Im Spätjahr 1986 gelingt es dem Joker, den Psychiater Dr. Wolper von seiner angeblichen Reue zu überzeugen und sich für einen Auftritt in einer Talkshow vorzubereiten, wo er seine Geschichte erzählen will. Dr. Wolper betrachtet den Joker als seinen Lieblingspatienten und ist ahnungslos hinsichtlich der Fluchtpläne des Jokers, die er mit seinem alten Handlanger Abner schmiedet. Dieser versorgt ihn mit einem Geistes kontrollieremden Lippenstift. Währenddessen arbeitet Clark Kent, auch bekannt als Superman, als Regierungsagent und erhält im Tausch für sein inkognito geführtes Helferleben den Auftrag von Präsident Ronald Reagan, das Vigilantentum Batmans zu beenden. Diese Ereignisse überschatten die wachsende Feindseligkeit zwischen den Vereinigten Staaten und der Sowjetunion bezüglich der Insel Corto Maltese. Als die fortwährende Präsenz Batmans die nationalen Behörden blamiert, ordnet Kommissar Yindel die Festnahme Batmans an und Clark warnt Bruce, dass die Regierung ihn nicht mehr länger dulden werde.
Joker tritt in der Talkshow von David Endochrine auf, während Batman auf dem Dach des Studios mit der Polizei von Gotham City (GCPD) kämpft. Während des Kampfes tötet Joker im Fernsehen Dr. Wolper und vergast anschließend alle im Studio, inklusive Endochrine, bevor er flieht. Der Joker findet Selina Kyle und benutzt einen ihrer Begleiter, manipuliert durch seinen Lippenstift, um einen Kongressabgeordneten zu kontrollieren, der zum nuklearen Schlag gegen die Sowjets aufruft, bevor er zu Tode stürzt. Batmans Untersuchungen führen ihn zu Selina, die gefesselt und wie Wonder Woman gekleidet aufgefunden wird. Kelley entdeckt Zuckerwatte auf dem Boden, was Batman darauf kommen lässt, dass der Joker sich auf dem Jahrmarkt befinden muss. Dort tötet Kelley versehentlich Abner und Batman verfolgt den Joker, der wahllos Dutzende Menschen erschießt. Als Batman einen verwundeten und teilerblindeten Joker stellt, gibt er zu, sich für jede von Jokers Morden verantwortlich zu fühlen und beabsichtigt, ihn zu töten. Im darauffolgenden Kampf sticht der Joker Batman mehrfach, und Batman bricht teilweise Jokers Hals vor Zeugen und macht ihn somit zum Quadriplegiker. Joker deutet an, dass Batman nun als Krimineller gebrandmarkt werden wird, weil er ihn "getötet" hat, und begeht Selbstmord, indem er seinen eigenen Hals vollständig bricht. Als die GCPD eintrifft, kämpft sich ein schwer blutender Batman zu Kelley durch und flieht.
Superman wehrt eine sowjetische Nuklearrakete ab, wird aber von der Explosion getroffen und schwer verletzt. Die Detonation verursacht einen elektromagnetischen Puls, der alle elektrischen Geräte in den USA lahmlegt und einen Atomwinter auslöst. Als Gotham ins Chaos abgleitet, versammeln Batman, Kelley und Gordon die "Sons of Batman", die entkommenen Mutanten und die Bürger Gothams, um die Ordnung wiederherzustellen. Yindel akzeptiert, dass Batman zu mächtig geworden ist, um ihn zu Fall zu bringen. Während der Rest Amerikas machtlos und von Kriminalität überwältigt ist, wird Gotham zur sichersten Stadt des Landes, was die Administration des Präsidenten blamiert. Aus Frustration, keinen Frieden stiften zu können, werden Superman und Truppen entsendet, um Batman ein für alle Mal zu stoppen. Batman und Superman vereinbaren, sich in Crime Alley zu treffen.
Superman, der Batmans Leistungen über Jahre hinweg ignoriert hat, zeigt Reue und bittet ihn, den bevorstehenden Kampf nicht zu führen. Batman trägt jedoch ein kraftvolles Exoskelett und wird von Kelley und dem nun amputierten ehemaligen Superhelden Oliver Queen unterstützt. Im Kampf mit Superman setzt Batman verschiedene Taktiken ein, wohl wissend, dass Superman durch die Nuklearexplosion und den Mangel an Sonnenlicht geschwächt ist. Als Superman die Oberhand gewinnt, trifft Queen ihn mit einem Pfeil, der synthetisches Kryptonit enthält und ihn stark schwächt. Batman schlägt Superman brutal und behauptet, dass er das Kryptonit absichtlich schwach gemacht hat, und sagt Superman, er solle nie vergessen, dass Batman ihn hätte töten können, wann immer er gewollt hätte. Dann stirbt Batman scheinbar an einem Herzinfarkt, Wayne Manor zerstört sich selbst, und Alfred erleidet einen Schlaganfall. Superman hält Batmans Körper und befiehlt wütend den Soldaten, sich zurückzuziehen.
Nach dem Kampf erfährt die Welt, dass Bruce Wayne Batman war; seine Geheimnisse werden mit dem Anwesen vernichtet und seine Finanzen verschwinden. Während Superman von Waynes Beerdigung fortgeht, gibt er Kelley ein wissendes Zwinkern, als er einen schwachen Herzschlag aus Bruces Sarg hört. In einer Höhle ist zu sehen, dass Bruce seinen Tod vorgetäuscht hat, um seine Mission diskreter fortzusetzen, unterstützt von Kelley, Queen und seinen Anhängern.
Oliver Trebes
