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Der Royal Navy Zerstörerkapitän Jack Swinburne erhält die Nachricht, dass sein Sohn im Einsatz gefallen ist. Von Rache getrieben, zwingt er ein U-Boot an die Oberfläche und erschießt dessen Kapitän, ohne die Überlebenden an Bord zu nehmen.
In Kiel, Deutschland, versammeln sich Wilhelm Hoffmann, seine Tochter Hannie und ihr Ehemann, Kapitän Albrecht Lessing, um die Ankunft der Kaiserlichen Japanischen Marine zu feiern. Lt. Kommandant Schulz verkündet, dass Deutschland 40.000 neue U-Boot-Männer rekrutiert und mehr Eisenerz sowie Wolfram erwirbt, um 300 neue Boote zu bauen. Zuhause liest Wilhelm aus dem Logbuch der U-612 und ist bewegt, als er die Handschrift seines verstorbenen Sohnes sieht.
In der Nähe besucht Ehrenberg den Ort, an dem seine Frau und sein Sohn bei einem britischen Bombenangriff ums Leben kamen. Später stellt ihn sein Kollege Rudi Vogts Kommandant Franz Buchner und dem Ersten Wachoffizier Alois Erdmann von der neuen ''U-949'' vor. Als Vogts nachfragt, wie Ehrenberg zu seinem neuen Landposten gekommen ist und was den Tod von Wrangel umgibt, bleibt er verschwiegen.
Am folgenden Tag informiert Vogts, dass die Erprobungsfahrten der ''U-949'' verschoben werden müssen, da das Periskop beschädigt ist. Ehrenberg, nun verantwortlich für die ersten Einsätze der neuen Boote, bringt das Okular des Periskops zu einem Optiker im Ort. Dort trifft er auf Greta Nussmeier, die die Linse repariert.
In Düsseldorf werden die jungen Taschendiebe Pauli Müller und Harry Weidner verhaftet. Obwohl sie noch nicht siebzehn sind, werden sie gezwungen, sich freiwillig für den U-Boot-Dienst zu melden und werden dort als "Kanalratten" bekannt.
In Portugal steigt Forster mit einer neuen Identität - Werner Giese - aus einem Flugzeug.
In Lissabon erhält Forster im deutschen Konsulat von Reinhard Weiss den Auftrag, den Tod des Gestapo-Agenten Dorfmann zu untersuchen. Im Leichenschauhaus übergibt ihm Inspektor Da Costa Dorfmanns persönliche Gegenstände.
Unterdessen erfährt Swinburne in England, dass sein Schiff, die ''Perseverance'', mit neuer Ausrüstung und Waffen ausgestattet wurde. Er ist besorgt, denn der Geleitzug seines Sohnes wurde unerwartet ungeschützt gelassen, da die Eskorte plötzlich zurückgezogen wurde.
In Kiel besuchen Greta und ihre Tochter Fanny Ehrenberg auf seinem Boot. Ehrenberg teilt ihnen mit, dass sich nicht weit entfernt ein VIIC-U-Boot mit ihrer Linse befindet.
Wilhelm bittet bei den Hoffmanns Lessing, ein Treffen mit Ehrenberg zu arrangieren, um einen persönlichen Bericht über die erste Mission der ''U-612'' zu erhalten. Am Hafen kommen Pauli, Harry und Bernd Cremer an, um ihren Dienst auf der ''U-949'' anzutreten.
Pauli, der auf Buchners Familienstatus neidisch ist, stiehlt ihm das Notizbuch, in dem Buchner alles Wichtige festhält. Das führt dazu, dass die erste Alarmübung scheitert, da der Kommandant nicht weiß, wie er vorgehen soll. Später prahlt Pauli mit seinem Streich vor Willi, Bernd und Harry. Doch diese reagieren wütend, weil er ihre Sicherheit gefährdet hat. Alleingelassen betrinkt sich Pauli und wartet während eines Luftangriffs auf ein abstürzendes Bomberflugzeug.
Ehrenberg rettet Pauli und ermutigt ihn, am Leben zu bleiben. Währenddessen führen Dorfmanns Hinterlassenschaften Forster in Lissabon zum Casino des Hotels und zu einem möglichen Verdächtigen, Dr. Beck. In England informiert Commodore Francombe Swinburne darüber, dass der Geleitzug seines Sohnes "unmittelbar vor einem Angriff" des deutschen Schlachtschiffs ''Tirpitz'' stand. Aus diesem Grund erhielten der Geleitzug und die Eskorte den Befehl, sich zu zerstreuen und zurückzuziehen, um Verluste zu minimieren.
