Cole, geschwächt von den vielen Zeitreisen, liegt im Jahr 2015 im Sterben. Daraufhin reist Cassie nach New York zu einer Adresse, die sie zwei Jahre später selbst Cole geben wird. Dort begegnet sie der jungen, schwangeren Physikerin Katharina Jones. Cassie bittet sie um Hilfe für Cole, doch Katharina glaubt ihr zunächst nicht. Erst als Cassie ihr Beweise über den Prototyp einer Seuche zeigt, den Katharina selbst entwickelt hat, wird sie neugierig und stimmt zu, Cassie zu begleiten.
Katharina sieht nur eine Möglichkeit, um Cole zu retten: Sie glaubt, ein Paradoxon herbeizuführen, indem Coles jetzige DNA auf seine ursprüngliche trifft. Gemeinsam suchen sie Matthew Cole, Coles Vater, und dessen fünfjährigen Sohn. Als Cassie von den 12 Monkeys spricht, erinnert sich Matthew, dass seine verstorbene Frau Marianne ihn immer vor ihnen gewarnt hat, und er beginnt zu kooperieren.
Sie nehmen dem jungen Cole Blut ab, doch bevor der erwachsene Cole es verwenden kann, erscheint plötzlich ein alter Mann mit einer Narbe im Gesicht. Cassie und Katharina flüchten mit dem kleinen Cole, während Matthew vor den Augen seines Kindes getötet wird. In letzter Sekunde kann sich der erwachsene Cole das Blut injizieren. Dies löst eine Explosion in der Buchhandlung aus, die ihm das Leben rettet und den alten Mann vertreibt. Das Paradoxon ist gelungen, doch als Folge kann Cole keine Zeitreisen mehr unternehmen.
Im Jahr 2043 verliert Katharina das Peilsignal von Cole und weiß nicht, ob er noch lebt. An der Zeitmaschine entdeckt sie rotes Efeu, eine Pflanze aus einer anderen Zeit, die sie sofort analysiert. Ihr bleibt jedoch keine Zeit für weitere Überlegungen, da Deacon plötzlich die Anlage mit einer Gruppe Zombies angreift …