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Ein Massengrab mit fünfzehn Leichen aus der Druckerei der Roten Festung wird entdeckt, und Gereon übernimmt die Ermittlungen in dem Fall von Hinrichtungsmorden bei der Mordkommission. Charlotte liefert Gereon den Frachtbrief, der die ursprüngliche Wagennummer des Sorokin-Goldes zeigt. Das Ermittlungsteam der Mordkommission identifiziert den mysteriösen Priester als den Heiligen Joseph Wilczek, der ermordet aufgefunden wurde. Nyssen wird rechtzeitig aus dem Gefängnis entlassen, um an einer Vorstandssitzung der Nyssen AG teilzunehmen. Dort muss er jedoch feststellen, dass er von seiner Mutter aus dem Vorstand entfernt wurde. Helga und Moritz überraschen Gereon mit ihrer Ankunft in Berlin, nachdem sein Bruder Anno offiziell als gefallen im Einsatz erklärt wurde.
Gereon und Helga erleben einen Neuanfang in ihrer Beziehung, doch Moritz ist damit nicht einverstanden. Währenddessen belauscht Charlotte im Moka Efti ein Treffen zwischen Trokhin, Wendt und Zorgiebel, das sich um den beschlagnahmten Zug dreht. Greta spricht mit Fritz, der an dem Trauerzug für die bei der Unruhen getöteten Frauen teilnimmt. Im Zuge der Ermittlungen verhaftet Gereon die sowjetischen Botschaftsattachés Selenski und Fallin, nachdem ballistische Beweise die Sowjets mit dem Massaker in Verbindung bringen.
Stephan überwacht ein geheimes Treffen, bei dem Wendt den Standort des Zuges verrät. Später konfrontieren Benda und Gereon Trokhin mit den Beweisen des Massakers. Benda macht Trokhin ein Angebot: Er deckt den Vorfall ab, wenn Trokhin im Gegenzug Informationen über die Black Reichswehr-Personen liefert, die für die illegalen Waffenlieferungen verantwortlich sind.
Gleichzeitig untersucht Böhm den Mord an einem Mann namens Saint Josef. Tragischerweise wird Stephan von unbekannten Angreifern getötet, bevor er seine Informationen weitergeben kann.
Um Selenski und Fallin freizulassen, übergibt Trokhin Gereon Beweise dafür, dass Beck und Seegers eine geheime deutsche Luftwaffe in Lipetsk aufbauen. Nach einem Hinweis des Armeniers hört Gereon eine Radiosendung von Dr. Schmidt, in der über psychiatrische Behandlungen gesprochen wird. Gereon und Graf fliegen nach Lipetsk, um fotografische Beweise für die geheime Luftbasis zu sammeln. Gereon erinnert sich dabei an seine Erlebnisse mit dem Mord an Saint Josef. Benda informiert Minister Gustav Stresemann über die Untersuchung der Schwarzen Reichswehr. Stresemann zeigt sich interessiert und entgegenkommend gegenüber dem Anliegen.
Moritz entdeckt Stephans Leiche in den alten LUX-Fabriken. Die Mordermittler befragen Gereon und Bruno, nachdem ballistische Beweise zeigen, dass dieselbe Waffe sowohl Saint Josef als auch Stephan getötet hat. Gereon und Bruno verdächtigen einander gegenseitig. Um Helga und Moritz in Sicherheit zu bringen, zieht Gereon mit ihnen von Brunos Haus in ein Hotel um. Unterdessen besucht Fritz Greta in Bendas Haus.
Gereon bittet Charlotte um Hilfe bei der Übersetzung von Stephans Stenografietagebuch, das er in Brunos Haus gefunden hat. Plötzlich wird Charlotte von einer bekannten Gestalt von den Bahngleisen entführt, die offenbar mit unbekannten Angreifern in Verbindung steht.
Charlotte wird von den Armeniern festgehalten und im Kühlschrank des Moka Efti eingesperrt, nachdem sie Fragen zum Sorokin-Gold nicht beantworten kann. Behnke findet ein Importgenehmigungsformular für einen Zug unter Gereons Bett im Wohnheim. Benda überzeugt das Preußische Gericht, Verhaftungen von Seegers, Beck und weiteren Mitgliedern der Schwarzen Reichswehr zu genehmigen. Bruno zeigt Moritz, wie man mit einem Gewehr schießt, nachdem er im Keller des Wohnblocks der Wolters ein Waffenlager entdeckt hat.
