Die CIA hat einen tödlichen Virus namens M-Fünf-Zehn entwickelt, den Leland Goines aus menschlichem Gewebe im Himalaja extrahiert hat. Die CIA plant, dieses Virus als Waffe gegen Adam Wexler einzusetzen, einen früheren CIA-Analysten, der geheime Informationen verraten hat und sich nun in Tschetschenien versteckt. Der Virus führt zum sofortigen Tod und vernichtet sich selbst, sodass keine Epidemie droht.
Als Cassie und Cole erfahren, dass der Virus in Tschetschenien ist und die 12 Monkeys davon wissen, reist Cole dorthin. Er schafft es, einen von Wexlers Handlangern zu finden, der einen Koffer zu Wexler bringen soll. Der Handlanger denkt, der Koffer sei voller Geld, ahnt aber nicht, dass er das tödliche Virus enthält. Cole schnappt sich den Koffer und entkommt knapp den 12 Monkeys.
Cole fühlt sich sicher und ruft Cassie an, um herauszufinden, wie er den Virus vernichten kann. Doch in diesem Moment wird er von Wexlers Männern gefangen und zu ihm gebracht. Trotz Coles Warnungen öffnet Wexler den Koffer. Bald darauf sterben die ersten Menschen an dem Virus.
Die überlebenden Männer bitten das russische Militär um Hilfe. Im Gegenzug für Hubschrauber und medizinische Versorgung bieten sie Wexler an. Cassie und Aaron informieren die CIA, dass die russische Mafia unterwegs ist. Um die Ausbreitung des Virus zu verhindern, entscheidet die CIA, das Gebiet mit einer Rakete zu zerstören, was auch Coles Tod bedeuten würde.