Bei den Hoffmans zuhause fragt Wilhelm Ehrenberg nach dem Schicksal seines Sohnes auf der ''U-612''. Ehrenberg sagt ihm, dass Klaus ein guter Mensch und ein Freund war, mehr könne er nicht mitteilen. Unter Wasser geraten sie mit der ''U-949'' kurzzeitig in die Ankerkette einer verankerten Seemine, was Schäden am Steuerbordruder und am hinteren Tauchruder verursacht.
Später, während Vogts, Erdmann und Ehrenberg kurzzeitig nicht auf der Brücke sind, ignoriert Buchner Harrys Warnung vor einem neuen Geräusch von der Oberfläche. Der Kommandeur befiehlt das Auftauchen des U-Boots, ohne vorher das Periskop zu heben, um die Lage zu überprüfen. Dabei kollidiert die ''U-949'' mit einem deutschen Schiff, was zum Tod eines Matrosen führt. Vogts macht Ehrenberg dafür verantwortlich, Buchners Unfähigkeit nicht gemeldet zu haben.
Als Ehrenberg Vogts sagen hört, dass er nicht ertrinken und seine Frau und Kinder zurücklassen will, erkennt er, dass Vogts es war, der das Periskop sabotiert hat. In Lessings Büro erfährt Ehrenberg, dass ein Militärgericht Harry und Pauli für den Unfall verantwortlich machen will. Als Ehrenberg protestiert, droht ihm Schulz.
In Liverpool spricht Swinburne voller Sehnsucht nach dem Meer mit Daisy und rät ihr, ihr Leben weiterzuführen. In Lissabon trifft Forster auf Beck im Casino und findet Beweise dafür, dass Beck plant, aus Portugal zu fliehen. Becks Auftrag ist es, im Namen von Albert Speers Rüstungsministerium über Wolfram zu verhandeln, doch er zögert. Während eines Vortrags mischt Forster Beck Drogen ins Getränk und entführt ihn.
Auf seinem Boot, zusammen mit Pauli, Harry, Willi, Bernd, Greta und Fanny, hört Ehrenberg zu, wie Pauli von seinen Erfahrungen erzählt. Er war bettelnd auf der Straße unterwegs und bemerkte den schuldbewussten Blick der Menschen, die vorgaben, sich zu kümmern, aber nicht halfen. Nun erkennt Pauli denselben schuldhaften Blick bei Ehrenberg, was ihn beunruhigt. Später gesteht Ehrenberg Greta, dass er sich schuldig fühlt, weil er den Jungen nicht gerecht werden konnte.
Auf dem U-Boot ''U-949'' fügt sich Vogts absichtlich eine Verletzung am Arm zu, die eine Amputation zur Folge hat. Um Vogts vor einer Anklage wegen Desertion zu schützen und die Moral der Besatzung wiederherzustellen, schlägt Ehrenberg Buchner und Erdmann einen Plan vor, der seinem Wunsch widerspricht, nie wieder zur See zu fahren.
Beim Kriegsgerichtsverfahren sagt Ehrenberg aus, dass die ''U-949'' mechanische Defekte hatte, die sie unerwartet auftauchen ließen. Daher seien weder der Kommandant noch die Besatzung verantwortlich. Er bietet an, Vogts Platz auf dem Boot einzunehmen. Seine Aussage überrascht Lessing und Schulz, aber sie akzeptieren sie und befehlen, dass die ''U-949'' am nächsten Tag aufbrechen soll, um die Nordatlantikflotte einzuholen. Die Reparaturen am Boot sind jedoch noch nicht abgeschlossen.
Forster gerät in einen Konflikt mit einem Polizisten, der versucht, seinen Plan zur Entführung von Beck zu vereiteln. Beck beteuert seine Loyalität gegenüber Deutschland und betont, dass Viktor Gruber, der deutsche Erste Konsul, für ihn einstehen kann. Nachdem Forster Beck zur Befragung an Schröder übergibt, verbringt er die Nacht bei Ines de Pina, einer Kellnerin im Casino. Am nächsten Morgen tauchen Da Costa und die Polizei bei Ines auf, um Forster zu verhaften. Doch er schafft es, durch ein Fenster zu entkommen, nachdem Ines ihn verraten hat.
Im Konsulat drängt Grubers Frau Bettina ihren Mann, den Wolfram-Vertrag zu unterzeichnen, der eine Bezahlung in Gold erfordert. In Kiel fragt Wilhelm Hannie, ob ihr bekannt war, dass Klaus in New York lebt. Hannie gesteht, dass sie und Albrecht über seine Flucht befragt wurden. Greta fühlt sich überfordert von den Pflichten, das Geschäft ihres Vaters zu führen, ihre Tochter großzuziehen und jetzt auch für ihren gelähmten Ehemann zu sorgen. Ehrenberg ermutigt sie, die Entscheidung zu treffen, die für sie und Fanny am besten ist.
