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Der Rechtsanwalt Adam Ewing lernt 1850 mit einem Schiff die Ureinwohner des Südpazifik und ihre Unterdrückung kennen. Der Junge Musiker Robert Forbisher arbeitet 1931 an seinem Wolkenatlas-Sextett und wird dabei von Ewings Tagebuch inspiriert. Die Journalistin Luisa Rey ermittelt 1975 über eine vertuschte Fehlkonstruktion beim Bau eines Atomkraftwerks und erfährt dabei auch von Forbisher. Der Verleger Timothy Cavendish, der Luisa Reys Geschichte veröffentlichen will, wird in der Gegenwart irrtümlich in ein Altenheim eingewiesen. In der nahen Zukunft kämpft die junge Replikantin Sonmi-451, deren Lieblingsfilm die Verfilmung von Cavendishs Lebensgeschichte ist, für die Anerkennung ihrer Menschlichkeit. Schließlich spielt eine Episode in ferner Zukunft, in der die menschliche Zivilisation weitgehend wieder auf den Stand der Steinzeit zurückgefallen ist. Nur ein Hologramm mit den Aufzeichnungen Sonmis kündet von der lange vergangenen Zeit.
Sie kommen zurück, um zu ernten! Eine neue Spezies zwischen „Aliens" und „Predators" bedroht den Planeten, um ihre Nahrungsmittelvorräte aufzufüllen. Die Menschheit steht vor ihrem Ende. Als Detective Mark Corley (Frank Grillo) vom Los Angeles Police Department die Kaution für seinen Sohn Trent (Jonny Westen) stellen muss, ist er davon überzeugt, dass dieser Tag nicht mehr schlimmer werden kann.
Am Rande der Zivilisation geschieht eine Katastrophe in einem Testlabor, indem eine Virusepidemie ausbricht, die entweder tötet oder die Infizierten zu Zombies werden lässt. Alles was bleibt, sind einige Überlebende, die spärlich bewaffnet gegen die Masse der Infizierten ankämpft. Angeführt von Soldat Max Gatling kämpft die Gruppe mit Hilfe einer Truppe von Robotern, die aus dem Labor entkommen sind, gegen die Armee der Infizierten um das nackte Überleben…