Benda und Gereon verhören die Schwarze Reichswehr. Bruno und die Schwarze Reichswehr setzen Operation Prangertag in Bewegung, ein Regierungsumsturzplan, um Erich Ludendorff zum Kanzler zu machen und den Kaiser Wilhelm II. wieder einzusetzen. Greta wird Zeugin, wie Fritz vor dem KPD-Büro von der Polizei erschossen wird. Gereon stellt Svetlana Fragen zum Sorokin-Gold. Nachdem er einen detaillierten Artikel von Katelbach über die Schwarze Reichswehr gelesen hat, trifft Gereon sich zusammen mit Katelbach mit dessen Informanten.
Kurz vor dem Treffen mit Gereon wird der Informant von Katelbach ermordet. Gereon und Benda nehmen General Seegers ins Verhör, noch bevor alle verhafteten Offiziere freikommen. Otto erzählt Greta, dass Fritz von Bendas Leuten umgebracht wurde. Greta schwört, alles zu tun, um Rache zu nehmen. Im Rahmen von Operation Prangertag versuchen Bruno und Scheer, die deutschen und französischen Außenminister zu ermorden, werden jedoch durch Gereons Eingreifen gestoppt. Charlotte übersetzt das Tagebuch von Stephan und berichtet dem Armenier von einem Zugüberfall. Vor der Pressekonferenz kommt Präsident Hindenburg an, enthebt General Seegers seines Amtes und ordnet an, den Zug der Sowjetunion zurückzugeben.
Gereon und Charlotte informieren Benda über den geplanten Zugüberfall. Entgegen Bendas Anweisung versuchen sie, den Raub zu verhindern. Währenddessen ermöglicht Greta Otto, eine Bombe in Bendas Heimbüro zu platzieren. In einer dramatischen Wendung wird Charlotte gezeigt, wie sie in einem Auto mit Gereon von Bruno von der Straße gedrängt wird, woraufhin das Fahrzeug in einen See stürzt und sie zu ertrinken droht.
Greta aktiviert die Bombe und plant, aus Berlin zu fliehen. Doch als sie am Bahnhof auf Fritz trifft, der nun eine SA-Uniform trägt, ändert sie ihre Meinung. Sie eilt zurück zum Haus von Benda, um die Explosion zu verhindern. Zu spät erreicht sie den Ort, um die Detonation aufzuhalten, die sowohl den Ratsherrn August Benda als auch seine Tochter Margot das Leben kostet.
Gereon hat Charlotte erfolgreich wiederbelebt. Henning und Czerwinski holen Gereon ab und steigen mit ihm in den Zug ein. Bruno und die Schwarze Reichswehr stoppen den Zug, werden jedoch von der armenischen Gang überfallen. Gereon stellt Bruno im Zug zur Rede und erfährt, dass das Gold tatsächlich eine Fälschung ist. Henning und Czerwinski betäuben die armenische Gang mit Narkosegas, während Bruno den Zug startet. Nach einem Kampf zwischen Gereon und Bruno auf dem Zugdach verursacht Bruno eine Gasexplosion und stirbt dabei.
Wendt wird zum neuen Leiter der Politischen Polizei ernannt und möchte, dass Gereon inoffiziell eine neue geheime Abteilung leitet, die intern politische Vergehen und Korruption untersucht. Charlotte wird zur stellvertretenden Mordkommissarin befördert.
Während sie das Sorokin-Gemälde in Svetlanas Wohnung ansehen, erkennen Gereon und Charlotte, dass Svetlana eine Betrügerin ist und der runde Container des Güterwagens, nicht dessen Inhalt (das gefälschte Gold), aus purem Gold gefertigt ist. In Paris beobachtet Kardakov, wie Svetlana in einem Kabarett singt.
Gereon wird von einer Gruppe der KPD unter der Leitung von Dr. Volcker attackiert, aber vom Armenier gerettet und zu Dr. Schmidt gebracht. Unter Hypnose erkennt Gereon die Wahrheit: Er hat nicht versucht, seinen Bruder Anno zu retten, der im Niemandsland verletzt wurde, sondern ist tatsächlich geflohen. Dr. Schmidt, der schwer vernarbt ist, stellt sich als Gereons Bruder Anno heraus.