Die Männer der ''U-949'' arbeiten die Nacht hindurch, um sich auf den bevorstehenden Einsatz vorzubereiten. Gemeinsam mit ''U-947'' und ''U-948'' machen sie sich bereit für die Schlacht. Ehrenberg übernimmt praktisch das Kommando. Auf der ''Perseverance'' enthüllt Swinburne den Plan, die U-Boote mit dem Konvoi in eine Falle zu locken. Swinburne fällt auf, dass ''U-949'' in einem Zickzackmuster fährt, was auf einen Schaden hindeuten könnte. Vom Kommandoturm aus schießt Buchner zwei Torpedos ab. Der erste zerstört einen Dampfer, aber der zweite wird nicht abgefeuert. Um sich vor der ''Perseverance'' zu verstecken, hat ''U-949'' fünf Minuten Zeit, einen scharfen Torpedo zu entfernen, bevor er explodiert.
Die Zerstörer ''Perseverance'' versenken die U-Boote ''U-947'' und ''U-948''. Auf ''U-949'' kriecht Pauli in das Torpedorohr, um ein Tuch zu entfernen, das im Propeller des Torpedos steckt. Der Torpedo wird erfolgreich freigegeben. Auf der ''Perseverance'' beobachtet Swinburne die Spur des Torpedos, die sich im Nichts verliert, und befiehlt eine weitere Salve des Hedgehog-Mörsers. Harry meldet ein ungewöhnliches Geräusch, das Ehrenberg als neue kontaktgezündete Waffe identifiziert.
''U-949'' zieht den Zerstörer zurück in Richtung der Mid-Atlantik-Lücke, weg von seinem Konvoi. In den Stunden des Versteckens versorgt Willi die Crew mit Mahlzeiten, obwohl er eine Schnittwunde an der Hand erlitten hat. Als letzter Versuch, dem ASDIC-Radar zu entkommen, lässt Ehrenberg das U-Boot kreisen, um Blasen zu erzeugen und die Signale zu stören. Swinburne lässt das ASDIC abschalten. In der Annahme, der Zerstörer habe die Suche aufgegeben, fährt Buchner das Periskop aus, was von der ''Perseverance'' entdeckt wird. Hedgehogs und Wasserbomben treffen die ''U-949'' und bringen sie zum Sinken.
Nach Sichtung von Diesel im Wasser drängt der Erste Offizier David Mercer Swinburne zur Rückkehr zum Konvoi und erinnert ihn daran, wie sein Sohn starb. Die ''U-949'' taucht auf, während Buchner die weiße Flagge hisst, doch der Zerstörer ist bereits weg. Nach der Nachricht, dass zwölf U-Boote in den letzten vierundzwanzig Stunden verloren gingen, ändert ''U-949'' den Kurs und steuert Afrika an.
In Lissabon beobachtet Forster, wie Da Costa Ines belästigt. Er verfolgt Gruber in einen Park, wo er Gardiner, den amerikanischen Schriftsteller, trifft. In Gardiners Wohnung entdeckt Forster kompromittierende Fotos von Gruber. Bevor er Gardiner zur Rede stellen kann, erscheint Klaus Hoffmann und schlägt ihn bewusstlos.
Nach den Herausforderungen in New York und Maine wurde Klaus von Lt Commander Gardiner von der US Navy verhört. Gardiner hat einen Plan, um den Krieg zu beenden. Drei Wochen sind vergangen, seit Klaus in Lissabon ankam, und neun Monate seit seiner ersten Begegnung mit Forster in La Rochelle. Forster behauptet, Beweise dafür zu haben, dass die Wolfram-Verhandlungen zwischen Portugal und Deutschland illegal sind, da der Handel von Becks wissenschaftlicher Expertise abhängt. Gardiner sieht eine Chance, den Krieg zu beenden, wenn Deutschland kein Wolfram mehr für Kriegsmunition hat.
In Kiel lädt Gruber Wilhelm ein, einen Vortrag in Lissabon zu halten und gibt ihm Klaus' Torpedo-Zeitschaltuhr. Hannie und Albrecht trennen sich nach einem Streit über Klaus, den Namen Hoffmann und ihren unerfüllten Kinderwunsch. Kurz darauf macht Schulz Hannie Avancen. Der Konvoi „Perseverance“ ist auf dem Weg nach Gibraltar, um sich einem weiteren Konvoi anzuschließen. Swinburne und seine Offiziere feiern die Geburt von Mercers Sohn. Vor der Küste Westafrikas wartet die „U-949“ auf eine Lieferung von einem japanischen U-Boot.
