Im Jahr 1491 in England hilft der abtrünnige Primary Andros der Armee, Olivia bei der Suche nach der Waffe der Primaries und bei der Ermordung der Primaries, die diese geschaffen haben. Jennifer wird als Hexe inhaftiert, aber Cole und Cassie befreien sie. Zusammen treffen sie auf Nicodemus, einen Gelehrten, der das Ouroboros-Artefakt erschuf. Nicodemus erklärt, dass Jennifer ihre Primary-Fähigkeiten behalten hat; die Primaries hatten sich nur vorübergehend entschlossen, nicht mit ihr zu kommunizieren, um Olivia nicht auf ihre Pläne aufmerksam zu machen.
Nicodemus zeigt ihnen den Standort der Waffe, die sich als Zeitmaschine entpuppt. Sie aktivieren die Maschine mit Die Glocke, aber Olivia und Andros kommen rechtzeitig an und deaktivieren sie. Olivia tötet Deacon, bevor sie die anderen töten kann, schickt Adler Cole aus dem Jahr 2043 eine persönliche Zeitmaschine. Cole, Cassie und Jennifer nutzen sie, um nach 2043 zu entkommen. Olivia zerstört jedoch die Waffe, verursacht einen massiven temporalen Paradox und sorgt dafür, dass Deacon endgültig tot ist und die Waffe für immer unzugänglich bleibt.
Im Jahr 2043 rät die ältere Jennifer ihrem jüngeren Ich, wieder auf ihre Visionen der Primaries zu hören.