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Oswalda Cobblepot ist Besitzerin und Sängerin der Iceberg Lounge in Gotham City. Sie hat sich in der kriminellen Unterwelt als "der Pinguin" einen Namen gemacht. Ihr Ziel ist es, ihren Rivalen, den Mafiaboss Rupert Thorne, auszuschalten, indem sie die Lagerhäuser seiner Organisation zerstört. Doch Thorne überlebt dank einer undichten Stelle in Oswaldas Umfeld. Oswalda verdächtigt ihren jüngsten Sohn Aaron und tötet ihn. Doch ihr ältester Sohn Ronald, der wahre Verräter, wendet sich an Jim Gordon, den Polizeipräsidenten der Gotham City Police Department, um Schutz zu bekommen.
Mit Unterstützung von Jims Tochter Barbara Gordon und einem geheimnisvollen Vigilanten namens Batman gelingt es Ronald, sicher das Polizeirevier zu erreichen. Oswalda beschließt jedoch, eine Rakete abzufeuern, um das Revier zu zerstören. Ohne ihr Wissen wird das Gebäude zuvor evakuiert. Batman schafft es, Oswalda zu fassen, erkennt jedoch später, dass er dadurch ein Machtvakuum in Gothams Unterwelt hinterlassen hat, das Rupert Thorne ausnutzen kann.
Detective Renee Montoya von der GCPD erhält den Auftrag, die verschwundene Schauspielerin Yvonne Frances zu finden. Ihre erste Spur führt sie zu einem erfolglosen Verhör mit Bruce Wayne. Schließlich begibt sie sich ins Filmstudio. Dort erfährt sie, dass Yvonnes Kollege Basil Karlo möglicherweise über sein Alibi gelogen hat. Bevor Montoya dies überprüfen kann, scheint Karlo jedoch ermordet worden zu sein.
Bei weiteren Recherchen stößt Montoya auf Karlos Unzufriedenheit mit seinem Aussehen. Dieses Schamgefühl führte dazu, dass er oft auf bestimmte Rollen festgelegt wurde und von Yvonne abgewiesen wurde. Karlo benutzte schließlich ein experimentelles Serum, um sein Gesicht zu verändern. Montoya und Batman entdecken schließlich, dass Karlo seinen Tod vorgetäuscht hat. Aus dem Wunsch heraus, in der Realität ein Bösewicht zu sein, entführte er Yvonne.
Montoya gelingt es, Yvonne aus Karlos Fängen zu befreien, während Batman Karlo überwältigt. Doch bevor Montoya den Schauspieler festnehmen kann, verschwindet Batman spurlos.
In einem Museum, das die Juwelen der Elite von Gotham ausstellt, trifft Bruce auf eine Erbin namens Selina Kyle, besser bekannt als Catwoman. Sie zeigt Interesse an den Perlen seiner verstorbenen Mutter, Martha Wayne. Als Bruce einen Besucher, der seine Eltern beleidigt, angreift, wird ihm ein Monat Therapie bei Dr. Harleen Quinzel verordnet.
Zur gleichen Zeit gerät Selina Kyle in finanzielle Schwierigkeiten und beginnt, Juwelen zu stehlen. Dabei nimmt sie die Identität der Catwoman an. Nachdem Batman sie ertappt und enttarnt hat, lässt sie sich von ihm inspirieren: Sie verbessert ihr Auto und beginnt, mit technischen Hilfsmitteln zu arbeiten. Gotham's Staatsanwalt Harvey Dent, bekannt als Two-Face, holt sie aus dem Gefängnis, sodass sie ihre kriminellen Aktivitäten fortsetzen kann.
Bruce vermutet, dass Kyle die Perlen seiner Mutter stehlen wird und lässt das Museum frühzeitig schließen, um Catwoman anzulocken. Sie wird erneut erwischt und ist verzweifelt, als sie erfährt, dass ihre Hausangestellte Greta ihre Sachen verkauft hat und ihr nicht helfen will, aus dem Gefängnis zu kommen.