Erdmann und Buchner verkleiden sich als König und Frau Neptune, um die Moral der Crew zu heben. Im betrunkenen Zustand offenbart Harry, dass Pauli ein begnadeter Taschendieb ist, was Buchner klarmacht, wie sein Notizbuch am ersten Tag verschwinden konnte. In der Nacht signalisiert das japanische U-Boot der „U-949“, dass die Ladung fünf Tonnen wiegt. Ehrenberg wirft ein Seil aus, und Meierjohann, Pauli und Harry machen die Übertragung mit einem Floß. Willi ist an Deck, um das Seil zu ziehen, obwohl seine Handverletzung sich verschlimmert hat. Als er das Seil fallen lässt, ergießen sich Goldbarren aufs Deck. Auf dem U-Boot wirft eine schwingende Kiste Pauli über Bord. Harry springt hinein, um ihn herauszuziehen, gerät jedoch an die Grenze seiner Kräfte, als er auftaucht.
Japanische Matrosen retten Harry und Pauli. An Bord der „U-949“ werden die Goldkisten im Maschinenraum und unter den Betten verstaut. Auf dem Weg nach Portugal berechnen Buchner und Ehrenberg, dass sie mit einer Geschwindigkeit von 23 Knoten reisen müssen, um pünktlich zum Treffpunkt zu gelangen. Doch das zusätzliche Gewicht und das beschädigte Ruder verlangsamen sie. Ehrenberg schlägt vor, an der Oberfläche zu bleiben und die Tarfaya-Strömung zu nutzen, um Geschwindigkeit zu gewinnen.
Willi hat eine Infektion an der Hand, und Buchner behandelt den Abszess. In der Nähe der Kanarischen Inseln wird die „U-949“ von britischen Aufklärungsflugzeugen gesichtet. Auf der „Perseverance“ erweckt der Bericht, dass das U-Boot einen Knick in seiner Spur hat, erneut Swinburnes Interesse. Da der Konvoi noch nicht vollständig versammelt ist, hat er zwei Tage Zeit und plant, „Herr Zigzag“ ohne Luftunterstützung zu verfolgen.
In Kiel enthüllt Schulz Hannie seinen Plan, einen Parteimitglied auf jedes U-Boot zu schicken, um für sie zu spionieren. In Lissabon haben Bettina und Weiss eine Affäre. Gardiner geht zu dem Schließfach, in dem der Wolfram-Vertrag aufbewahrt wird. Als er den Schlüssel umdreht, explodiert eine Bombe und tötet ihn sowie weitere Personen in der Nähe. Forster wird verletzt und ist schockiert, dass Weiss ihn tot sehen will, obwohl Deutschland durch das neue Geschäft ohnehin Wolfram erhält.
Bei Ines zu Hause entfernt sie ein Schrapnell aus seiner Schulter und erklärt, dass Da Costa gedroht hat, die Situation für ihren Bruder, der wegen Protesten gegen den Wolfram-Abbau im Gefängnis sitzt, zu verschlimmern. Klaus bietet an, herauszufinden, warum Weiss Forster verraten hat. Er folgt ihm vom Konsulat zu Schröders und belauscht ihre Absprachen für die Ankunft eines U-Boots südlich von Lissabon. In der Nähe begrüßen die Grubers in Lissabon den Autor von „Fürchte nicht die Tiefen“, Kapitän Wilhelm Hoffmann.
In Kiel kämpft Greta darum, ihren Mann am Leben zu halten, obwohl er sein Leben beenden möchte. In Lissabon trifft Ines Wilhelm und erhält von ihm Klaus' Torpedotimer. Unterdessen planen Weiss und Bettina, die Goldladung vom U-Boot zu stehlen. Auf dem Radar der ''Perseverance'' wird das U-Boot mit einer Geschwindigkeit von 22 Knoten gesichtet, was Swinburne kaum glauben kann.
Als die ''U-949'' die Kanarischen Inseln passiert, entdeckt Ehrenberg die ''Perseverance''. Er und Buchner sind schockiert, dass es das gleiche Schiff ist, das sie zuvor verfolgte. Während das Boot in einem Notsturz taucht, stürzen die Goldbarren aus ihren Kisten. Trotz Schäden fordert Ehrenberg zur Kapitulation auf, doch Buchner plant einen Bluff. Er lässt Torpedo drei laden und bringt die ''U-949'' an die Oberfläche, parallel zum Zerstörer.
