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Im Jahr 2163 entdeckt Cole Titan, kurz bevor dieser nach 2047 reist. Bevor er Cassie retten kann, wird er von einer zukünftigen Version von sich selbst auf eine andere Zeitlinie gesprungen. Der zukünftige Cole rät ihm, die Suche nach Cassie aufzugeben und stattdessen nach Jennifer im frühen 20. Jahrhundert zu suchen.
Zukünftige Versionen von Cassie und Cole sprechen kurz darüber, welchen Weg das heutige Selbst von Cole nehmen muss. Im Jahr 1917 hat Jennifer eine Vision von den vier apokalyptischen Reitern—vier Mitglieder der Armee—die eine mysteriöse Box tragen.
Im Jahr 2163 ist Cassie schwanger und wird in Gefangenschaft gehalten. Magdalena, ein Mitglied der Armee, sorgt dafür, dass sie gesund bleibt, um den Zeugen zur Welt zu bringen. Mit Hilfe einer Zofe namens Arianna gelingt Cassie die Flucht. Sie springt von einem Vorsprung, in der Hoffnung, sich und den Zeugen zu töten. Magdalena nutzt jedoch eine tragbare Zeitmaschine, um in die Vergangenheit zu springen und ihr früheres Selbst zu warnen, das daraufhin Arianna tötet und Cassies Flucht vereitelt. Einige Monate später bringt Cassie den Zeugen zur Welt.
Im Jahr 1922 spielt Jennifer alleinige Theaterstücke in Paris, in der Hoffnung, dass Jones diese später in den historischen Aufzeichnungen bemerken und sie retten wird. Als einer der Reiter versucht, sie zu töten, tauchen Cole und Jones auf, töten den Angreifer und machen sich auf die Suche nach den anderen Reitern.
Im Jahr 2046 bringt Olivia Ramse zu seinem erwachsenen Sohn Sam, der kurz vor dem Tod steht, nachdem er von den Männern des Zeugen angegriffen wurde. Sam bittet Ramse, seinen Tod nicht durch Zeitreisen rückgängig zu machen und Olivia zu helfen, den Zeugen zu töten; anschließend hilft Ramse Sam beim Sterben.
Im Jahr 2047 beobachtet Cassie, wie ihr kleiner Sohn in eine mysteriöse Kiste gelegt und nach 1922 mit den vier Reitern gesendet wird. In 1922 töten Cole und Jones zwei weitere Reiter und stoßen auf die Kiste des Zeugen. Doch die vierte Reiterin, Magdalena, reist in die Vergangenheit zurück, um ihr früheres Selbst zu warnen. Dadurch kann sie die Zeitlinie zurücksetzen und alles rückgängig machen, was nach der Ankunft von Cole und Jones in 1922 passiert ist.
Cole, Jones und Jennifer kehren dann nach 2046 zurück. Jennifer nimmt Coles Angebot an, in 2046 zu bleiben. Ramse bringt die gefangene Olivia in die temporale Einrichtung und ruft nach Cole.
Im Jahr 2046 hat Jones Olivia gefangen und verhört. Als Olivia nicht redet, foltert Jones sie, indem er sie in eine Zeitschleife einsperrt, in der sie ständig aus der Existenz gesprengt wird. Da dies nicht zum gewünschten Ergebnis führt, entscheidet Cole, mit Olivia drei Monate in die Vergangenheit zu reisen und sperrt sie in einen Kerker, der der "Box" ähnelt, in der sie aufgewachsen ist. Nach einiger Zeit scheint Olivia gebrochen und stimmt zu, ihnen zu verraten, wie sie den Zeugen finden können.
Im Jahr 2047, in Titan, wird Deacon von Mallick, einem der Vollstrecker der Armee, vom Rande des Todes zurückgeholt. Während seiner Genesung streitet er mit einer Halluzination seines verstorbenen, missbräuchlichen Vaters über sein Leben, seinen Bruder und die Person, die er geworden ist. Sobald er vollständig geheilt ist, befiehlt Mallick ihm, Cassie von der Armee zu befreien.
