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Die Armeen der Ori planen den finalen Angriff auf die Erde. Die letzte Hoffnung, die Feinde doch noch zu besiegen, liegt in der "Ark of Truth", einem mächtigen Antikerartefakt. Daniel ist überzeugt, dass sich die "Ark of Truth" in der Heimatgalaxie der Ori be-findet. Das SG-1-Team geht an Bord der "Odyssey" und bricht in die weit entfernte Galaxie auf. Während das Team auf zwei gefährliche Gegner trifft, verfolgt das IOA (International Oversight Advisory) auf der Erde einen eigenen Plan.
SG-1 soll der Hinrichtung von Ba'al, dem letzten Systemlord, beiwohnen. Während das Team auf die Exekution wartet, verschwinden Teal'c und Vala plötzlich ins Nichts. Als Mitchell, Carter und Daniel zur Erde zurückkehren, erwartet sie eine böse Überraschung: Etwas Unerklärliches hat den Zeitverlauf verändert und somit auch die Gegenwart - das Stargateprogramm hat nie existiert! Unmittelbar darauf schwenken etliche Mutterschiffe der Goa'uld in die Erdumlaufbahn ein. Angeführt wird die mächtige Flotte von Ba'al, seiner Königin Qetesh (Vala) und Primus Teal'c mit dem Ziel, die Menschen zu versklaven. Es gibt nur eine Chance, die Erde zu retten: eine Korrektur des Zeitverlaufs. Doch dafür muss das verbliebene SG-1-Team das Stargate finden - und die Zeit wird knapp.
FBI-Agentin Monica Bannan wurde entführt, möglicherweise sogar getötet. Ihre Kollegin Dakota Whitney stößt bei den Ermittlungen auf Probleme. Pater Joseph Crissman, dem ein Ruf als Pädophiler anhaftet, bietet eine heiße Spur, spricht aber von geheimnisvollen Visionen - die Bundesbehörden werden misstrauisch. Obwohl ihr Partner Mosley Drummy dagegen ist, greift Whitney zu einem letzten Strohhalm und versucht über Ex-Agentin Dana Scully, mittlerweile in einem Krankenhaus beschäftigt, Fox Mulder zu erreichen. Der Spezialist für Übersinnliches ist sechs Jahre nach seinem unglücklichen Ausscheiden beim FBI untergetaucht. Er zögert kurz, willigt schließlich aber ein und gewinnt schnell das Vertrauen von Pater Crissman. Dann verschwindet eine zweite Frau...
Die Biologiewissenschaftlerin Helen Barnes wird von der US-Regierung in streng geheimer Sache konsultiert. Unbekannte Flugobjekte haben die Erde erreicht und die Absicht der außerirdischen Gäste ist noch unklar. Als Abgesandter der unbekannten Rasse aus dem Weltraum erscheint der unterkühlte Klaatu - dieser soll über das Schicksal der Menschheit entscheiden, die durch ihren zerstörerischen Charakter eine Gefahr für ihren fruchtbaren Heimatplaneten darstellt. Da eine Gefährdung aller Arten des Planeten durch eine einzige Spezies nicht länger zu erdulden ist, wird die Auslöschung der Menschen in die Wege geleitet.