Star Trek - Die Zukunft hat gegonnen ist der elfte Kinofilm der Star Trek Reihe. J.J. Abrams startet mit diesem Kinofilm die Geschichte um die USS Enterprise in einer alternativen Zeitlinie neu und beleuchtet die Vorgeschichte von James T. Kirk und Spock.
Wir schreiben das Jahr 2233, als die USS Kelvin bei Untersuchungen von Energie-Turbolenzen plötzlich in romulanisches Feuer der Narada gerät. Der romulanische Captain Nero der Narada verlangt die Kaputilation des Captains der USS Kelvin, der an Board der Narada über Botschafter Spock befragt wird. Nero erkennt bei der Befragung, dass er in der falschen Zeit angekommen ist und tötet den Captain.
Daraufhin wird Georg Kirk, bis dahin der erste Offizier der USS Kelvin, Capitain. Die Narada eröffnet wieder das Feuer und der Captain beschliesst, die USS Kelvin zu evakuieren. Um den Flüchtlingen Zeit zu verschaffen, verbleibt der Captain an Board und steuert die USS Kelvin auf einen Kollisionskurs auf die Narada zu. Seine hochschwangere Frau bringt unterdessen in einem Shuttle James Tiberius Kirk zur Welt.
Als rebellischer Halbweise heran gewachsen, provoziert er Jahre später in einer Bar Sternenflottenkadetten. Captain Pike ist beeindruckt von seinem Kampfgeist und erinnert den jungen Kirk an die Heldentat seines Vaters. Er ermutigt ihn, der Sternenflotte beizutreten um selbst Großes zu bewirken. Auf dem Weg zur Sternenflottenakademie lernt er Dr. Leonard McCoy kennen.
Kirk erkennt an der Sternenflottenakademie, dass der Kobayashi-Maru-Test unlösbar ist und manipuliert daraufhin das Programm. In einem weiteren versucht schafft er den Test, wird aber daraufhin suspendiert. Als Commander Spock, der den Test geschrieben hatte, während einer offiziellen Anhörung die Beweise vorlegt, erhält die Sternenflotte einen Notruf von Vulkan.
Die Sternenflotte mobilisiert daraufhin auch die Kadetten, ausser Kirk, der durch seine Suspendierung nicht am Einsatz teilnehmen darf. McCoy verhilft ihm als Patient mit diversen Injektionen und deren Nebenwirkungen an Board der USS Enterprise. Durch einen Bedienfehler des Steuermanns Hikaru Sulu verzögert sich der Abflug. Während die gesamte Flotte durch die Narada bei Ankunft auf Vulkan zerstört wird, erweisst sich die Verzögerung als wichtiger Vorteil.
Die Narada bohrt sich bereits zum Planetenkern von Vulkan vor, um mit 'Roter Materie' ein schwarzes Loch zu erzeugen und den Planeten zu vernichten. Kirk und Sulu können die Vernichtung nicht stoppen und die Enterprise evakuiert in letzter Sekunde den Hohen Rat von Vulkan. Spocks irdische Mutter kommt bei der Rettungsaktions ums Leben. Die Technologie der 'Roten Materie' erweist sich als vulkanische Technologie aus der Zukunft, die nur vom älteren Ich von Spock in die Gegenwart gebracht werden konnte.
Nur wenn der junge Spock und Kirk ihre Differenzen beilegen, kann Captain Nero und die Narada aufgehalten werden. Ein actiongeladener Wettlauf gegen die Zeit beginnt.