Buchner und Ehrenberg tauschen ihre Uniformen, und außer diesen beiden und Willi verlässt die gesamte Crew das Boot. Von der ''Perseverance'' aus bemerkt Mercer, dass keine weiße Flagge gehisst ist. Swinburne nimmt mit seinem Boarding-Team Kontakt auf und begrüßt Ehrenberg, da er ihn für den Befehlshaber hält. Im Torpedoraum kriecht Pauli aus Rohr eins und wartet auf das Signal. Im Wasser gibt Buchner den Befehl, zum Heck zu schwimmen. Mercer ist alarmiert, als das U-Boot seinen Bug auf die ''Perseverance'' richtet.
Buchner und seine Crew singen das Lied ''Erika'', während Pauli den Torpedo abfeuert, die ''Perseverance'' zerstört und viele, einschließlich Mercer, tötet. Swinburne ist entsetzt, während die Mannschaft der ''U-949'' jubelt. Nachdem die ''U-949'' die Kontrolle wiedererlangt und die britische Crew gerettet wurde, lobt Swinburne Ehrenberg für seine Fähigkeiten, weist aber darauf hin, dass der Sieg unehrenhaft sei. Ehrenberg erwidert, dass der Krieg uns alle der Ehre beraubt.
Als die ''U-949'' die neutralen Gewässer Portugals erreicht, erklärt Swinburne, dass er die Verantwortung für den Verlust seines Schiffes übernimmt und mit seiner Crew in den Tod gehen wird. Ehrenberg salutiert ihm. Während die ''U-949'' taucht, bindet sich Swinburne an den Turm und rezitiert den Psalm der Seeleute, Psalm 107.
Das U-Boot "U-949" setzt die britische Besatzung an der Küste von Portugal aus. Forster vermutet, dass Weiss plant, das Gold zu stehlen und bittet Ines, Da Costa zu warnen. In der Nacht warten Forster und Klaus an der Bucht. Weiss und Schröder kommen mit Lastwagen an. Buchner steigt von "U-949" und fragt Weiss nach dem Passwort "Danzig". Die Mannschaft bildet eine Reihe, um die Goldbarren in die Lastwagen zu laden. Pauli scherzt mit Schröder um Hilfe, aber der beleidigte ehemalige U-Boot-Offizier nimmt es übel. Während Weiss die Crew mit Bier belohnt, entdeckt Klaus eine schematische Zeichnung eines U-Boots in einem Lastwagen und warnt die Crew vor Gefahr. Buchner befiehlt den Rückzug. Schröder zielt mit seiner Waffe auf Pauli und beschimpft ihn mit den Worten: "Ihr seid keine echten U-Boot-Männer!" Klaus überwältigt ihn. Buchner erscheint im Turm und Klaus salutiert ihm respektvoll, woraufhin Buchner den Gruß erwidert. Da Costa trifft rechtzeitig ein, um den Konflikt zu beenden und nimmt fünf Goldbarren für sich. Danach informiert er Gruber, dass die portugiesischen Behörden das Gold für das Wolfram erhalten haben. Bettina ist erschüttert, dass der Plan gescheitert ist und Weiss tot ist. Klaus bittet Gruber, seine Flucht aus Amerika zu inszenieren, dann vereint er sich mit seinem Vater. Wilhelm ist entsetzt über Forsters Weigerung, die Verantwortung für die Gräueltaten in Frankreich und Polen zu übernehmen. Auf "U-949" stirbt Willi einen sinnlosen Tod. Buchner hat eine Idee für das Emblem ihres Bootes – eine Kanalratte, was Pauli und Harry erfreut. In Kiel ankommend, bleibt Buchner ungerührt gegenüber Schulz' Andeutungen über sechs fehlende Goldbarren. Das Boot wird durchsucht, aber kein Gold wird gefunden. Harry, Pauli und Bernd fühlen sich enttäuscht, wie Diebe behandelt worden zu sein. Als Harry einen Witz über Pauli macht, der das Gold gestohlen hat, lächelt Pauli schelmisch. Ehrenberg freut sich, Greta wiederzusehen, aber seine Hoffnungen werden zerstört, als Fanny mit ihrem Vater erscheint. In Lissabon zeigt Forster Bettina die zwei Tickets nach Brasilien, die bei Weiss gefunden wurden, und enthüllt, dass er weiß, dass sie und Weiss planten, Dorfmann zu töten. Betrunken kehrt Ehrenberg zu seinem Boot zurück und trifft Klaus am Pier; sie umarmen sich tränenreich. Forster raucht seine letzte Zigarette und begeht Selbstmord. Da Costa befiehlt, ihn ohne Identität zu beerdigen.