Da er weiterhin nicht weiß, wer er ist, beginnt er die Suche nach seiner Vergangenheit. Bei einer Bank in der Schweiz startet er seine Nachforschungen, doch schon bald stoßen noch mehr Rätsel auf ihn. Nach mehreren Attentatsversuchen in der Bank flüchtet er in sein Hotel, um abzureisen. Um seinen Verfolgern zu entkommen, schließt er sich einer jungen Frau namens Marie an, die an einer Konferenz teilnimmt. Zusammen setzen sie die Suche nach seiner Identität fort und Marie verliebt sich zunehmend in ihn.
Durch verschiedene Entdeckungen und zurückkehrende Erinnerungen wird ihm klar, dass er wahrscheinlich ein international tätiger Profikiller ist, der unter dem Namen Jason Bourne bekannt ist. Trotzdem bleibt Marie an seiner Seite und glaubt fest an seine Unschuld. Sie überzeugt ihn, nicht aufzugeben und weiter nach den wahren Hintergründen zu suchen. Diese Nachforschungen führen die beiden tiefer in ein Netz aus Spionage und Terror, welches Jason an die Küste Frankreichs geführt hat.