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Im Jahr 2029 war die Geburtsstunde des Terminators - jetzt ist er zurück aus der Zukunft. Noch immer tobt in einer möglichen Zukunft nach einem Nuklearkrieg der Widerstand weniger Überlebender gegen die Maschinen. Ihr Anführer: John Connor. Erneut reist ein Terminator durch die Zeit, um Connor noch im Knabenalter auszulöschen: Der T - 1000 (Robert Patrick), ein modifiziertes, panthergleiches, perfektes Modell, dessen Struktur aus flüssigem Metall besteht.
Nachdem die Explosion eines klingonischen Mondes das Imperium in die Knie zwingt, liegt das fremdartige Konzept eines Friedens mit der Föderation in greifbarer Nähe. Ironischerweise soll gerade Admiral James T. Kirk als Botschafter den Frieden aushandeln.
In allerletzter Sekunde kann der Flash alias Polizeiwissenschaftler Barry Allen die Detektivin Megan aus den Händen des Wahnsinnigen James Jesse befreien. Megan übergibt den gesuchten Schwerverbrecher, der sich in sie verliebt hat, der Polizei. Der schwört dem blitzschnellen Supermann ewige Rache, kann bei der Gerichtsverhandlung in Central City mit Hilfe seiner Verehrerin Prank entkommen, und versetzt hinfort als Trickser die Stadt in Angst und Schrecken, immer auf der Suche nach dem Flash. Es gelingt ihm, Flash zu entführen und nach einer Gehirnwäsche zu seinem Komplizen zu machen. Doch Megan und Barrys platonische Liebe Tina verhindern das Schlimmste und befördern den Trickser in die Gummizelle.
Die Turtles dachten, ihren Erzfeind Shredder ein für alle Mal vernichtet zu haben. Falsch gedacht: Der Schurke erfreut sich nämlich bester Gesundheit und ist drauf und dran, die „Foot Gang“ neu aufzubauen. Um Rache an seinen verhassten Widersachern zu nehmen, erschafft er außerdem mithilfe des geheimnisvollen Ooze, das auch einst die Turtles hervorbrachte, 2 andere Mutanten, gegen die das Schildkröten-Quartett praktisch chancenlos ist. Die einzige Hoffnung, dieser Übermacht noch bei zu kommen, liegt in dem Wissenschaftler Jordan Perry, der sich zur Zeit aber selber in Shredders Gewalt befindet...