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Am Ende des ersten Teils hatten sich Surfer und Bar-Besitzer Fin und seine Ex-Frau April miteinander versöhnt. Nun brechen sie zu einer Reise nach New York auf, um dort ihre alte Highschool-Freundin Skye zu besuchen. Was ein netter Ausflug sein sollte, nimmt bald eine beunruhigende Wende, denn die Ereignisse überschlagen sich erneut. Wiederum legt sich ein bizarrer Wirbelsturm über die Stadt: Es handelt sich um einen Sharknado. Das ungewöhnliche Wettersystem hatte dafür gesorgt, dass der Sturm an der Küste einen Haischwarm aufgesaugt hatte, die nun um die Freiheitsstatue ebenso wie über den Broadway tänzeln. Natürlich lassen sich die Sharknado-Experten dies nicht bieten, sondern gehen sogleich in die Offensive, indem sie dem Sturm mit Kettensägen und selbstgebauten Bomben trotzen.
Ein gewaltiger Meteorit steuert auf die Erde zu und schickt schon mal ein paar Ladungen voraus. Die NASA plant darauf, den Brocken in viele kleine zu sprengen und schickt ihr bestes Astronautenteam. Unterdessen macht ein Feuerwehrmann auf Erden eine unschöne Entdeckung: Mit dem ersten Meteoritenschauer kamen außerirdische Invasoren und entführen nun unter anderem die Tochter des Feuerwehrmanns. Da versteht der Papa keinen Spaß und geht zum Gegenangriff über. Dabei entdeckt er die Achillesferse der Aliens.