Titus kommt auf die Erde, um den Helm von Nova zu bekommen. Die Guardians of the Galaxy müssen eingreifen, um dies zu verhindern. Gemeinsam mit Nova und Spider-Man gelingt ihnen das auch und sie schlagen Titus in die Flucht.
Morgan Lafey erwacht aus ihrem Schlummerschlaf und will nun ihre finsteren Pläne verwirklichen: Die ganze Welt in Finsternis und Dunkelheit umhüllen! Da hat sie jedoch nicht mit Spider-Man gerechnet, oder? Kann er der Magierin die Stirn bieten?
Spider-Man verfolgt den Kobold durch verschiedene Welten und Dimensionen und trifft auf andere Spider-Men bzw. Spider-Girl. Dem Kobold gelingt es, von jedem anderen Spider-Man DNS zu bekommen, aber Spider-Man bleibt ihm auf den Fersen.
Spider-Man reist weiter durch die Welten auf der Jagd nach dem Kobold. Der ist aber nicht aufzuhalten und schnappt sich eine DNS nach der anderen von alternativen Spider-Men.
Peter Parker reist weiter durch die Welten, erst durchs Mittelalter, aber auch dort kann der Kobold entkommen, und dann in eine Zukunftswelt, in der er feststellen muss, dass er schon tot ist und ein anderer Spider-Man versucht, in seine Fußstapfen zu treten. Auch aus dieser Welt kann der Kobold fliehen.
Endlich auf der richtigen Welt angekommen, versorgt sich der Kobold mit der DNS der vielen Spideys. Um das übermächtige Monster zu besiegen, holt Spider-Man alle anderen Spider-Men aus den anderen Welten zu sich. Gemeinsam gelingt es ihnen schließlich, den Kobold und auch Electro zu besiegen und alle anderen Spider-Men wieder in ihre Welt zurückzuschicken.
Peter und der Rest der neuen Superhelden beziehen ihr neues Quartier, die Akademie von S.H.I.E.L.D.. Dort sollen sie ausgebildet werden. Amadeus Cho, Iron Spider, aktiviert jedoch Arnim Zola, der alle auf Trab hält. Am Ende gelingt es ihnen jedoch gemeinsam, Arnim Zola auszuschalten.
Rhino erfährt, dass er nie wieder Alex sein wird, rastet aus und legt halb New York in Schutt und Asche. Peter Parker versucht zusammen mit Flash Thompson (Agent Venom) und Hulk, Rhino zur Strecke zu bringen, was ihnen jedoch nicht gelingt, da er einfach zu stark ist. Spider-Mann appelliert an Alex’ Gewissen und überzeugt ihn, seine Kraft als Superheld und nicht als Schurke einzusetzen.
Doc Ock spielt in Nick Furys Körper verrückt, der Dozent Ant-Man nimmt mit Spider-Mans Team den Kampf auf. In allerletzter Sekunde gelingt es ihm, Nick Fury zu retten und Doc Ock wieder einzusperren.
Mesmero hypnotisiert ganz New York mit Hilfe von Handys. Peter Parker, Luke Cage und Squirrel Girl wollen sich eigentlich nur nachts Burritos besorgen, kommen Mesmero aber so auf die Schliche und können sowohl ihn als auch seine hypnotisierten Lakaien besiegen.
S.H.I.E.L.D. hat den Austauschschüler Triton der Inhumans eingeladen, eigentlich ein friedvolles Volk, doch nun wollen die Inhumans die Menschheit angreifen und vernichten. Es stellt sich heraus, dass der Bruder des Königs, Maximus, dahintersteckt. Um die Menschheit zu retten, müssen sich Triton und Spider-Man Maximus im Kampf stellen.