Zurück im Jahr 2046 schickt Jones Cole und Ramse ins Jahr 2007, um den Zeugen zu töten. Es stellt sich heraus, dass Olivia Ramse über die Abstammung des Zeugen informiert hat und dass sie sich absichtlich dem Projekt Splinter auslieferte, um Jones zu manipulieren. Ihr wahres, geheimes Ziel war es, Ramse nach 2007 zu schicken, damit er Cassie töten kann.
Im Jahr 2046 hat Jennifer wiederholt Träume von einem sterbenden Mann in einer Kirche und beginnt, ihre Visionen zu zeichnen. Sie wird misstrauisch gegenüber Olivias Motiven und hinterfragt ihre wahren Beweggründe für den Beitritt zu Project: Splinter.
Unterdessen führen Ramse und Cole im Jahr 2007 eine Charade auf, bei der sie vorgeben, den Witness töten zu wollen. Tatsächlich plant Ramse jedoch heimlich, Cassie zu ermorden. Nach einem ersten gescheiterten Versuch erfährt Ramse durch ein Missgeschick von Cole den Standort von Cassie. Ramse entkommt Cole und begibt sich zu dem genannten Ort, nur um dort von Cole erwartet zu werden. Cole hatte ihn absichtlich in die Irre geführt, nachdem er Ramses eigentlichen Plan durchschaut hatte. Ramse offenbart dem schockierten Cole, dass der Witness sein und Cassies Sohn ist. Die beiden geraten in einen heftigen Streit, bei dem Cole Ramse tödlich verwundet. Vor seinem Tod versöhnt sich Ramse mit Cole und bittet ihn, keine Zeitreise zu unternehmen, um seinen Tod rückgängig zu machen.
Im Jahr 2047 schaffen es Cassie und Deacon, mithilfe von Mallick aus Titan zu entkommen. Sie kehren zur temporalen Anlage zurück und finden diese vollständig zerstört vor. Cassie entdeckt einen Hinweis aus der Vergangenheit, der zu Zeitreise-Verankerungen führt. Diese ermöglichen es ihr und Deacon, ins Jahr 2046 zurückzukehren, wo sie sich mit Cole wiedervereinigen.
Im Jahr 2046 beschließen Cole und Cassie, die Identität ihres Sohnes Athan geheim zu halten, selbst vor Jones. Jennifer schlägt einen ausgeklügelten Plan vor, um das "Wort des Zeugen" zu beschaffen. Sie soll sich dafür in das Jahr 1989 teleportieren und dort ihre eigene Mutter auf einer Auktion spielen. Cole und Cassie sollen so Zugang zum "Wort des Zeugen" erhalten, es kopieren und an seinen Versteckort zurückbringen, um die Kausalitätskette nicht zu unterbrechen.
Der Plan gerät außer Kontrolle, als Jennifer während der Auktion ihr Bietlimit überschreitet. Dies führt dazu, dass Leland Goines eingreift und Deacon die anderen Bieter als Geiseln nimmt. Während Cole und Cassie es nicht schaffen, das "Wort des Zeugen" zu finden, gelingt es Jennifer, es aufzuspüren und eine Kopie zu erstellen. Dabei kommt es zu einer kurzen Begegnung mit ihrem Vater und ihrem früheren Selbst aus dem Jahr 1989.
Zurück in 2046 befürchten Cole und Cassie, dass das "Wort des Zeugen" die wahre Identität des Zeugen preisgeben könnte. Doch Jennifer hat absichtlich einen Teil des "Wortes" beim Kopieren unkenntlich gemacht, um die Identität des Zeugen zu schützen.
