Die bunt gemischte Truppe der menschlichen Überlebenden befindet sich noch immer auf der Flucht vor ihren cylonischen Verfolgern. Alle 33 Minuten müssen sie ihre Position wechseln, um von den Cylonen nicht geortet zu werden. Lange werden sie das gefährliche Spiel nicht mehr gewinnen können, denn die Crew befindet sich nach über 130 Stunden auf den Beinen am Rande der Erschöpfung.
Endlich ist die Flotte den Cylonen entkommen. Doch die Gefahr ist noch immer nicht gebannt: Ein Saboteur treibt auf dem Schiff sein Unwesen. Nach und nach sprengt er die Wasservorräte der Galactica, sodass über die Hälfte verloren geht. Wird der Übeltäter noch rechtzeitig gefunden werden?
Um die Wasservorräte wieder aufzufüllen, muss Eis von einem Mond aufs Schiff gebracht werden. Die Insassen eines Gefangenentransports sollen diese harte Arbeit übernehmen und dafür ihren alten Status als freie Bürger zurückzuerlangen. Doch deren Anführer schmiedet bereits ganz andere Pläne!
Bei einem Unfall auf dem Kampfstern Galactica sterben 13 Piloten. Das Ereignis ruft bei Lieutenant Kara Starbuck Erinnerungen an ihren ehemaligen Geliebten Zak wach, der wegen seiner Unerfahrenheit während eines Kampfeinsatzes ums Leben kam. Kara fühlt sich als Ausbilderin der Piloten für seinen Tod verantwortlich und schwört sich, dass ihr solch ein Fehler nie wieder passieren wird.
Kurz nachdem Starbuck Commander Adama ihre Mitschuld an dem Tod seines Sohnes gesteht, wird das Schiff von Cylonen angegriffen. Starbuck stürzt sich in den Kampf und kehrt nicht zurück. Doch der Commander ist nicht bereit, sie aufzugeben. Mit allen Mitteln will er die junge Frau wiederfinden, tot oder lebendig.
Nach einem Selbstmordattentat durch einen Cylonen-Klon gibt Präsidentin Roslin bekannt, dass die Cylonen die Gestalt von Menschen annehmen können. Ab da herrscht absolutes Misstrauen auf der Galactica, insbesondere Tyrol wird verdächtigt, ein Agent der mechanischen Feinde zu sein.
Baltar arbeitet immer noch fleißig an seinem Cylonendetektor. Plötzlich taucht eine Frau auf der Galactica auf, die aussieht wie Nummer 6. Sie behauptet, beweisen zu können, dass er die Menschheit an die Cylonen verraten hat. Wird seine Schuld nun endgültig ans Licht kommen?
Ein weiterer Agent der Cylonen wird enttarnt. Adama will den gefährlichen Feind unverzüglich exekutieren lassen, doch Roslin besteht auf ein Verhör. Zu Recht: Denn der Cylone hat einen nuklearen Sprengstoff auf einem der Flottenschiffe versteckt. Werden sie den Sprengsatz noch rechtzeitig entdecken?
Colonel Tigh ist wie versteinert als seine verloren geglaubte Frau wie aus dem Nichts in der Flotte auftaucht. Sie sagt, sie sei bei dem Angriff der Zylonen verletzt worden und lag seitdem im Koma.
Die Präsidentin hält eine Pressekonferenz und wird vor laufenden Kameras von Visionen übermannt. Als die Galactica auf eine Zylonenbasis trifft, wird ein wagemutiger Angriff auf die Station gestartet. Baltar, als Experte für die Zylonen, soll bei der Planung helfen.
Die bevorstehende Wahl eines neuen Vizepräsidenten gibt dem ehemaligen Terroristen Tom Zarek die Möglichkeit, an politischer Macht zu gewinnen. Er stellt sich zur Wahl.
Nachdem die Galactica den Planeten Kobol entdeckt hat, muss die Besatzung feststellen, dass sich dort Zylonen befinden. Beim Versuch, auf Kobol zu landen, werden mehrere Raptors der Galactica zerstört und einer zur Bruchlandung gezwungen.
