Im Jahr 2016 reist Cole zurück, um Jennifer und ihre Gruppe, die "Hyänen", zu treffen. Ihr Ziel ist es, den letzten Primären ausfindig zu machen. Zusammen gelingt es ihnen, den Anführer der Twelve Monkeys, bekannt als den "Großen Mann", gefangen zu nehmen. Dabei erfahren sie wichtige Details über das letzte Paradoxon.
Währenddessen sind Cassie und Ramse auf der Suche nach "Titan", dem Ort, an dem sich der Zeuge aufhalten soll. Sie entdecken, dass "Titan" kein Ort, sondern ein Projekt ist, das vom "Großen Mann" im Jahr 2016 geplant wurde.