Im Jahr 2046 werden Jennifers Visionen stärker. Auf Deacons Rat beginnt sie, mit ihnen zu sprechen. Cole und Cassie folgen einem Hinweis aus dem „Wort des Zeugen“ und reisen nach 1953. Dort rekrutieren sie FBI-Agent Gale, um ihnen zu helfen. Gale erfährt, dass mehrere im „Wort“ erwähnte Orte Schauplätze von Katastrophen sind und dort Menschen verschwinden. Cassie gibt sich als Frau aus, deren Mann bei einem Grubenunglück gestorben ist, um die Armee anzulocken. Ein mysteriöser Mann nimmt Kontakt auf und lädt sie zu einem Erweckungstreffen ein. Cassie teilt Gale mit, dass sie und Cole für seinen Tod im Jahr 1961 verantwortlich sein werden.
Bei dem Treffen stellt sich heraus, dass der mysteriöse Mann ein Missionar ist. Seine Frau ist die weibliche Botin namens Mantis, und sein Sohn ist der bleiche Mann. Ihr Sohn Athan, der zu dieser Zeit noch ein Junge ist, wird als Primärer offenbart. Er wählt ein Mitglied der Zuhörerschaft für die Armee aus und tötet dann die restlichen Anwesenden mit Giftgas. Cole und Cassie stehlen von einem Reiter eine persönliche Zeitmaschine und fliehen zurück ins Jahr 2046.
Cassie gesteht Cole, dass sie ihren Sohn, selbst nach dem, was sie gesehen hat, nicht töten kann. Cole erwidert, dass er es kann.
Im Jahr 2046 erfährt Jones, wie sie die persönlichen Zeitmaschinen stören und die Horsemen daran hindern kann, die Zeitlinie zurückzusetzen. Sie schickt ein Team nach 1953, um Athan zu töten. Cassie bittet jedoch darum, stattdessen nach 1990 geschickt zu werden. Dort bittet sie ihre Mutter, eine Psychiaterin, das "Wort des Zeugen" zu analysieren. Cassies Mutter kommt zu dem Schluss, dass der Autor tief verunsichert ist und das Töten hasst. Dies beruhigt Cassie, dass Athan kein Monster ist.
Zurück im Jahr 2046 entdeckt sie, dass Jones in die Vergangenheit gereist ist und gelernt hat, dass der Zeuge Cassies und Coles Sohn ist. Wütend über diesen Verrat sperrt Jones Cassie ein. Cassie stiehlt eine persönliche Zeitmaschine und reist nach 1953. Dort greift Jones' Team das Versteck der Armee an, um Athan zu finden. Hannah wird schwer verletzt, und Jennifer spricht kurz mit Athan, von Primär zu Primär. Cassie tötet Magdalena. Als Cole es nicht über sich bringt, Athan zu töten, bereitet sich Deacon darauf vor, aber Cassie erschießt ihn. Athan entkommt mit einem Horseman.
Cole stiehlt eine persönliche Zeitmaschine und reist mit Cassie auf der Suche nach Athan. Der Rest des Teams kehrt nach 2046 zurück, wo Jones und Deacon sich darauf vorbereiten, Cole und Cassie zu jagen.
Im Jahr 1879 ermutigt Sebastian, der Reiter, der Athan half, aus dem Jahr 1953 zu entkommen, Athan, seine Visionen in einem Dokument niederzuschreiben, das später zum "Wort des Zeugen" wird. Im Jahr 2046 hat Jones Schwierigkeiten, Cole und Cassie zu verfolgen, da sie durch die Zeit springen. Sie fragt Olivia um Rat, und diese informiert sie, dass Jennifer die beiden schützt, indem sie sie in die Irre führt. Bevor Jones sie finden kann, verschwindet Jennifer.
