Feind identifiziert. Sawyer bleibt keine Wahl - er muss Sayid einsperren.
Im Jahr 1977 befindet sich Sayid in einer Zelle der Dharma-Initiative. Er weigert sich, mit Sawyer zu kooperieren. Die anderen Mitglieder der Initiative stimmen für seine Hinrichtung. Doch da kommt Hilfe in Form des zwölfjährigen Ben Linus.
Nachdem Sayid den zwölfjährigen Benjamin Linus angeschossen hat, schwebt der Junge in Lebensgefahr. Um ihn zu retten, bringen Kate und Sawyer ihn zu "den Anderen". Richard Alpert verspricht, alles zu tun, um Ben zu retten.
Im Jahr 2007 begeben sich Ben und Locke auf die Hauptinsel, wo sich Ben dem Monster aus schwarzem Rauch stellen will. Auf der anderen Insel wird Frank Lapidus unterdessen von den Überlebenden des Flugzeugabsturzes gefangen genommen.
Bens Vater Roger verdächtigt Kate, für das Verschwinden seines Sohnes verantwortlich zu sein. Phil findet heraus, dass Kate und Sawyer Ben zu "den Anderen" gebracht haben. Währenddessen erfährt Miles, wer sein Vater ist.
Im Jahr 1977 kehrt Daniel Faraday auf die Insel zurück. Er entwickelt einen gefährlichen Plan, der alle wieder nach Hause bringen soll. Sawyer, Juliet und die anderen bereiten sich unterdessen auf ihre unvermeidbare Flucht vor.
Nachdem Eloise ihren Sohn Daniel erschossen hat, hilft sie Jack und Sayid, die Wasserstoffbombe aus ihrem Versteck zu holen. Als Dr. Chang herausfindet, dass Miles sein Sohn ist, überzeugt er die Dharma-Initiative, die Insel zu evakuieren.
Jack und Sayid finden mithilfe von Richard und Eloise die Wasserstoffbombe. In Rückblenden ist zu sehen, wie Jacob bereits lange vor dem ersten Flugzeugabsturz mit Kate, Sawyer, Sayid und anderen Inselbewohnern Kontakt aufnimmt.
Sawyer will Jack daran hindern, die Bombe zu zünden, um die Geschehnisse auf der Insel rückgängig zu machen. Dreißig Jahre später: Richard, Locke, Ben und "die Anderen" treffen bei Jacob ein. Wird Ben Jacob töten?
