Akte X - Die unheimlichen Fälle des FBI

Scully wird in ihrem Büro bewusstlos aufgefunden. Im Krankenhaus berichtet sie Mulder von ihren Visionen einer Zukunft, in der die Apokalypse durch den Krebskandidat ausgelöst wird. Scully besteht darauf, dass ihr gemeinsamer Widersacher nicht tot sei und schickt Mulder nach South Carolina, um ihn zu finden. Während seiner Nachforschungen trifft Mulder auf Mr. Y und Erika Price, zwei frühere Mitglieder des Syndikats, die das Überleben der Menschheit durch Kolonien im All sichern wollen.

Mulder und Scully werden von Richard Langley kontaktiert, einem der drei Einsamen Schützen, die eigentlich bereits seit 2002 tot sein sollen. Wenig später müssen die beiden FBI-Agenten Hals über Kopf aus Mulders Haus flüchten, als sie von schwarz gekleideten Truppen beschossen werden. Durch Skinner halten Mulder und Scully Zugang zu den X-Akten, die in den vergangenen Jahren ausgerechnet durch eine russische Firma digitalisiert wurden. Auch die Männer, die hinter den beiden her waren, sprachen mit russischem Akzent.

Ein junger Mann verunglückt schwer mit seinem Auto und sagt den Behörden gegenüber aus, dass er von seinem eigenen Doppelgänger verfolgt worden sei. Mulder hat eine ganze Rehe von Berichten über ähnliche Fälle auf dem Schreibtisch, die ihn und Scully schließlich zu den Poundstone-Zwillingen führen. Die telepathisch miteinander verbundenen Geschwister spielen ein schier endloses Galgenmännchen-Spiel – mit grausamen Folgen.

Special Agent Reggie Purdue behauptet, auf eine große Verschwörung gestoßen zu sein: Ein gewisser Dr. Sie soll in der Lage sein, das menschliche Erinnerungsvermögen zu manipulieren. Dana Scully und Fox Mulder haben tatsächlich Erinnerungen an etwas, wofür sie im realen Leben jedoch keine Beweise finden. Vor allem Mulder lässt sich immer tiefer auf Reggies Geschichte ein.

Die Teenager Brianna und Sarah werden mit üblen Verletzungen, die sie sich gegenseitig zugefügt haben, ins Krankenhaus eingeliefert. Beide behaupten, ein unheimliches Wesen namens Ghouli gesehen zu haben, welches sie angegriffen habe; von der jeweils anderen wissen die Mädchen jedoch nichts. Es stellt sich heraus, dass beide mit Jackson Van de Kamp befreundet waren. Mulder und Scully heften sich daraufhin an seine Fersen.

Skinner wird von seiner Vergangenheit eingeholt und verschwindet. Scully und Mulder stoßen auf der Suche nach ihm in seiner Wohnung auf ein abgeschnittenes Ohr. Da das Ohr in eine Zeitung von Mud Lick eingewickelt ist, fahren sie nach Kentucky und begegnen dort einem Obdachlosen, der wirr von einem Kätzchen redet. In der Leichenhalle finden sie schließlich eine Leiche, der ein Ohr fehlt; Skinner jedoch bleibt weiterhin spurlos verschwunden…

Mulder und Scully sind in einem Sushi-Restaurant, in dem Mulder ständig per SMS aufgefordert wird, Trinkgeld zu geben. Auf dem Heimweg nimmt Scully einen fahrerlosen Fahrservice in Anspruch, der jedoch verrückt spielt; auch Mulders Navi macht, was es will. Zu Hause angekommen wird Scully Opfer einer Computeranlage, die alle Funktionen in ihrem Haus übernimmt, während Mulder von Drohnen attackiert wird. Wer spielt den Agenten derart übel mit?

In einer Kleinstadt wird die zerfetzte Leiche eines Jungen gefunden; die örtliche Polizei geht von einem Tierangriff aus. Scully glaubt an Mord und erstellt ein Täterprofil, während Mulder entdeckt, dass in der Stadt im 17. Jahrhundert eine Hebamme der Hexerei beschuldigt worden und vor den Augen der Anwohner von selbst in Flammen aufgegangen ist. Zudem findet er am Tatort Salz und vermutet, es sei ein magischer Kreis errichtet worden. Wenig später gibt es ein zweites Opfer…

Eine männliche Leiche, der völlig unprofessionell Organe entwendet wurden, wird aufgefunden. Die Organe finden sich wenig später in einer Kühlbox vor der Notaufnahme eines Spitals wieder. Als es im Krankenhaus zu zwei weiteren Morden kommt, führt die Spur Dana Scully und Fox Mulder zu einer Sekte, die ewige Jugend erreichen will.

Mulder begibt sich auf die Spur von William, während Scully über Ted O’Malleys Internet-Magazin die Öffentlichkeit über die drohende Pandemie informiert. Nicht nur der Krebskandidat ist William auf der Spur, auch seine geheimnisvollen Gegenspieler um Erika Price. Mulder gelingt es schließlich seinen Sohn aufzuspüren, doch es kommt zu einer tödlichen Konfrontation, in die nicht nur Mulder und Scully, sondern auch der Krebskandidat, Monica Reyes und Skinner verwickelt sind.