In London im Jahr 1899 besuchen Cole und Cassie einen Maskenball, der im "Wort" erwähnt wird. Sie treffen auf Sebastian, werden jedoch von Jones, Deacon und Hannah gefangen genommen. Cole versucht vergeblich, Jones davon zu überzeugen, dass Athan gerettet werden kann. Jennifer taucht auf und sorgt für eine Ablenkung, wodurch Cole, Cassie und Sebastian entkommen können. Sebastian teilt mit, dass er und Athan sich 1879 trennten, gibt ihnen aber die Adresse von Athans altem Zuhause. Er wird von Jones erschossen, um Cole und Cassie Zeit zu verschaffen, zu Athans Haus zu springen.
Zurück im Jahr 2046 sperrt Deacon Jennifer ein und lässt Olivia frei. Im Jahr 1899 nimmt ein erwachsener Athan Abschied von dem sterbenden Sebastian.
Im Jahr 1899 in London lesen Cole und Cassie Athans Tagebücher, um mehr über seine Vergangenheit zu erfahren. Athan hat die Fähigkeit, den Tod anderer vorherzusehen. Diese Gabe bringt ihn dazu, ständig zwischen den Epochen zu wechseln, um seinen Verstand zu bewahren. Doch eines Tages in London im Jahr 1891 funktioniert seine Zeitmaschine nicht mehr, und er ist dort gestrandet. Dort verliebt er sich in die Ärztin Eliza, deren Tod er nicht vorhersagen kann. Als Eliza stirbt, repariert er seine Maschine und versucht, ihren Tod zu verhindern, aber sie stirbt immer aus einem anderen Grund. Trotz hunderter Versuche, ihren Tod durch Zeitreisen zu verhindern, stirbt sie immer am gleichen Tag.
Athan reist in die 2000er Jahre und sucht Cassie um Rat. Sie hat gerade ihren ersten Patienten verloren und sagt, dass die Zeit wie ein Dieb ist und sie sich wünscht, sie könnte für immer stillstehen. Diese Worte inspirieren Athan, sein Schicksal als der Zeuge anzunehmen und die Zeit zu zerstören, damit er wieder mit Eliza vereint sein kann. Im Jahr 2046 versucht Jennifer, ihre Visionen zu verstehen. Sie erkennt, dass sie den sterbenden Mann, den sie gesehen hat, retten muss, und dieser hat eine Verbindung zu einem Mausoleum. Schließlich lässt sie sich von Jones mit der Zeitmaschine in ihre "Heimat" schicken. Im Jahr 1891 in London stellen Cole und Cassie sich Athan.
Im Jahr 1959 treffen Cole und Cassie auf Athan im House of Cedar and Pine. Sie versuchen, ihn davon zu überzeugen, dass er sein eigenes Schicksal wählen kann. Plötzlich taucht Jones mit ihren Truppen auf, die von Olivia über Ort und Zeit informiert wurden. Titan erscheint um das Haus herum. Jones schießt auf Athan und scheint ihn zu töten, doch Athan benutzt seine persönliche Zeitmaschine und verschwindet.
Mallick bringt Cole, Cassie und Jones zu Olivia, der neuen Anführerin der Armee. Dort wird enthüllt, dass Olivia und Mallick gemeinsam die Mitglieder von Project Splinter manipuliert haben, um den Zeugen zu finden und zu töten.
Unerwarteterweise taucht Athan wieder auf. In einem Rückblick wird gezeigt, dass er sich zu Jennifer im Jahr 2017 gespaltet hatte. Sie hatte medizinische Hilfe gerufen, um ihn zu retten. Athan verbrachte ein Jahr damit, ihr mit ihren Visionen zu helfen, bevor er 1959 zurückkehrte, um Cole, Cassie und Jones zu retten. Die drei fliehen zurück ins Jahr 2046, während Athan sich Olivia stellt. Er sagt ihr, dass sie und nicht er der wahre Zeuge ist. Geschockt tötet Olivia ihn und befiehlt, dass Titan nach 2046 versetzt und die Zeitanlage zerstört wird.
Im Jahr 2015 erhält der junge Cole von seinem Vater einen kryptischen Brief von seiner Mutter.