Die erste Folge setzt unmittelbar nach den Schüssen auf Nathan Petrelli ein. Die Identität von Nathans Mörder wird enthüllt und es kommt heraus, warum die Pressekonferenz in Texas so kurz ausfiel.
Angela stellt ihren sehr veränderten Sohn Peter zur Rede. Währenddessen kommt es in ihrer Umgebung zu Gewaltausbrüchen, die auf zukünftige Katastrophen vorausweisen.
Um eine Welt zu retten, der die Zerstörung vorherbestimmt ist, muss sich Peter für eine wilde, gefährliche Superkraft entscheiden. Nur so ist er der Herausforderung gewachsen.
Mehrere Helden stehen am Scheideweg und müssen Entscheidungen treffen, die neu bestimmen könnten, wer "gut" und wer "böse" ist. Claire versucht, ihren ersten neuen Schurken zur Strecke zu bringen.
Hiro und andere nehmen das Angebot an, in die konkurrierende Firma Pinehearst Industries einzutreten. Währenddessen wird Peter durch ein Treffen mit deren schrecklichem Gründer für immer verändert.
Nathan, Tracy, Matt und Peter sind in die Falle gegangen. Verzweifelt kämpfen sie um ihr Leben gegen die wohlbekannten Gegner. Überraschend kehrt Elle zurück.
Um sich auf die bevorstehende Begegnung vorzubereiten, erforscht Hiro, welche Kräfte - und welche vertrauten Gesichter - dabei mitgeholfen haben, Sylar, Flint und Arthur Petrelli in Schurken zu verwandeln.
Gemeinsam versuchen mehrere Heroes Arthur Petrelli aufzuhalten, der die Welt unter seine Herrschaft bringen will. Unterdessen versucht Sylar, die Fähigkeiten der anderen zu stehlen, und Hiro sucht immer noch nach seinem Gedächtnis.
Während Sylar zusammen mit Luke weiter nach seinem Vater sucht, gerät Nathan unter Druck. Denn nach dem Flugzeugabsturz hat der US-Präsident eine Agentin beauftragt, sein Projekt noch einmal gründlich zu überprüfen.
Peter, Matt und Mohinder Suresh nehmen Noah "H.R.G." Bennet gefangen und versuchen, seine Geheimnisse aus ihm herauszupressen. Doch selbst in dieser Lage intrigiert Noah weiter.