Nach der Anordnung von Bürgermeister Jessop zur Einrichtung einer Taskforce gegen Batman, wählt Gordon Montoya als Leiterin aus. Mit den Erkenntnissen von Dr. Quinzel bewaffnet, setzen die korrupten GCPD-Detektive Harvey Bullock und Arnold Flass einen maskierten Kriminellen namens Firebug als Köder ein, um Batman anzulocken. Im Rahmen ihres Plans lassen sie Firebug einen Brand legen. Batman taucht auf, um Zivilisten zu retten und entkommt dabei den korrupten SWAT-Beamten unter Bullocks und Flass' Führung.
Bullock und Flass beseitigen Firebug, um ihre Spuren zu verwischen, während Batman widerwillig mit Jim Gordon zusammenarbeitet, der die Methoden der Taskforce missbilligt, um die verbleibenden Zivilisten zu retten. Nachdem Batman erneut spurlos verschwindet, werden Bullock und Flass von Jessop als Helden gefeiert und mit der Leitung der Batman-Taskforce beauftragt, während Jim Gordon nur knapp seinen Job behält.
Nachdem mehrere wohlhabende Geschäftsleute plötzlich ihr Vermögen an wohltätige Organisationen spenden und verschwinden, wird Barbara misstrauisch gegenüber ihrer Freundin und Ärztin, Dr. Quinzel. Tatsächlich hat Quinzel die clownhafte Identität Harley Quinn angenommen und foltert die Geschäftsleute in einem Versuch, ihre Gedanken zu "korrigieren". Barbara und Batman folgen ihrer Spur in den Keller eines ihrer Patienten. Dort werden sie überwältigt, und Batman wird bewusstlos geschlagen, bevor das Haus zur Explosion vorbereitet wird.
Doch Batman erlangt das Bewusstsein zurück und rettet Barbara. Quinzel jedoch stürzt in den scheinbaren Tod, und Batman kann sie nicht retten. Quinzel überlebt den Vorfall und ruft Montoya an, um ein Date abzusagen und mitzuteilen, dass sie Gotham vorübergehend verlassen wird.
In Gotham ereignet sich eine Serie rätselhafter Überfälle durch einen geisterhaften Reiter, die die politische Kampagne von Dent als Bürgermeister gefährden. Diese Verbrechen geschehen unter seiner Aufsicht und werfen einen Schatten auf sein Ansehen. Obwohl Thorne ihm eine Spende anbietet, zögert Dent, diese anzunehmen. Gleichzeitig steht Batman vor der Herausforderung, den Geist direkt zu bekämpfen.
Nachforschungen bringen Batman zu der Erkenntnis, dass es sich bei dem Geist um den Gentleman Ghost|Jim Craddock handelt. Dieser war der spielsüchtige ehemalige Besitzer eines alten Anwesens, das kürzlich von Bruces Freund, Lucius Fox, erworben wurde. Batman erhält Unterstützung von Papa Midnite|Linton Midnite, der empfiehlt, das Anwesen zu opfern und das Blut eines Adligen zu verwenden, um Craddock hervorzulocken.
In einem dramatischen Wendepunkt wird Alfred Pennyworth, Batmans treuer Butler, von Craddock besessen. Doch Batman gelingt es, mithilfe von Alfreds Blut das Ritual zu vollenden und den Geist in einem Fläschchen einzufangen. Das Fläschchen übergibt er schließlich an Midnite. Am Ende entscheidet sich Dent, die Spende von Thorne anzunehmen, während der Spuk in Gotham ein Ende findet.
Jim hat Angst, dass jemand ein Kopfgeld auf ihn ausgesetzt hat, nachdem Attentäter wie Deadshot und Onomatopoeia nach Gotham kommen und der erstere es fast schafft, ihn zu töten. Widerwillig lässt er sich von der Polizei zu einem sicheren Versteck in Wayne Gardens bringen, aber Onomatopoeias Gruppe spürt sie auf. Währenddessen erfährt Batman, dass der Auftrag von einem Insassen des Blackgate-Gefängnisses namens Muller erteilt wurde, und verfolgt Jims Schutztruppe.
Batman kann die Angreifer nur knapp abwehren und enthüllt Jim, dass es tatsächlich Barbara ist, die das eigentliche Ziel des Anschlags war. Währenddessen versucht Officer Jim Corrigan, die Prämie selbst zu kassieren, wird jedoch von Jim überwältigt und verhaftet. Später gesteht Muller, dass er den Anschlag befohlen hat, weil er bessere Haftbedingungen im Gefängnis für sich beansprucht.
Während eines Wohltätigkeitskarnevals zur Unterstützung von Dents Kampagne verschwinden mehrere Waisenkinder spurlos. Batman entdeckt bald, dass die Verantwortliche Natalia Night ist, die jüngere Schwester des Erfinders Anton Night. Sie leidet an einer mysteriösen Krankheit, die nur gelindert werden kann, indem sie Energie von Menschen abzieht, was ihr übernatürliche Stärke verleiht. Nachdem sie mit ihrem Bruder Anton aneinandergeraten ist und ihn aufgrund seines vermeintlich kontrollierenden Verhaltens angegriffen hat, setzt sie ihre Angriffe fort, bis Batman sie aufhält. Er macht ihr klar, dass sie Anton unabsichtlich getötet hat, der noch vor seinem Tod Batman gebeten hatte, Natalia zu stoppen. Batman bringt Natalia in Sicherheit, während ihre Opfer zur Erholung in ein Krankenhaus gebracht werden.
Parallel dazu trifft Dent auf Thorne, um dessen Spende entgegenzunehmen. Dent lehnt jedoch die Bedingung ab, die Anklage gegen Thornes Freund fallen zu lassen. Aus Rache wirft Thornes Assistent eine Säureflasche auf Dents Gesicht und verletzt ihn.
Nach dem Angriff verliert Dent seine Bürgermeisterkandidatur und bleibt mit einer dauerhaft vernarbten Gesichtshälfte zurück, was ihn zunehmend unsicher macht. Bruce versucht, ihn mit einem Ausflug in die Stadt aufzumuntern. Doch ein misstrauischer Dent hat einen Ausraster in einem Restaurant. Alfred tadelt Bruce für seinen missglückten Versuch, zu Dent durchzudringen. Auf der Suche nach Gerechtigkeit gegen diejenigen, die ihm Unrecht getan haben, beginnt Dent einen gewaltsamen Feldzug in Gotham und schaltet dabei mehrere von Thornes Männern aus. Bevor er jedoch Thorne selbst verletzen kann, greift Batman ein. Von Schuldgefühlen geplagt, kommt Dent zur Besinnung und begibt sich freiwillig nach Arkham Asylum. Dort erfährt er, dass sich Barbara bereit erklärt hat, seine Anwältin zu werden.
Barbara erklärt Dent, dass sie bereit ist, ihm zu helfen, da sie glaubt, er sei auf die schiefe Bahn geraten. Gleichzeitig planen Thorne's Männer, Bullock und Flass, Rache an Dent zu nehmen. Barbara und Batman setzen alles daran, in Kontakt zu bleiben und schließen sich mit Jim und Montoya zusammen, um Dent zu schützen, damit er vor Gericht aussagen kann.
Bei einem Kampf an den Docks opfert sich Dent jedoch, um Barbara vor Flass zu retten. In seiner Wut droht Batman, Flass zu erschießen. Schließlich verschont er ihn dennoch. Alfred beruhigt Batman daraufhin und sagt ihm, dass, obwohl er Dent nicht erreichen konnte, seine eigene Menschlichkeit noch intakt ist.
An anderer Stelle geht ein geheimnisvoller Mann um, der eine Reihe von Opfern mit einem Gift tötet, das sie unkontrolliert lachen lässt.